分子動力学パラメータ（.mdp オプション）¶

一般的な情報¶

デフォルト値は括弧内に示されています。選択肢の中から最初に示されたものがデフォルト値です。単位は角括弧で示されます。ハイフンとアンダースコアは区別されません。

サンプル MDP ファイル <mdp> が利用可能です。これは、通常のシミュレーションを開始するための適切なファイルです。ご自身のニーズに合わせて編集してください。

前処理¶

include¶: インクルードするディレクトリを、トポロジーに指定します。形式: -I/home/john/mylib -I../otherlib

define¶: プレプロセッサに渡す定義を定義します。デフォルトでは定義は指定されません。カスタマイズされたトポロジーファイルでオプションを制御するために、任意の定義を使用できます。既存のトップファイルのメカニズムに影響を与えるオプションには以下が含まれます。

-DFLEXIBLE は、あなたのトポロジーで通常の水を、より柔軟な水に置き換えます。これにより、通常モード解析が可能です。

-DPOSRES を指定すると、posre.itp がトポロジーに組み込まれ、位置制約の適用が可能になります。

実行制御¶

integrator¶

（名前とは異なり、このリストには、実際に時間に対する積分ではないアルゴリズムも含まれています。`:mdp-value:`で`integrator=steep`とそれ以降のすべての項目はこのカテゴリに該当します。）

md¶: ニュートンの運動方程式を統合するための「スキップ」アルゴリズム。

md-vv¶: ニュートンの運動方程式を積分するための、速度 Verlet アルゴリズム。同じ軌跡の対応する点から開始される定常 NVE シミュレーションの場合、軌跡は解析的に、しかし二値的には、integrator=md の「leap-frog」積分器と完全に一致します。運動エネルギーは、全ステップの速度から計算されるため、わずかに高くなります。この積分器の利点は、より正確で、逆方向のノーズ-フーバーおよびパリンネロ-ラマンカップリング積分に基づくトロッター展開に基づいた、Nose-Hoover および Parrinello-Rahman の結合積分であること、および（わずかに小さすぎる）全ステップ速度の出力です。ただし、これには追加の計算コストがかかります。特に、制約や並列環境での追加の通信がある場合に顕著です。ただし、ほとんどの生産シミュレーションでは、integrator=md の積分器は十分に正確です。

md-vv-avek¶: 速度 Verlet アルゴリズムであり、integrator=md-vv と同じですが、運動エネルギーは、integrator=md と同様に、2 つの半ステップの運動エネルギーの平均として計算されます。これにより、より正確な結果が得られます。Nose-Hoover および/または Parrinello-Rahman のカップリングを使用すると、わずかに計算コストが増加します。

sd¶: 高精度かつ効率的な、跳躍法に基づく確率的ダイナミクス積分器。制約条件により、各積分ステップごとに座標を2回制約する必要があります。計算コストに応じて、この操作はシミュレーション時間の大きな割合を占める可能性があります。原子の1つ以上のグループ（tc-grps:）の温度は、:mdp:`ref-t: で設定し、各グループの逆摩擦定数は、:mdp:`tau-t: で設定します。パラメータ :mdp:`tcoupl と nsttcouple は無視されます。乱数生成器は、:mdp:`ld-seed: で初期化されます。サーモスタットとして使用する場合、適切な :mdp:`tau-t: の値は 2 ps です。これは、水の内部摩擦よりも低い摩擦を生み出す一方で、過剰な熱を除去するのに十分な値です。注：同じ :mdp:`tau-t: を使用した場合、Berendsen サーモスタットと比較して、温度のずれは 2 倍速で減少します。

bd¶: ブラウン運動または位置ランジェビンダイナミクスのためのオイラー積分器。速度は、摩擦係数（bd-fric）を力で割ったものに、ランダムな熱ノイズ（ref-t）を加えたものです。 bd-fric が 0 の場合、各粒子の摩擦係数は、tau-t で計算され、これは integrator=sd の積分器と同じです。ランダムな生成器は、ld-seed で初期化されます。

steep¶: エネルギー最小化のための steepest descent アルゴリズム。最大ステップサイズは emstep、許容誤差は emtol です。

cg¶: エネルギー最小化のための共役勾配アルゴリズムで、許容誤差は：emtol`です。共役勾配法は、時々 steepest descent ステップを実行することで、より効率的に動作します。このステップの頻度は：`nstcgsteep で制御されます。通常のモード解析の前に行う最小化には、非常に高い精度が必要なため、GROMACS は double precision でコンパイルする必要があります。

l-bfgs¶: 低メモリ版のブローデン-フレッチャー-ゴールドファーブ-シャノンアプローチに基づく、エネルギー最小化のための擬ニュートンアルゴリズム。実際には、共役勾配法よりも収束が速いように見えますが、必要な修正ステップのため、現時点では並列化されていません。

nm¶: 通常のモードの解析は、:ref:`tpr`ファイル内の構造に対して行われます。Gromacsは、ダブル精度でコンパイルする必要があります。

tpi¶: テスト粒子挿入。トポロジー内の最後の分子がテスト粒子です。 mdrun -rerun には軌跡が必要です。この軌跡には、挿入する分子は含まれていません。挿入は、各フレームで、分子のランダムな位置と方向で、nsteps 回行われます。 nstlist が 1 より大きい場合、nstlist 回の挿入は、同じランダムな位置の周囲の半径 rtpi の球内で、同じペアリストを使用して行われます。ペアリストの構築はコストがかかるため、同じリストを使用して、ほぼ無料で複数の追加の挿入を行うことができます。ランダムシードは、ld-seed で設定されます。ボルツマン重みの温度は、ref-t で設定され、元の軌跡のシミュレーションの温度と一致する必要があります。TPI への分散補正は正しく実装されています。すべての関連する量は、mdrun -tpi で指定されたファイルに書き込まれます。挿入エネルギーの分布は、mdrun -tpid で指定されたファイルに書き込まれます。軌跡またはエネルギーファイルは書き込まれません。並列 TPI は、シングルノード TPI と同じ結果を生成します。イオン化された分子の場合、微細なグリッドを使用した PME を使用するのが最も正確で効率的です。なぜなら、システム内のポテンシャルは、各フレームあたり 1 回のみ計算する必要があるからです。

tpic¶: テスト：定義済みのキャビティの位置への粒子の挿入。この手順は、:mdp-value:`integrator=tpi`の場合と同じですが、軌跡から1つの座標を読み取り、それを挿入位置として使用します。挿入する分子は、0,0,0を中心にして配置する必要があります。Gromacsは、異なる状況に応じて最適な方法で中心を調整する機能を持っていませんが、rtpi`は、この位置の周囲の球の半径を設定します。近傍検索は、フレームごとに1回のみ実行され、nstlist`は使用されません。並列integrator=tpic`は、シングルランクの:mdp-value:`integrator=tpic`と全く同じ結果を生成します。

mimic¶: MiMiC QM/MM カップリングを有効にして、ハイブリッド分子動力学を実行します。CPM（CPMD）をMiMiCでコンパイルした場合にも必要となります。このモードでは、積分に関するすべてのオプション（T-カップリング、P-カップリング、ステップサイズ、ステップ数など）は無視され、CPMが積分を行います。力計算に関するオプション（カットオフ、PMEパラメータなど）は通常通りに機能します。QM原子を定義するための原子の選択は、`mdp:QMMM-grps`から読み取ります。

tinit¶: (0) [ps] starting time for your run (only makes sense for time-based integrators)

dt¶: (0.001) [ps] 積分ステップの時間間隔 (時間ベースの積分器でのみ有効)

nsteps¶: (0) maximum number of steps to integrate or minimize, -1 is no maximum

init-step¶: (0) The starting step. The time at step i in a run is calculated as: t = tinit + dt * (init-step + i). The free-energy lambda is calculated as: lambda = init-lambda + delta-lambda * (init-step + i). Also non-equilibrium MD parameters can depend on the step number. Thus for exact restarts or redoing part of a run it might be necessary to set init-step to the step number of the restart frame. gmx convert-tpr does this automatically.

simulation-part¶: (0) A simulation can consist of multiple parts, each of which has a part number. This option specifies what that number will be, which helps keep track of parts that are logically the same simulation. This option is generally useful to set only when coping with a crashed simulation where files were lost.

mts¶

no¶: 各積分ステップで、すべての力を評価する。

yes¶: 複数の時間ステップ積分を使用して、mts-level2-forces で指定された力を評価します。これは、mts-level2-factor の積分ステップごとに評価されます。その他のすべての力は、各ステップで評価されます。現在、MTS は integrator=md の積分器のみをサポートしています。

mts-levels¶: (2) The number of levels for the multiple time-stepping scheme. Currently only 2 is supported.

mts-level2-forces¶: (longrange-nonbonded) 1つ以上の力グループのリストであり、このグループは :mdp:``mts-level2-factor ステップごとにのみ評価されます。サポートされているエントリは次のとおりです。 longrange-nonbonded、 nonbonded、 pair、 dihedral、 angle、 pull および awh。 pair を使用する場合、リストされたペアの力（例：1-4）が選択されます。 dihedral を使用する場合、すべてのダイヘドラルが選択され、cmap も含まれます。他のすべての力（制約を含む）は、すべてのステップごとに評価および統合されます。 PME または Ewald を静電相互作用および/または LJ 相互作用に使用する場合、longrange-nonbonded はここに省略できません。

mts-level2-factor¶: (2) [steps] Interval for computing the forces in level 2 of the multiple time-stepping scheme

mass-repartition-factor¶: (1) [] Scales the masses of the lightest atoms in the system by this factor to the mass mMin. All atoms with a mass lower than mMin also have their mass set to that mMin. The mass change is subtracted from the mass of the atom the light atom is bound to. If there is no bound atom a warning is generated. If there is more than one atom bound an error is generated. If the mass of the bound atom would become lower than mMin an error is generated. For typical atomistic systems only the masses of hydrogens are scaled. With constraints=h-bonds, a factor of 3 will usually enable a time step of 4 fs.

comm-mode¶

Linear¶: 中心質量における運動速度を削除する

Angular¶: 中心質量に関する運動速度（平動と回転）を削除する

Linear-acceleration-correction¶: 中心の質量に関する運動速度を削除します。中心の質量の位置を、nstcomm ステップでの線形加速度を仮定して修正します。これは、中心の質量にほぼ一定の加速度が期待される場合に役立ちます。たとえば、絶対参照を使用してグループを引く場合に発生することがあります。

None¶: 質量中心の動きに対する制限なし

nstcomm¶: (100) [steps] interval for center of mass motion removal

comm-grps¶: グループ（またはグループの組み合わせ）を指定して、中心の質量運動を除去します。デフォルトでは、システム全体が対象となります。

ランジェビンのダイナミクス¶

bd-fric¶: (0) [amu ps^-1] Brownian dynamics friction coefficient. When bd-fric is 0, the friction coefficient for each particle is calculated as mass/ tau-t.

ld-seed¶: (-1) [整数] は、熱ノイズに対する確率的およびブラウン運動の乱数生成器を初期化するために使用されます。 ld-seed を -1 に設定すると、疑似乱数生成器が使用されます。複数のプロセッサで BD または SD を実行する場合、各プロセッサは ld-seed にプロセッサ番号を加えた値を使用します。

エネルギー最小化¶

emtol¶: (10.0) [kJ mol⁻¹ nm⁻¹]：最小化は、この値よりも大きな力が得られた時点で収束します。

emstep¶: (0.01) [nm] 最初のステップサイズ

nstcgsteep¶: (1000) [steps] interval of performing 1 steepest descent step while doing conjugate gradient energy minimization.

nbfgscorr¶: (10) Number of correction steps to use for L-BFGS minimization. A higher number is (at least theoretically) more accurate, but slower.

シェル分子動力学¶

システムにシェルや柔軟な制約が存在する場合、シェルと柔軟な制約のサイズは、RMS力（シェルと制約にかかる力）が：mdp:`emtol`未満になるか、最大反復回数：mdp:`niter`に達するまで、各時間ステップで最適化されます。最小化は、最大力が：mdp:`emtol`未満になった時点で収束します。シェルMDの場合、この値は最大で1.0に設定してください。

niter¶: (20) maximum number of iterations for optimizing the shell positions and the flexible constraints.

fcstep¶: (0) [ps²] the step size for optimizing the flexible constraints. Should be chosen as mu/(d2V/dq2) where mu is the reduced mass of two particles in a flexible constraint and d2V/dq2 is the second derivative of the potential in the constraint direction. Hopefully this number does not differ too much between the flexible constraints, as the number of iterations and thus the runtime is very sensitive to fcstep. Try several values!

テスト粒子の挿入¶

rtpi¶: (0.05) [nm] テスト粒子の挿入半径。詳細については、以下を参照してください：integrator=tpi および integrator=tpic

制御出力¶

nstxout¶: (0) [steps] number of steps that elapse between writing coordinates to the output trajectory file (trr), the first and last coordinates are always written unless 0, which means coordinates are not written into the trajectory file.

nstvout¶: (0) [steps] number of steps that elapse between writing velocities to the output trajectory file (trr), the first and last velocities are always written unless 0, which means velocities are not written into the trajectory file.

nstfout¶: (0) [steps] number of steps that elapse between writing forces to the output trajectory file (trr), the first and last forces are always written, unless 0, which means forces are not written into the trajectory file.

nstlog¶: (1000) [steps] number of steps that elapse between writing energies to the log file, the first and last energies are always written.

nstcalcenergy¶: (100) number of steps that elapse between calculating the energies, 0 is never. This option is only relevant with dynamics. This option affects the performance in parallel simulations, because calculating energies requires global communication between all processes which can become a bottleneck at high parallelization.

nstenergy¶: (1000) [steps] number of steps that elapse between writing energies to the energy file (edr), the first and last energies are always written, should be a multiple of nstcalcenergy. Note that the exact sums and fluctuations over all MD steps modulo nstcalcenergy are stored in the energy file, so gmx エネルギー can report exact energy averages and fluctuations also when nstenergy > 1

nstxout-compressed¶: (0) [steps] number of steps that elapse between writing position coordinates using lossy compression (xtc file), the first and last coordinates are always written, unless 0, which means that there is no compressed coordinates output.

compressed-x-precision¶: (1000) [real] precision with which to write to the compressed trajectory file

compressed-x-grps¶: 圧縮された軌跡ファイルに書き込むグループを指定します。デフォルトでは、システム全体が書き込まれます（:mdp:`nstxout-compressed > 0` の場合）。

energygrps¶: グループを指定して、短距離の非相互作用的なポテンシャルエネルギーをエネルギーファイルに書き込む。 (GPUではサポートされていない)

近傍検索¶

cutoff-scheme¶

Verlet¶: バッファリングされたペアのリストを生成します。バッファサイズは、:mdp:``verlet-buffer-tolerance`が-1以外の場合に自動的に設定されます。-1の場合、:mdp:``rlist`が使用されます。

group¶: アトームのグループに対応する、トポロジー内の電荷グループに対応するペアのリストを生成します。このオプションは現在サポートされていません。

nstlist¶

[手順

>0¶: ステップ間の間隔（隣接リストを更新するステップ間隔）。ダイナミクスと :mdp: verlet-buffer-tolerance が設定されている場合、:mdp: nstlist は最小値であり、:ref: gmx mdrun によって増やすことができる。ただし、1に設定されている場合のみ。並列シミュレーションと/またはGPUでの非相互作用力計算の場合、通常は20または40の値が最適なパフォーマンスをもたらします。エネルギー最小化の場合、このパラメータは使用されません。なぜなら、ペアリストは少なくとも1つの原子がペアリストバッファサイズの半分以上移動した場合に更新されるからです。

0¶: 隣接リストは一度だけ作成され、更新されません。これは、すべての粒子がお互いを認識するような真空シミュレーションに主に役立ちます。ただし、真空シミュレーションは（一時的に）サポートされていません。

<0¶: 未使用。

pbc¶

xyz¶: すべての方向に周期境界条件を使用してください。

no¶: 周期境界条件を使用せず、箱を無視します。カットオフを無効にしてシミュレーションするには、すべてのカットオフと：mdp：nstlist を 0 に設定します。単一の MPI ランクでカットオフを無効にして最高のパフォーマンスを得るには、：mdp：nstlist を 0 に設定します。

xy¶: x軸とy軸方向のみに周期境界条件を使用します。これは、壁_と組み合わせて使用できます。壁がない場合、または1つの壁のみを使用する場合、システムサイズはz方向に無限大になります。そのため、圧力結合やEwald summationの方法を使用することはできません。これらの欠点は、2つの壁を使用する場合には当てはまりません。

periodic-molecules¶

no¶: 分子は有限であり、高速な分子PBCを使用できます。

yes¶: 周期境界条件で自己結合する分子を持つシステムの場合、これにはより遅いPBCアルゴリズムが必要であり、出力では分子は完全な形では表示されません。

verlet-buffer-tolerance¶

(0.005) [kJ mol⁻¹ ps⁻¹]

使用方法：シミュレーション時に使用します。これは、Verletバッファによって引き起こされる、粒子ごとのペア間相互作用に対する最大許容誤差を設定します。これにより、間接的に`rlist`が設定されます。nstlist`とVerletバッファのサイズは固定されているため（パフォーマンス上の理由から）、`nstlist`の-1ステップ中に、ペアリストにない粒子ペアが、カットオフ距離内に侵入することがあります。これにより、非常に小さなエネルギーの変動が発生します。一定温度のエンsemblesでは、これらの非常に小さなエネルギー変動は、特定のカットオフと`rlist`に対して推定できます。この推定は、均一な粒子分布を前提としているため、多相系では誤差がわずかに過小評価される可能性があります（詳細は`参照マニュアル`を参照）。長いペアリストの寿命（`nstlist -1）に対して、`dt`を使用すると、バッファが過大評価されます。これは、粒子間の相互作用が無視されているためです。誤差の打ち消しと組み合わせると、実際のエネルギーの変動は通常、1～2桁減少します。注意：生成されるバッファサイズは、|Gromacs|のペアリスト設定により、単純な粒子ペアベースのリストと比較して、エネルギーの変動を10倍に減少させることを考慮しています。ダイナミクス（エネルギー最小化など）がない場合、バッファはカットオフの5%です。NVEシミュレーションでは、初期温度を使用します（ただし、これが0の場合、10%のバッファを使用します）。NVEシミュレーションでは、通常、ナノ秒の時間スケールで適切なエネルギー保存を実現するために、許容値を下げることが必要です。自動バッファ設定を上書きするには、`verlet-buffer-tolerance`を-1に設定し、`rlist`を手動で設定します。

verlet-buffer-pressure-tolerance¶

(0.5) [バー]

使用時は、ダイナミクスシミュレーションを実行し、:mdp:``verlet-buffer-tolerance が正の場合にのみ有効です。これは、ペアリストにない粒子ペア間のレンナー・ジョーンズ相互作用の欠如による平均圧力における最大許容誤差を設定します。ただし、ペアリストが経過するにつれて、ペアリストにない粒子ペアがペアリストの範囲内に位置する場合に、この誤差が発生します。ドリフト許容度については、短時間では圧力誤差の（過剰）推定が正確ですが、長時間のシミュレーションでは、相互作用が粒子間の移動を制限するため、有意な過大推定になります。デフォルトの許容値 0.5 bar は、液体水の密度における最大相対偏差を 2e-5 に対応します。

rlist¶: (1) [nm] Cut-off distance for the short-range neighbor list. With dynamics, this is by default set by the verlet-buffer-tolerance and verlet-buffer-pressure-tolerance options and the value of rlist is ignored. Without dynamics, this is by default set to the maximum cut-off plus 5% buffer, except for test particle insertion, where the buffer is managed exactly and automatically. For NVE simulations, where the automated setting is not possible, the advised procedure is to run gmx grompp with an NVT setup with the expected temperature and copy the resulting value of rlist to the NVE setup.

静電¶

coulombtype¶

Cut-off¶: シンプルなカットオフとペアリスト半径：mdp:rlist およびクーロンカットオフ：mdp:rcoulomb、ここでmdp:rlist >=mdp:rcoulomb。 (デフォルト設定)mdp:coulomb-modifier =Potential-shiftを使用すると、相互作用するペア間のポテンシャルだけでなく、除外されたペアのポテンシャルもカットオフでゼロにシフトされます。これにより、除外されたペア間の力が生じませんが、クーロンポテンシャル全体に一定のオフセットが加えられます。

Ewald¶

古典的なEwaldの和による電磁相互作用。実空間のカットオフ：rcoulomb`は：`rlist`と等しくなる必要があります。例えば：`rlist = 0.9、rcoulomb = 0.9を使用します。互換空間で使用される波数ベクトルの最大値を：`fourierspacing`で制御します。直接空間と互換空間の相対的な精度は：`ewald-rtol`で制御します。

注意: Ewald法はO(N^(3/2))の計算量であり、そのため大規模なシステムには非常に遅くなります。これは主に参照用であり、ほとんどの場合、PMEの方がはるかに高速に動作します。

PME¶: 高速で滑らかな粒子-メッシュ-エワルド (SPME) 電静力。直接空間は、エワルド和に類似しており、逆空間部分はFFTを使用して計算されます。グリッドの寸法は、:mdp:`fourierspacing`と、補間オーダーをpme-order`で制御します。グリッドの幅が0.1 nmで、立方補間を使用する場合、電静力は2-3*10:sup:-4`の精度を持ちます。ただし、vdWカットオフからの誤差がこれより大きいため、0.15 nmを試してみてください。並列実行時には、補間の方がFFTよりも効率的に並列化されるため、補間を増やしながらグリッドの寸法を小さくすることを検討してください。

P3M-AD¶: 粒子-粒子粒子-メッシュアルゴリズム（解析的な微分を用いて長距離の静電相互作用を扱う）。この方法は、SPME と完全に同じであり、グリッドに最適化された影響関数を使用している点が異なります。これにより、わずかな精度向上が得られます。

Reaction-Field¶: クーロンカットオフによる反応場電静力：rcoulomb、ここで：rlist >= rvdw。カットオフを超えた場合の誘電定数は：epsilon-rf。誘電定数を無限に設定するには、epsilon-rf = 0 に設定します。

User¶: 現在サポートされていません。 gmx mdrun は、ユーザーが定義した反発、分散、クーロンのポテンシャル関数を持つ table.xvg ファイルを見つけることを期待します。パア相互作用が存在する場合は、gmx mdrun は、パア相互作用用の tablep.xvg ファイルも必要とします。同じ相互作用を非結合相互作用とパア相互作用で使用する場合は、ユーザーは両方のテーブルファイルに同じファイル名を指定できます。これらのファイルには、次の7つの列が含まれている必要があります。 x 値、f(x)、-f'(x)、g(x)、-g'(x)、h(x)、-h'(x)、ここで f(x) はクーロン関数、g(x) は分散関数、h(x) は反発関数です。 vdwtype が "User" に設定されていない場合、g、-g'、h、および -h' の値は無視されます。非結合相互作用の場合、x 値は 0 から最大のカットオフ距離 + table-extension まで、均等に間隔を置いてください。パア相互作用の場合、ファイル内のテーブルの長さが使用されます。最適な間隔（ユーザーテーブルには使用されない）は、混合精度で実行する場合は 0.002 nm、ダブル精度で実行する場合は 0.0005 nm です。 x=0 での関数値は重要ではありません。より詳細な情報は、印刷されたマニュアルを参照してください。

PME-Switch¶: 現在サポートされていません。PMEと、直接空間部分のためのスイッチ関数を組み合わせる必要があります（上記を参照）。 rcoulomb は rlist よりも小さくなるように設定する必要があります。

PME-User¶: 現在サポートされていません。PMEとユーザーテーブルの組み合わせ（上記を参照）。mdp:rcoulomb は mdp:rlist よりも小さくなることが許可されています。gmx mdrun によって、PMEメッシュの寄与がユーザーテーブルから差し引かれます。そのため、ユーザーテーブルには約10桁の精度が必要です。

PME-User-Switch¶: 現在サポートされていません。PME-Userとスイッチング関数（上記を参照）の組み合わせです。スイッチング関数は、最終的な粒子間の相互作用に適用され、つまり、ユーザーが提供した関数とPMEメッシュ修正部分の両方に適用されます。

coulomb-modifier¶

Potential-shift¶: コヨーラムのポテンシャルを一定の値でシフトし、カットオフでゼロにする。これにより、ポテンシャルは力の積分となる。ただし、これは力の値やサンプリングには影響を与えない。

None¶: 元のクーロンポテンシャルを使用します。これにより、他のソフトウェアで計算されたエネルギーと比較する際に役立ちます。

rcoulomb-switch¶: (0) [nm] where to start switching the Coulomb potential, only relevant when force or potential switching is used

rcoulomb¶: (1) [nm] The distance for the Coulomb cut-off. Note that with PME this value can be increased by the PME tuning in gmx mdrun along with the PME grid spacing.

epsilon-r¶: (1) The relative dielectric constant. A value of 0 means infinity.

epsilon-rf¶: (0) The relative dielectric constant of the reaction field. This is only used with reaction-field electrostatics. A value of 0 means infinity.

ヴァン・デル・ワールス¶

vdwtype¶

Cut-off¶: 単純なカットオフとペアリスト半径：mdp:rlist および VdW カットオフ：mdp:rvdw。ここで、mdp:rlist >=mdp:rvdw。

PME¶: 迅速かつ滑らかな粒子メッシュ・エウラード (SPME) 法による、分子間相互作用の計算。グリッドの寸法は、静電相互作用と同様に、:mdp:`fourierspacing を使用して制御します。また、補間順序は、:mdp:`pme-order を使用して制御します。直接空間と逆空間の相対的な精度は、:mdp:`ewald-rtol-lj で制御され、逆空間ルーチンで使用する特定の組み合わせルールは、:mdp:`lj-pme-comb-rule を使用して設定します。

Shift¶: この機能は非推奨となり、代わりに vdwtype=Cut-off と vdw-modifier=Force-switch を使用するように置き換えられています。LJ（バッキンガムポテンシャルではありません）のポテンシャルは、全範囲で低下し、rvdw-switch と rvdw の間にスムーズにゼロに向かって減衰します。

Switch¶: この機能は非推奨となり、代わりに vdwtype=Cut-off と vdw-modifier=Potential-switch を使用するように置き換えられています。LJ（バッキンガムポテンシャルではありません）のポテンシャルは、rvdw-switch までの範囲で通常の状態ですが、その後はオフになり、rvdw でゼロになります。ポテンシャルと力関数は両方とも連続的に滑らかですが、スイッチ関数を使用すると、力の勾配（ポテンシャルを切り替えるため）が増加する可能性があることに注意してください。

User¶: 現在サポートされていません。詳細については、coulombtype=User を参照してください。ゼロでの関数値は重要ではありません。LJ補正を使用する場合は、rvdw がユーザー定義関数内のカットオフに一致していることを確認してください。 coulombtype が "User" に設定されていない場合、"f" および "-f'" 列の値は無視されます。

vdw-modifier¶

Potential-shift¶: ヴァン・デル・ワールスのポテンシャルを一定の値でシフトし、カットオフでゼロにする。これにより、ポテンシャルは力の積分となる。ただし、これは力の値やサンプリングには影響を与えない。

None¶: 未変更のヴァン・デル・ワールスのポテンシャルを使用します。これにより、他のソフトウェアで計算されたエネルギーと比較する際に役立ちます。

Force-switch¶: ：mdp:rvdw-switch と：mdp:rvdw の間での力をスムーズにゼロに設定します。これにより、ポテンシャルシフトが全体範囲でシフトされ、カットオフでゼロに設定されます。ただし、これは単純なカットオフよりも計算コストが高く、エネルギー保存には必須ではありません。Potential-shift は、エネルギーを同じように保存します。

Potential-switch¶: スムーズに、:mdp:`rvdw-switch と `:mdp:`rvdw の間のポテンシャルをゼロに切り替えます。ただし、これにより、切り替え領域に人工的に大きな力が生じ、計算コストが大幅に増加します。このオプションは、使用している力場がこれを必要とする場合にのみ使用してください。

rvdw-switch¶: (0) [nm] where to start switching the LJ force and possibly the potential, only relevant when force or potential switching is used

rvdw¶: (1) [nm] distance for the LJ or Buckingham cut-off

DispCorr¶

no¶: 修正は適用しないでください

EnerPres¶: エネルギーと圧力に対して、長距離の分散修正を適用する

Ener¶: エネルギーのみに対して、長距離分散補正を適用する

テーブル¶

table-extension¶: (1) [nm] Extension of the non-bonded potential lookup tables beyond the largest cut-off distance. With actual non-bonded interactions the tables are never accessed beyond the cut-off. But a longer table length might be needed for the 1-4 interactions, which are always tabulated irrespective of the use of tables for the non-bonded interactions.

energygrp-table¶: 現在サポートされていません。ユーザーテーブルを使用して静電場および/または分子間力場を計算する場合、ここでは、個別のユーザーテーブルを使用するエネルギーグループのペアを指定できます。2つのエネルギーグループは、:mdp:`の`energygrps`で定義された順序で、アンダースコアで区切られてファイル名に追加されます。たとえば、`energygrps = Na Cl Sol および energygrp-table = Na Na Na Cl の場合、:ref:`gmx mdrun は、通常の table.xvg だけでなく、table_Na_Na.xvg および table_Na_Cl.xvg も読み込みます。これらのファイルは、他のすべてのエネルギーグループペアに対して使用されます。

Ewald¶

fourierspacing¶: (0.12) [nm] 通常のEwald法では、箱の寸法と間隔の比が、各方向に使用する波数ベクトルの最小数を決定します（符号付き方向の場合）。PMEとP3Mの場合、この比は、その軸に沿って使用するフーリエ空間のグリッド点の最小数を決定します。いずれの場合も、各方向の数は、fourier-nx`オプションにゼロ以外の値を入力することで、上書きできます。PMEにおける粒子間の相互作用とメッシュ部分の相対的な負荷を最適化するために、クーロンカットオフとPMEのグリッド間隔が同じ係数でスケーリングされた場合、静電場の精度がほぼ一定に保たれることを知っておくことが役立ちます。また、この間隔は、`gmx mdrun`におけるPMEのチューニングによって、`rcoulomb`とともにスケーリングできます（参照：`gmx mdrun`の`ref:gmx mdrun）。

fourier-nx¶

fourier-ny¶

fourier-nz¶: (0) Highest magnitude of wave vectors in reciprocal space when using Ewald. Grid size when using PME or P3M. These values override fourierspacing per direction. The best choice is powers of 2, 3, 5 and 7. Avoid large primes. Note that these grid sizes can be reduced along with scaling up rcoulomb by the PME tuning in gmx mdrun.

pme-order¶: (4) The number of grid points along a dimension to which a charge is mapped. The actual order of the PME interpolation is one less, e.g. the default of 4 gives cubic interpolation. Supported values are 3 to 12 (max 8 for P3M-AD). When running in parallel, it can be worth to switch to 5 and simultaneously increase the grid spacing. Note that on the CPU only values 4 and 5 have SIMD acceleration and GPUs only support the value 4.

ewald-rtol¶: (10^-5) Ewald法でシフトされた直接ポテンシャルの相対的な強度は、rcoulomb の値によって決定されます。この値を小さくすると、より正確な直接和が得られますが、その場合、反復和にはより多くの波数ベクトルが必要になります。

ewald-rtol-lj¶: (10^-3) PME（ポテンシャルメディエイト計算）において、vdW相互作用を扱う場合、:mdp:`ewald-rtol-lj`を使用して、:mdp:`rvdw`における分散ポテンシャルの相対的な強さを制御します。これは、:mdp:`ewald-rtol`が静電ポテンシャルを制御する方法と類似しています。

lj-pme-comb-rule¶

(幾何学的な) VdWパラメータをLJ-PMEの反復部分で組み合わせるために使用されるルールは、ロレンツ-ベルテローのルールよりもはるかに高速であり、通常は推奨される選択肢です。たとえ他の力場がロレンツ-ベルテローのルールを使用していたとしても。

Geometric¶: ジオメトリ的組み合わせのルールを適用する

Lorentz-Berthelot¶: ローレンツ-ベルテローの組み合わせ規則を適用する

ewald-geometry¶

3d¶: Ewaldの和は3つの次元すべてで計算されます。

3dc¶: 逆和は依然として3Dで行われますが、``z``方向に適用される力とポテンシャル補正により、擬似的な2D和を生成します。もし、システムが``x-y``平面にスラブ形状をしている場合は、ボックスの``z``次元を増やす（スラブの高さの3倍の高さのボックスであることが一般的）ことを試み、このオプションを使用できます。

epsilon-surface¶: (0) This controls the dipole correction to the Ewald summation in 3D. The default value of zero means it is turned off. Turn it on by setting it to the value of the relative permittivity of the imaginary surface around your infinite system. Be careful - you should not use this if you have free mobile charges in your system. This value does not affect the slab 3DC variant of the long-range corrections.

温度連動¶

ensemble-temperature-setting¶

auto¶: この設定により：ref:gmx grompp は、次の3つの設定のうち、利用可能なものを判断し、適切なものを選択します。すべての原子が同じ温度の温度浴に結合されている場合、定常温度のアンサンブルが選択され、その値は温度浴から取得されます。

constant¶: システムには、固定されたエンセム温度が設定されており、それは ensemble-temperature で指定されます。固定されたエンセム温度は、AWH などの特定のサンプリングアルゴリズムで使用するために必要です。

variable¶: システムは、シミュレーションによるアンニングまたはシミュレーションによるテンピングによって、可変なエンブレム温度を持っています。システムのエングルーム温度は、シミュレーション中に動的に設定されます。

not-available¶: システムには、アンサンブル温度は設定されていません。

ensemble-temperature¶

(-1) [K]

システム全体の温度。この値は、:mdp:``ensemble-temperature-setting=constant の場合にのみ使用されます。デフォルトでは、エンsemblesの温度は、熱浴（使用されている場合）の温度からコピーされます。

tcoupl¶

no¶: 温度の連動は行いません。

berendsen¶: 温度をBerendsenのサーモスタットと、温度：`ref-t`のバスに接続し、時間定数を：`tau-t`に設定します。複数のグループを個別に接続できます。これらのグループは、`tc-grps`フィールドにスペースで区切られた値で指定します。これは、過去のシミュレーションを再現するために必要な歴史的なサーモスタットですが、新しいシミュレーションには強く推奨されません。詳細はマニュアルを参照してください。

nose-hoover¶: 温度結合は、Nose-Hoover拡張アンサンブルを使用します。参照温度と結合グループは上記のように選択されますが、この場合は：tau-t が、平衡状態での温度の変動周期を制御し、これはリラックス時間とはわずかに異なります。 NVTシミュレーションでは、保存されたエネルギー量をエネルギーファイルとログファイルに書き込みます。

andersen¶: 温度の調整は、各タイムステップで粒子の速度の一部をランダム化することで行われます。参照温度と調整グループは上記の手順で選択されます。 :mdp:tau-t は、各分子のランダム化間の平均時間です。粒子のダイナミクスをある程度抑制しますが、ほとんどまたは全くエルゴッド性に関する問題を引き起こしません。現在、速度 Verlet法でのみ実装されており、制約は実装されていません。

andersen-massive¶: 温度の調整は、稀な時間ステップで、すべての粒子の速度をランダム化することによって行われます。参照温度とカップリンググループは、上記のように選択されます。:mdp:tau-t は、すべての分子のランダム化の間隔です。粒子のダイナミクスをある程度抑制しますが、ほとんどまたは全くエルゴディシティの問題を引き起こしません。現在、速度 Verletのみで実装されています。

v-rescale¶: 速度再スケーリングによる温度結合（JCP 126, 014101）。この熱力学は、Berendsen結合に類似しており、同じスケーリング（tau-t`を使用）を使用しますが、確率的な項により、適切なカノニカル分布が生成されます。ランダムシードは、:mdp:`ld-seed`で設定されます。この熱力学は、:mdp:`tau-t = 0の場合でも正しく機能します。NVTシミュレーションでは、保存されたエネルギー量をエネルギーファイルとログファイルに書き込みます。

nsttcouple¶: (-1) 温度を関連付けるステップ間の間隔。デフォルト値である -1 は、nsttcouple を 100 に設定するか、より少ないステップ数を使用し、正確な積分を可能にします（1 階カップリングの場合は 1 周期あたり 5 ステップ、2 階カップリングの場合は 1 周期あたり 20 ステップ）。デフォルト値は大きくなっているのは、運動エネルギーを得るために必要な追加の計算と通信のオーバーヘッドを削減するためです。速度 Verlet イーサレーターの場合、nsttcouple は 1 に設定されます。

nh-chain-length¶: (10) The number of chained Nose-Hoover thermostats for velocity Verlet integrators, the leap-frog integrator=md integrator only supports 1. Data for the NH chain variables is not printed to the edr file by default, but can be turned on with the print-nose-hoover-chain-variables option.

print-nose-hoover-chain-variables¶

no¶: Nose-Hoover チェーンの変数をエネルギーファイルに保存しないでください。

yes¶: ノーズ-フーバーチェーンのすべての位置と速度をエネルギーファイルに保存します。

tc-grps¶: 個別の温度浴に接続するグループ

tau-t¶: [ps] カップリングの時間定数（tc-grps 内の各グループに対して1つ）、「-1」は温度カップリングなしを意味します。

ref-t¶: [K] 結合のための基準温度（：mdp:tc-grps 内の各グループに対して1つ）

圧力を利用した接続¶

pcoupl¶

no¶: 圧力を伴わない。これは、固定されたサイズの箱を使用することを意味します。

Berendsen¶: 指数関数的な緩和圧との結合、時間定数：tau-p。箱は：mdp:`nstpcouple`ステップごとにスケーリングされます。このバーオスタットは、正しい熱力学的なエンsemblesを生成しません。これは、以前のシミュレーションを再現できるようにするためのものであり、新しいシミュレーションには強く推奨されません。詳細はマニュアルを参照してください。

C-rescale¶: 指数関数的な緩和圧力との結合、時間定数：tau-p、および、正しい体積変動を強制するための確率的な項を含む。箱は`nstpcouple`ステップごとにスケールされます。これは、平衡化と生産の両方に使用できます。

Parrinello-Rahman¶: 拡張されたアンサンブル圧力を伴う、箱内のベクトルが運動方程式に従う場合。この運動方程式は原子にも適用される。Nose-Hoover温度とのカップリングと同様に、時間定数：`tau-p`は、平衡状態における圧力の変動の周期を表す。データ収集中に圧力スケールを適用したい場合に有効だが、異なる圧力から開始した場合、非常に大きな振動が発生する可能性があることに注意が必要。NPTアンサンブルの正確な変動を重視する場合、または圧力カップリングの時間定数が非常に短い場合は、この方法は適切ではない可能性がある。これは、Gromacsの実装における現在の時間ステップの圧力と、以前の時間ステップの圧力を組み合わせて使用するためである。

MTTK¶: Martyna-Tuckerman-Tobias-Klein の実装で、:mdp-value:`integrator=md-vv または :mdp-value:`integrator=md-vv-avek のみを使用可能で、Parrinello-Rahman と非常に類似しています。 Nose-Hoover の温度結合の場合、時間定数 :mdp-value:`tau-p は、平衡状態での圧力変動の周期です。データ収集中に圧力スケーリングを適用する場合に、この方法がより適している可能性がありますが、異なる圧力から開始した場合、非常に大きな振動が発生する可能性があることに注意してください。この場合、システムには一定のエンペル温度が必要です。これは異方的なスケーリングのみをサポートし、制約なしで動作します。 MTTK 結合は非推奨です。

pcoupltype¶

使用される圧力カップリングの種類を指定します。各種類は、:mdp:`compressibility と :mdp:`ref-p に対して、1つ以上の値を指定できます。ただし、:mdp:`tau-p には1つの値のみを指定できます。

isotropic¶: 等方的な圧力との結合における時間定数：:mdp:`tau-p。:mdp:`compressibility`と:mdp:`ref-p`の値それぞれを1つずつ指定する必要があります。

semiisotropic¶: 圧力結合は、xおよびy方向に異方性を持つが、z方向に異なる。これは、膜シミュレーションに役立つ可能性がある。 :mdp:`compressibility`と：mdp:`ref-p`のそれぞれに対して2つの値を指定する必要がある。x/y方向とz方向それぞれに対応する。

anisotropic¶: 以前と同様ですが、xx、yy、zz、xy/yx、xz/zx、および yz/zy の各コンポーネントに対して、それぞれ6つの値が必要です。オフダイアゴナルの圧縮係数をゼロに設定すると、矩形ボックスが矩形形状を維持します。ただし、異方性スケーリングはシミュレーションボックスに極端な変形を引き起こす可能性があるため、注意が必要です。

surface-tension¶: xy平面に平行な表面に対する表面張力の結合。 z``方向には通常の圧力結合を使用し、表面張力は箱の ``x/y 方向に結合されます。最初の ref-p の値は、基準表面張力に表面の数 bar nm をかけた値、2番目の値は基準 z 圧力 bar です。2つの compressibility の値は、それぞれ x/y 方向と z 方向の圧縮性を表します。 z 方向の圧縮性は、表面張力の収束に影響を与えるため、ある程度の精度で設定する必要があります。また、箱の高さを一定に保つために、これを 0 に設定することも可能です。

nstpcouple¶: (-1) 圧力を結びつけるステップ間の間隔。デフォルト値である -1 は、nstpcouple を 100、または、正確な積分のために必要な場合に、より少ないステップに設定します（1 階結合の場合は 1 周期あたり 5 ステップ、2 階結合の場合は 1 周期あたり 20 ステップ）。デフォルト値を大きくすることで、 virial と kinetic energy を取得するために必要な追加の計算と通信のオーバーヘッドを削減しています。velocity Verlet 積分の場合、nsttcouple は 1 に設定されます。

tau-p¶: (5) [ps] The time constant for pressure coupling (one value for all directions).

compressibility¶: [bar^-1] 圧縮率（注：現在はbar^{-1`で指定）水の1atmと300Kにおける圧縮率は4.5e-5 bar:sup:}-1`です。必要な値の数は、:mdp:`pcoupltype`によって示されます。

ref-p¶: [bar] 結合のための基準圧力。必要な値の数は、pcoupltype によって示されます。

refcoord-scaling¶

no¶: 参照座標は位置制約の座標として変更されません。このオプションを使用すると、バイラルと圧力の値が定義できない場合があります。詳細は：<reference-manual-position-restraints> を参照してください。

all¶: 参照座標は、圧力カップリングのスケール行列でスケーリングされます。

com¶: 参照座標の質心の値を、圧力カップリングのスケール行列でスケーリングします。各参照座標から質心へのベクトルはスケーリングされません。複数の分子に位置制約がある場合でも、1つの質心のみが使用されます。初期設定における参照座標の質心の計算では、周期境界条件は考慮されません。このオプションを使用すると、 virial と圧力の値が定義できない場合があります。詳細は：<reference-manual-position-restraints> を参照してください。

シミュレーション退火¶

GROMACS では、各温度グループごとにシミュレーションアンニヒレーションを個別に制御します。基準温度は、多項式関数ですが、各グループに対して任意の数の点を使用し、単一のシーケンスまたは周期的な動作のいずれかを選択できます。実際のアンニヒレーションは、選択されたサーモスタットアルゴリズムで使用される基準温度を動的に変更することで行われます。そのため、システムは通常、基準温度に瞬時に到達するわけではありません。

annealing¶

各温度グループごとのアンニングの種類

no¶: シミュレーションされた焼き入れは行いません。代わりに、参照温度の値にのみ対応します。

single¶: 単一のアンネーリング点のシーケンス。シミュレーションが最後の点の時間よりも長い場合、アンネーリングシーケンスが最後の時間点に到達した後、温度はこれに固定された値に設定されます。

periodic¶: 冷却プロセスは、最後の参照時間が到達されると、最初の参照点から再開始されます。このプロセスはシミュレーションが終了するまで繰り返されます。

annealing-npoints¶: 各温度グループで使用される、アンネーリングの参照/制御点の数をリストで指定します。アンネーリングを行わないグループには、0を指定します。リストの項目数は、温度グループの数と一致する必要があります。

annealing-time¶: 各グループの、アンネーリングの基準/制御点における時間のリスト。周期的なアンネーリングを使用している場合は、これらの時間は、最後の値に対してモジュロ演算されます。つまり、値が 0、5、10、および 15 の場合、結合は 15ps、30ps、45ps などの値の後、0ps の値から再開されます。エントリの数は、annealing-npoints に記載されている数値の合計と一致する必要があります。

annealing-temp¶: 各グループのアンネーリングの基準/制御点における温度のリスト。リストの数は、:mdp:`annealing-npoints`に記載されている数値の合計と一致する必要があります。

混乱していますか？わかりました。例を使って説明します。2つの温度グループがあることを前提とします。グループの選択を「annealing = single periodic」に設定し、各グループの点の数を「annealing-npoints = 3 4」に設定し、時間を「annealing-time = 0 3 6 0 2 4 6」に設定し、最後に温度を「annealing-temp = 298 280 270 298 320 320 298」に設定します。最初のグループは0psで298Kに結合されますが、参照温度は線形的に280Kに3psで低下し、その後3psから6psの間で280Kから270Kまで線形的に変化します。その後は270Kで一定になります。2番目のグループは0psで298Kに結合され、2psで線形的に320Kに上昇し、その後4psまで一定になります。4psから6psの間で298Kに下降し、その後同じパターンを繰り返します。つまり、6psから8psの間で298Kから320Kまで線形に上昇します。もし不明な場合は、:ref:`gmx grompp`によって出力されるサマリーを確認してください！

速度生成¶

gen-vel¶

no¶: 速度は生成しないでください。入力構造ファイルに速度の情報がない場合、速度はゼロに設定されます。

yes¶: gmx grompp で、温度 gen-temp におけるマクスウェルの分布に従って速度を生成します。ランダムシードは gen-seed です。これは、integrator=md の場合にのみ意味があります。

gen-temp¶: (300) [K] temperature for Maxwell distribution

gen-seed¶: (-1) [整数] は、ランダムな速度を生成するための乱数ジェネレータを初期化するために使用されます。:mdp:gen-seed が -1 に設定されている場合、疑似乱数ジェネレータが使用されます。

債券¶

constraints¶

指定する結合は、トポロジー内の剛性的な制約に変換されます。ただし、一般的な剛性水モデルには結合は存在せず、代わりに「[settles]」という特別な指示を使用するため、このキーワードの影響は受けません。

none¶: No bonds converted to constraints.

h-bonds¶: H-原子との結合を制約に変換します。

all-bonds¶: すべての結合を制約に変換します。多くの力場は、重い原子間の柔軟な結合をパラメータ化しており、これらの結合を制約することで、二面体のエネルギー障壁が高くなる可能性があります。

h-angles¶: すべての結合を制約に変換し、H-原子を含む角度を結合の制約に変換します。このオプションは非推奨です。

all-angles¶: すべての結合を制約に、すべての角度を結合-制約に変換します。このオプションは非推奨です。

constraint-algorithm¶

任意の非SETTLEホロノミック制約を満たすソルバーを選択します。

LINCS¶: LINear Constraint Solver。ドメイン分解を使用し、並列版であるP-LINCSが使用されます。精度は、:mdp:`lincs-order`で設定され、行列の逆算における行列の数を指定します。行列の逆算修正後、アルゴリズムは回転による長さを補正するために反復修正を行います。この反復回数は、lincs-iter`で制御できます。平均二乗相対制約偏差は、nstlog`ステップごとにログファイルに出力されます。もし、1ステップで結合が:mdp:`lincs-warnangle`よりも回転した場合、警告がログファイルと``stderr``の両方に表示されます。LINCSは、結合された角度制約には使用しないでください。

SHAKE¶: SHAKEはLINCSよりも若干遅く、安定性も低いですが、角度制約に対応しています。相対的な許容度は：`mdp:`で`shake-tol`に設定され、0.0001は「通常の」MDに適した値です。SHAKEは異なる分解ドメインにある原子間の制約をサポートしていませんが、したがって、通常は、水素を含む結合のみが制約されている場合に、更新グループを使用する場合にのみ使用できます。SHAKEはエネルギー最小化には使用できません。

continuation¶

このオプションは、以前は「unconstrained-start」という名前でした。

no¶: 開始設定に制約を適用し、シェルをリセットする

yes¶: 開始設定に制約を適用せず、シェルをリセットしないため、正確な再実行やリトライに役立ちます。

shake-tol¶: (0.0001) SHAKEに対する相対許容値

lincs-order¶: (4) Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix. When constraints form triangles, an additional expansion of the same order is applied on top of the normal expansion only for the couplings within such triangles. For "normal" MD simulations an order of 4 usually suffices, 6 is needed for large time-steps with virtual sites or BD. For accurate energy minimization in double precision an order of 8 or more might be required. Note that in single precision an order higher than 6 will often lead to worse accuracy due to amplification of rounding errors. With domain decomposition, the cell size is limited by the distance spanned by lincs-order +1 constraints. When one wants to scale further than this limit, one can decrease lincs-order and increase lincs-iter, since the accuracy does not deteriorate when (1+ lincs-iter )* lincs-order remains constant.

lincs-iter¶: (1) Number of iterations to correct for rotational lengthening in LINCS. For normal runs a single step is sufficient, but for NVE runs where you want to conserve energy accurately or for accurate energy minimization in double precision you might want to increase it to 2. Note that in single precision using more than 1 iteration will often lead to worse accuracy due to amplification of rounding errors.

lincs-warnangle¶: (30) [deg] maximum angle that a bond can rotate before LINCS will complain

morse¶

no¶: 債券は調和的なポテンシャルで表現されます

yes¶: 債券はモア潜在によって表現されます

エネルギーグループの除外¶

energygrp-excl¶: 現在、エネルギーグループ間の除外はサポートされていません。

壁¶

nwall¶: (0) When set to 1 there is a wall at z=0, when set to 2 there is also a wall at z=z-box. Walls can only be used with pbc =xy. When set to 2, pressure coupling and Ewald summation can be used (it is usually best to use semiisotropic pressure coupling with the x/y compressibility set to 0, as otherwise the surface area will change). Walls interact wit the rest of the system through an optional wall-atomtype. Energy groups wall0 and wall1 (for nwall =2) are added automatically to monitor the interaction of energy groups with each wall. The center of mass motion removal will be turned off in the z-direction.

wall-atomtype¶: 各壁のフォースフィールドにおける原子タイプの名前。例えば、トポロジーで独自の組み合わせルールを持つ特別な壁原子タイプを定義することで、各原子タイプの壁との相互作用を個別に調整できます。

wall-type¶

9-3¶: LJが壁の向こう側のボリュームに統合: 9-3 可能性

10-4¶: LJ が壁面に取り付けられた場合: 10-4 の可能性

12-6¶: 壁からの「z」距離を用いた直接的なLJポテンシャル

table¶: ユーザー定義されたポテンシャルは、「z」方向の壁からの距離でインデックス化され、テーブルは energygrp-table オプションと同様に読み取られます。最初の名前は「通常の」エネルギーグループに対応し、2番目の名前は「wall0」または「wall1」に対応し、分散と斥力列のみを使用します。

wall-r-linpot¶: (-1) [nm] この壁からの距離以下では、ポテンシャルが線形に継続されるため、力は一定です。このオプションを正の値に設定することは、特に、一部の原子が壁の外にある場合に、平衡化を行う際に非常に役立ちます。値が <= 0（wall-type =table の場合）の場合、壁の外にある原子に対して致命的なエラーが発生します。

wall-density¶: [nm^-3] / [nm^-2] は、壁の種類が 9-3 および 10-4 の場合に、各壁の原子密度を示します。

wall-ewald-zfac¶: (3) The scaling factor for the third box vector for Ewald summation only, the minimum is 2. Ewald summation can only be used with nwall =2, where one should use ewald-geometry =3dc. The empty layer in the box serves to decrease the unphysical Coulomb interaction between periodic images.

COMへの接続¶

集団変数へのプルが有効になるかどうかを設定します。プルに使用する座標がある場合、複数の（:mdp:`pull-ncoords`で設定）プル座標が存在し、それに対応して複数の関連するmdp`変数が存在します。例えば、:mdp:`pull-coord1-vec`への参照は、適用されるプル座標に適用されると理解してください。たとえば、2番目のプル座標は、pull-coord2-vec、pull-coord2-kなどによって記述されます。

pull¶

no¶: 質量中心を引き寄せない。以下のすべての引き寄せオプションは無視されます（また、`:ref:`mdpファイルに存在する場合は、残念ながら警告を生成します）。

yes¶: 重心を引き出す操作は、1つ以上のグループに対して、1つ以上の引き出し座標を使用して適用されます。

pull-cylinder-r¶: (1.5) [nm] 円柱の半径を pull-coord1-geometry=cylinder に設定します。

pull-constr-tol¶: (10^-6) 制約引きの際の相対制約許容範囲

pull-print-com¶

no¶: グループに対してCOMを印刷しないでください。

yes¶: すべてのグループのCOM値を、すべてのプル座標に対して``pullx.xvg``ファイルに出力します。

pull-print-ref-value¶

no¶: プル座標ごとの参照値を表示しない

yes¶: 各プル座標の参照値を pullx.xvg ファイルに出力します。

pull-print-components¶

no¶: 各プル座標の距離のみを出力する

yes¶: ``pull-coord1-dim``で選択した距離と直交座標分量を``pullx.xvg``ファイルに出力します。

pull-nstxout¶: (50) interval for writing out the COMs of all the pull groups (0 is never) to the pullx.xvg file.

pull-nstfout¶: (50) interval for writing out the force of all the pulled groups (0 is never) to the pullf.xvg file.

pull-pbc-ref-prev-step-com¶

no¶: 周期境界条件の処理には、参照アトム (pull-group1-pbcatom) を使用してください。

yes¶: 前のステップのCOMを参照して、周期境界条件の処理を行います。参照は、(:mdp:`pull-group1-pbcatom)という参照原子を使用して初期化され、グループの中央に配置する必要があります。前のステップのCOMを使用すると、1つ以上のプルグループが大きく、または非常に柔軟な場合に役立ちます。

pull-xout-average¶

no¶: すべての抽出されたグループの、瞬間の座標を記述してください。

yes¶: 最後に出力された時点からの、取得されたすべてのグループの平均座標を書き出す。注記：一部の分析ツールは、瞬時的な取得結果を期待している場合があります。

pull-fout-average¶

no¶: すべての引き込まれたグループに対する瞬間の力を記述してください。

yes¶: 最後に出力された時点からの平均力を、すべての抽出グループに対して計算します。注記：一部の分析ツールは、瞬時的な抽出結果を必要とする場合があります。

pull-ngroups¶: (1) The number of pull groups, not including the absolute reference group, when used. Pull groups can be reused in multiple pull coordinates. Below only the pull options for group 1 are given, further groups simply increase the group index number.

pull-ncoords¶: (1) The number of pull coordinates. Below only the pull options for coordinate 1 are given, further coordinates simply increase the coordinate index number.

pull-group1-name¶: プルグループの名前は、インデックスファイルまたはデフォルトグループから取得されます。

pull-group1-weights¶: オプションの相対的な重みは、原子の質量に掛け合され、COM（中心質量）の合計質量を計算するために使用されます。これらの重みの数は0、つまりすべての原子の数、またはプルグループ内の原子の数である必要があります。

pull-group1-pbcatom¶: (0) The reference atom for the treatment of periodic boundary conditions inside the group (this has no effect on the treatment of the pbc between groups). This option is only important when the diameter of the pull group is larger than half the shortest box vector. For determining the COM, all atoms in the group are put at their periodic image which is closest to pull-group1-pbcatom. A value of 0 means that the middle atom (number wise) is used, which is only safe for small groups. gmx grompp checks that the maximum distance from the reference atom (specifically chosen, or not) to the other atoms in the group is not too large. This parameter is not used with pull-coord1-geometry cylinder. A value of -1 turns on cosine weighting, which is useful for a group of molecules in a periodic system, e.g. a water slab (see Engin et al. J. Chem. Phys. B 2010).

pull-coord1-type¶

umbrella¶: 基準グループと1つ以上のグループ間の傘ポテンシャルを使用して、質量中心を引く。

constraint¶: 中心質量を、参照グループと1つ以上のグループ間の制約を使用して引っ張る。設定は、傘オプションと全く同じだが、ハーモニックポテンシャルの代わりに剛性制約が適用される点が異なる。ただし、複数の時間ステップと組み合わせて使用することはできません。

constant-force¶: 中心の質量を引く際に、線形ポテンシャルと、それによって一定の力が作用します。このオプションでは、基準位置がないため、パラメータ：pull-coord1-init および pull-coord1-rate は使用されません。

flat-bottom¶: 距離が pull-coord1-init を超える場合、調和的なポテンシャルが適用されます。それ以外の場合は、ポテンシャルは適用されません。

flat-bottom-high¶: 距離が pull-coord1-init 未満の場合、調和的なポテンシャルが適用されます。それ以外の場合は、ポテンシャルは適用されません。

external-potential¶: 別のモジュールによって提供される必要のある外部ポテンシャル。

pull-coord1-potential-provider¶: 外部モジュール名で、:mdp-value:`pull-coord1-type=external-potential の場合に利用できるものです。

pull-coord1-geometry¶

distance¶: 2つのグループを繋ぐベクトルを引きます。コンポーネントは、`:mdp:``pull-coord1-dim`を使用して選択できます。

direction¶: 方向に pull-coord1-vec を参照します。

direction-periodic¶: pull-coord1-geometry=direction のように設定できますが、距離がボックスの長さの半分以下になるように、周期的なボックスベクトル補正は適用されません。これは、プルレートを使用して参照位置を連続的に変更することで、ボックスのグループをボックスの長さの半分よりも大きく分離させる場合にのみ役立ちます。このジオメトリでは、プル次元におけるボックスは動的に変化しない（*例：*圧力スケーリングは行わない）必要があります。また、プル力はバイラルに追加されません。

direction-relative¶: pull-coord1-geometry=direction のように、プルベクトルは、3番目のプルグループの中心から4番目のプルグループの中心に向かうベクトルです。つまり、4つのグループを pull-coord1-groups に指定する必要があります。プル力は、プルベクトルにトルクを生じさせ、その結果、ベクトルを定義する2つのグループに対して、ベクトルに対して垂直な力が生じます。プルグループを、ベクトルを定義する2つのグループの間で移動させるには、これらの2つのグループの合を基準グループとして使用するだけです。

cylinder¶: 設計は、参照グループのローカル円筒形の部分によって指定された参照COMに対する、レイヤーへの引き出しを可能にするものです。引き出しは、:mdp:`pull-coord1-vec`の方向に行われます。 :mdp:`pull-coord1-groups`にある2つのグループのうちの1つから、:mdp:`pull-coord1-vec`の方向に半径：:mdp:`pull-cylinder-r`の円が、2番目のグループのCOMを通る軸の周りに選択されます。原子の重さは、半径が0から：:mdp:`pull-cylinder-r`まで連続的に0に減少します（質量による重み付けも使用されます）。この半径依存性は、両方の引き出しグループに半径方向の力を生じさせます。注意点として、半径はボックスサイズの半分よりも小さくなっている必要があります。傾いた円の場合、さらに半分よりも小さくなっている必要があります。これは、参照グループ内の原子と引き出しグループのCOMとの間の距離が、半径と軸方向の両方の成分を持つためです。このジオメトリは、制約付きの引き出しではサポートされていません。

angle¶: 最初のグループの協調中心と2番目のグループの協調中心、および3番目のグループの協調中心と4番目のグループの協調中心を結ぶベクトル間の角度として角度を定義します。

angle-axis¶: 「しかし、`pull-coord1-geometry=angle`のように設定することも可能ですが、2番目のベクトルは`pull-coord1-vec`で指定する必要があります。したがって、最初のベクトルを定義する2つのグループのみを指定すればよろしいです。」

dihedral¶: 六つのグループで定義された二面角を引く。これにより、以下の3つのベクトルのペアが定義される：グループ1の中心質量からグループ2の中心質量へのベクトル、グループ3の中心質量からグループ4の中心質量へのベクトル、およびグループ5の中心質量からグループ6の中心質量へのベクトル。その後、二面角は、最初の2つのベクトルで張られた平面と、最後の2つのベクトルで張られた平面との間の角度として定義される。

transformation¶: 他のプル座標を、`:mdp:`pull-coord1-expression`で定義された数学的式を使用して変換します。より低いインデックスのプル座標と時間も、このプル座標の変数として使用できます。したがって、変換対象のプル変換座標は、変換するすべてのプル座標よりも高いプル座標インデックスを持つ必要があります。

pull-coord1-expression¶: 数学的な式を使用して、下位インデックスのプル座標を新しい座標に変換します。プル座標は、式内の変数として参照され、pull-coord1`の値が'x1'、`pull-coord2`の値が'x2'などの値になります。時間も変数として使用でき、't'となります。ただし、角度の座標は、式内でラジアン単位を使用します。この数学的な式は、muParserを使用して評価されます。pull-coord1-geometry=transformation が設定されている場合にのみ有効です。

pull-coord1-dx¶: (1e-9) 他のプル座標に対するプル座標の数値的な導出に使用する有限差分のサイズ。現在の実装では、単純な1次有限差分法を使用して導出を行うため、f'(x) = (f(x+dx) - f(x)) / dx です。次の場合にのみ適用されます：mdp-value:`pull-coord1-geometry=transformation。

pull-coord1-groups¶: このプル座標が動作するグループインデックス。必要なグループインデックスの数は、形状に依存します。最初のインデックスは基準グループであり、0の場合、絶対参照：pull-coord1-origin が使用されます。絶対参照を使用すると、システムは翻訳に対して不変ではなくなり、質量中心の動きをどのように扱うかを検討する必要があります。

pull-coord1-dim¶: (Y Y Y) は、このプル座標が適用される寸法と、:mdp:`pull-print-components = :mdp-value:`pull-coord1-start=yes の場合に、出力ファイルに表示される寸法を選択します。 :mdp:`pull-coord1-geometry = :mdp-value:`pull-coord1-geometry=distance の場合、Y に設定されたカルテシアン成分のみが距離に寄与します。したがって、この設定を Y Y N にすると、x/y 座標平面における距離が計算されます。その他のジオメトリの場合、:mdp:`pull-coord1-vec にゼロ以外の値が設定されているすべての寸法を Y に設定する必要があります。その他の寸法の値は、出力にのみ影響します。

pull-coord1-origin¶: (0.0 0.0 0.0) 絶対参照を使用する場合のプル参照位置。

pull-coord1-vec¶: (0.0 0.0 0.0) 引力の方向。 gmx grompp がベクトルを正規化します。

pull-coord1-start¶

no¶: 変更しないでください：mdp:pull-coord1-init

yes¶: `mdp-options`で、初期構造のCOM距離を：`pull-coord1-init`に追加する

pull-coord1-init¶: (0.0) [nm] または [度] 0 時に基準となる距離または基準となる角度。

pull-coord1-rate¶: (0) [nm/ps] or [deg/ps] The rate of change of the reference position or reference angle.

pull-coord1-k¶: (0) [kJ mol^-1 nm^-2] or [kJ mol^-1 nm^-1] or [kJ mol^-1 rad^-2] or [kJ mol^-1 rad^-1] The force constant. For umbrella pulling this is the harmonic force constant in kJ mol^-1 nm^-2 (or kJ mol^-1 rad^-2 for angles). For constant force pulling this is the force constant of the linear potential, and thus the negative (!) of the constant force in kJ mol^-1 nm^-1 (or kJ mol^-1 rad^-1 for angles). Note that for angles the force constant is expressed in terms of radians (while pull-coord1-init and pull-coord1-rate are expressed in degrees).

pull-coord1-kB¶: (pull-k1) [kJ mol⁻¹ nm⁻²] または [kJ mol⁻¹ nm⁻¹] または [kJ mol⁻¹ rad⁻²] または [kJ mol⁻¹ rad⁻¹]。 :mdp:pull-coord1-k: と同様ですが、状態 B の場合。このパラメータは、:mdp:free-energy が有効になっている場合にのみ使用されます。この場合、力定数は (1 - lambda) * :mdp:pull-coord1-k + lambda * :mdp:pull-coord1-kB となります。

AWH の適応バイアス¶

awh¶

no¶: バイアスは適用されません。

yes¶: AWHメソッドを使用して、反応座標にアダプティブなバイアスを適用し、それに対応するPMF（ポテンシャルエネルギー分布）を推定します。これには、一定のアンサンブル温度が利用可能である必要があります。PMFおよびその他のAWHデータは、awh-nstout`で設定された間隔でエネルギーファイル（:ref:`edr）に書き込まれ、gmx awh``ツールを使用して抽出できます。AWH座標は多次元であり、各次元をプル座標インデックス（および/または、:mdp:`free-energy`で定義されたアルケマイカルな自由ラムダ状態の次元）にマッピングすることで定義されます。ただし、以下の条件を満たす場合にのみ許可されます：:mdp-value:`pull-coord1-type=external-potential` および :mdp:`pull-coord1-potential-provider` = ``awh が、関連するプル座標インデックスに対して設定されている必要があります。AWHでは、「direction-periodic」ジオメトリおよび時間依存の変換座標はサポートされていません。

awh-potential¶

convolved¶: 適用されるバイアス電位は、バイアス関数と一連の調和型傘電位の畳み込みです（詳細は：awh-potential=umbrella の設定を参照）。これにより、滑らかな電位関数と力が得られます。各傘電位の力定数によって、電位の解像度が決定されます（詳細は：awh1-dim1-force-constant の設定を参照）。このオプションは、AWH反応座標の次元として、自由エネルギーλ状態を使用する場合には互換性はありません。

umbrella¶: 潜在的なバイアスは、モンテカルロサンプリングを使用して、調和ポテンシャルの位置を制御することで適用されます。力定数は、:mdp:awh1-dim1-force-constant で設定されます。ウインドソークの位置は、モンテカルロ法を使用して、:mdp:awh-nstsample ステップごとにサンプリングされます。このオプションは、AWH反応座標の次元として、自由エネルギーのラムダ状態を使用する場合に必要です。それ以外の場合、このオプションは主に比較やテストの目的で使用され、ウインドソークを使用することには利点はありません。

awh-share-multisim¶

no¶: AWHは、`:ref:`gmx mdrun`オプション `-multidir`で開始されたシミュレーション間でバイアスを共有しません。バイアスは独立して存在します。

yes¶: :ref:`gmx mdrun とオプション -multidir を使用すると、:mdp:`awh1-share-group が 0 より大きいバイアスを持つシミュレーションと、同じ :mdp:`awh1-share-group 値を持つバイアスを持つシミュレーション間で、バイアスとPMFの推定値を共有できます。シミュレーション間で共有するには、AWHの設定が同じである必要があります。:ref:`gmx mdrun は、シミュレーションが技術的に共有可能かどうかを確認しますが、ユーザーはバイアスの共有が物理的に意味があるかどうかを確認する必要があります。

awh-seed¶: (-1) モンテカルロ法による傘の位置のサンプリングのための乱数シード。-1 はシードを生成することを意味します。:mdp-value:`awh-potential=umbrella のみで使用されます。

awh-nstout¶: (100000) Number of steps between printing AWH data to the energy file, should be a multiple of nstenergy.

awh-nstsample¶: (10) Number of steps between sampling of the coordinate value. This sampling is the basis for updating the bias and estimating the PMF and other AWH observables.

awh-nsamples-update¶: (100) The number of coordinate samples used for each AWH update. The update interval in steps is awh-nstsample times this value.

awh-nbias¶: (1) The number of biases, each acting on its own coordinate. The following options should be specified for each bias although below only the options for bias number 1 is shown. Options for other bias indices are obtained by replacing '1' by the bias index.

awh1-error-init¶: (10.0) [kJ mol^-1] このバイアスに対するPMFの推定される初期平均誤差。この値と、サンプリング間隔と与えられた拡散定数(s)に基づいて推定される交差時間：awh1-dim1-diffusion を組み合わせることで、初期バイアス率を決定します。複数の次元の場合、最も長い交差時間を使用します。この誤差は、あらかじめ知られていません。ただし、awh1-error-init の粗い推定値のみが必要となります。一般的には、新しいシミュレーションを開始する際には、awh1-error-init をデフォルト値のままにしておくことを推奨します。一方で、もしPMFに関するあらかじめの知識がある場合（例えば、初期PMFの推定値が提供されている場合、awh1-user-data オプションを参照）、awh1-error-init はその知識を反映させる必要があります。

awh1-growth¶

各バイアスは、座標サンプルの参照ウェイトヒストグラムを保持します。そのサイズは、バイアス関数の大きさおよび自由エネルギーの推定更新の量を決定し（少数のサンプルは大きな更新に対応し、その逆も同様）、したがって、その成長率は最大収束速度を決定します。

exp-linear¶: デフォルトでは、ヒストグラムが指数関数的に（ただしサンプリングレートよりも遅い速度で）成長する初期段階があります。それに続く最終段階では、成長率は線形であり、サンプリングレート（:mdp:`awh-nstsample`で設定）と同じになります。通常、初期段階は、高い自由エネルギーバリアがまだバイアスによって平坦化されていない新しいシミュレーションを開始する際に、効率的な収束を達成するために必要です。

linear¶: :mdp-value:`awh1-growth=exp-linear`を使用しますが、初期段階はスキップします。これは、*予備的な知識*（：mdp-value:`awh1-error-init`を参照）がある場合に役立ちます。これにより、初期段階が不要になる場合があります。また、この設定は：mdp-value:`awh1-target=local-boltzmann`との互換性があります。

awh1-growth-factor¶: (2) [] The growth factor \(\gamma\) during the exponential phase with awh1-growth=exp-linear. Should be larger than 1.

awh1-equilibrate-histogram¶

yes¶: 初期段階に入る前に（詳細は：mdp-value:`awh1-growth=exp-linear`を参照）、サンプリングされた重みのヒストグラムがターゲット分布に十分に一致していることを確認してください（具体的には、ターゲット領域の少なくとも80%が、：mdp-value:`awh1-histogram-tolerance`という相対誤差以下である必要があります）。このオプションは、：mdp:`awh1-share-group`が0より大きい場合に特に重要であり、初期設定がターゲット分布を適切に表現していない場合に有効です。

no¶: ヒストグラムをバランスさせないでください。

awh1-histogram-tolerance¶: (0.3) [] サンプリングされた重みのヒストグラムに対する相対的な許容範囲。:mdp-value:`awh1-equilibrate-histogram=yes を使用する場合に使用されます。0.3という値は、単一のウォーカーを使用する場合でも、収束を遅くすることなく、十分に大きいです。

awh1-target¶

constant¶: 定義されたサンプリング範囲（[awh1-dim1-start, :mdp:`awh1-dim1-end`で定義）において、バイアスは一定（均一）な座標分布に向いて調整されます。

cutoff¶: 類似の`:mdp-value:awh1-target=constant`ですが、ターゲット分布は、推定されたグローバル最小値に対する自由エネルギーFを基準とした、1/(1 + exp(F - :mdp-value:`awh1-target=cutoff))に比例します。これにより、自由エネルギーがカットオフよりも低い領域では、フラットなターゲット分布を、自由エネルギーがカットオフよりも高い領域では、ボルツマン分布にスムーズに切り替えることができます。

boltzmann¶: ターゲット分布は、スケーリングされたベータ（逆温度）因子である：awh1-target-beta-scaling で定義されたボルツマン分布です。例： 0.1 の値は、シミュレーション温度を 10 倍にした場合に得られる同じ座標分布を与えます。

local-boltzmann¶: 同じターゲット分布を使用し、:mdp:`awh1-target-beta-scaling`を使用しますが、ターゲット分布への収束は本質的に局所的*つまり、バイアスの変化率は局所的なサンプリングにのみ依存します。この局所的な収束特性は、awh1-growth=linear`のみと互換性があり、:mdp-value:`awh1-growth=exp-linear`の場合、初期段階でヒストグラム全体が再スケーリングされます。

awh1-target-beta-scaling¶: (0) For awh1-target=boltzmann and awh1-target=local-boltzmann it is the unitless beta scaling factor taking values in (0,1).

awh1-target-cutoff¶: (0) [kJ mol^-1] For awh1-target=cutoff this is the cutoff, should be > 0.

awh1-user-data¶

no¶: PMFとターゲット分布をデフォルト値で初期化します。

yes¶: PMF（確率分布）とターゲット分布を、ユーザーが提供したデータで初期化します。 awh-nbias = 1 の場合、gmx mdrun は、実行ディレクトリに awhinit.xvg ファイルが存在することを期待します。複数のバイアスの場合、gmx mdrun は awhinit1.xvg、awhinit2.xvg などのファイルが必要です。ファイル名は、"-awh" オプションを使用して変更できます。各入力ファイルの最初の awh1-ndim 列には、座標の値を含める必要があります。各行が座標空間内の点を定義するように、各行が点を定義します。 awh1-ndim + 1 列には、各点の PMF 値（kT 単位）を含めます。ターゲット分布の列は、PMF（awh1-ndim + 2 列）の後に続くか、gmx awh で記述された列と同じ列にすることができます。

awh1-share-group¶

0¶: 偏見を共有しないでください。

positive¶: シミュレーション間でバイアスとPMFの推定値を共有します。ただし、これは現在、同じインデックスを持つバイアス間でのみ機能します。また、現在、単一のシミュレーション内での共有はサポートされていません。バイアスは、:mdp:`awh1-share-group`に同じ値を指定する複数のシミュレーション間で共有されます。これを有効にするには、awh-share-multisim=yes`を使用し、gmx mdrun`オプション `-multidir``を使用します。共有により初期段階で収束が促進される可能性がありますが、特に複数のバイアス間で共有する場合、初期設定が重要になります。注意：複数のウォーカーが同じ退化した反応座標を共有する場合、サンプリングが重なり、サンプリング範囲を十分にカバーすることが難しくなる可能性があります。

awh1-target-metric-scaling¶

no¶: AWHの摩擦係数に基づいてターゲット分布をスケーリングしないでください。

yes¶: ターゲット分布を、AWH摩擦メトリックに基づいてスケーリングします。摩擦が高い領域（長い自己相関時間）は、より多くサンプリングされます。拡散メトリックは、摩擦メトリックの逆です。このスケーリングは、任意の`:mdp:awh1-target`タイプで使用でき、ユーザーが提供したターゲット分布の修正（:mdp:`awh1-user-data）を行った後に適用されます。`:mdp-value:`awh1-growth=exp-linear`の場合、ターゲット分布のスケーリングは、初期フェーズを終了した後から開始されます。

awh1-target-metric-scaling-limit¶: (10) The upper limit of scaling, relative to the average, when awh1-target-metric-scaling is enabled. The lower limit will be the inverse of this value. This upper limit should be > 1.

awh1-ndim¶: (1) [integer] Number of dimensions of the coordinate, each dimension maps to 1 pull coordinate. The following options should be specified for each such dimension. Below only the options for dimension number 1 is shown. Options for other dimension indices are obtained by replacing '1' by the dimension index.

awh1-dim1-coord-provider¶

pull¶: `pull`モジュールは、この次元における反応座標を提供します。複数の時間ステップを使用する場合、AWHと`pull`は同じMTSレベルに設定する必要があります。

fep-lambda¶: 自由エネルギー：free-energy ラムダ状態は、この次元における反応座標です。使用するラムダ状態は、fep-lambdas、vdw-lambdas、coul-lambdas などの指定で決定されます。これは delta-lambda と互換性はありません。また、calc-lambda-neighbors=-1 が必要です。複数の時間ステップを使用する場合、AWH は「slow」レベルに設定する必要があります。このオプションを使用するには、awh-potential=umbrella が必要です。

awh1-dim1-coord-index¶: (1) Index of the pull coordinate defining this coordinate dimension.

awh1-dim1-force-constant¶: (0) [kJ mol^-1 nm^-2] or [kJ mol^-1 rad^-2] Force constant for the (convolved) umbrella potential(s) along this coordinate dimension.

awh1-dim1-start¶: (0.0) [nm] または [deg] この軸におけるサンプリング間隔の開始値。許可される値の範囲は、関連するプル形状（を参照：pull-coord1-geometry:）によって異なります。ジヘドラル形状の場合、:mdp:`awh1-dim1-start が awh1-dim1-end より大きい場合は許可されます。この場合、間隔は +period/2 から -period/2 にループします。方向形状の場合、方向が箱ベクトルに沿っている場合、および箱の長さの 95% を超える場合に、軸が周期的に設定されます。注意：周期的な軸に圧力を加えることは避けてください。

awh1-dim1-end¶: (0.0) [nm] または [deg] サンプリング間隔を定義する終値、および :mdp:awh1-dim1-start と共に使用します。

awh1-dim1-diffusion¶: (10^-5) [nm²/ps], [rad²/ps] または [ps^-1] この座標次元における推定拡散定数であり、初期バイアス率を決定します。これはあくまで概算値であり、非常に低い値に設定された場合（収束が遅くなる）や、非常に高い値に設定された場合（システムが平衡から大きく外れる）を除き、結果に大きな影響を与える必要はありません。この値を明示的に設定しない場合、警告が表示されます。

awh1-dim1-cover-diameter¶: (0.0) [nm] または [deg] の直径。これは、初期段階で特定の座標値の周りで、単一のシミュレーションによってサンプリングする必要がある直径です（例：awh1-growth=exp-linear）。 0 より大きい値を使用すると、各座標値に対して、この直径が連続的に変化することが保証されます。これは、独立したシミュレーションでは当然のことですが、複数のバイアスを共有するシミュレーション（awh1-share-group > 0）では当てはまりません。直径が 0 の場合、シミュレーションが全体の範囲をサンプリングするとすぐにカバーが完了します。ただし、多くの共有シミュレーションでは、これは自由エネルギー障壁を越える遷移を保証しません。一方、直径がサンプリング範囲の長さ以上の場合、単一のシミュレーションが独立して全体の範囲をサンプリングすると、カバーが完了します。

強制的なローテーション¶

これらの mdp パラメータを使用することで、例えばタンパク質のサブユニットなどの原子群の回転を強制できます。 `リファレンスマニュアル`_には、そのような回転を実現するために使用できる13種類の異なるポテンシャルについて詳細に記述されています。

rotation¶

no¶: 強制的なローテーションは適用されません。すべての強制的なローテーションオプションは無視されます（そして、もし`:ref:`mdp`ファイルに存在する場合は、残念ながら警告が生成されます）。

yes¶: `:mdp:`rot-group0`オプションで指定された原子群に、:mdp:`rot-type0`で指定された回転ポテンシャルを適用します。

rot-ngroups¶: (1) Number of rotation groups.

rot-group0¶: インデックスファイル内の回転グループ 0 の名前。

rot-type0¶: (iso) 回転操作のタイプで、回転グループ 0 に適用されるものです。次のいずれかになります。 iso、iso-pf、pm、pm-pf、rm、rm-pf、rm2、rm2-pf、flex、flex-t、flex2、または flex2-t。

rot-massw0¶: (いいえ) 多数の重み付けされた回転グループの位置を使用する。

rot-vec0¶: (1.0 0.0 0.0) 回転ベクトル。正規化されます。

rot-pivot0¶: (0.0 0.0 0.0) [nm] ピボット点。ポテンシャル「iso」、「pm」、「rm」、「rm2」のいずれかを使用できます。

rot-rate0¶: (0) [degree ps^-1] Reference rotation rate of group 0.

rot-k0¶: (0) [kJ mol^-1 nm^-2] Force constant for group 0.

rot-slab-dist0¶: (1.5) [nm] 柔軟な軸回転タイプが選択された場合、スラブ間の距離。

rot-min-gauss0¶: (0.001) ガウス関数の最小値（カットオフ）を、評価する力に対して設定します（柔軟な軸のポテンシャルの場合）。

rot-eps0¶: (0.0001) [nm:superscript:2] rm2* および flex2* のポテンシャルの付加定数 ε の値。

rot-fit-method0¶: (rmsd) 回転群の実際の角度を決定する際に使用する適合方法（「rmsd」、「norm」、または「potential」のいずれか）。

rot-potfit-nsteps0¶: (21) For fit type potential, the number of angular positions around the reference angle for which the rotation potential is evaluated.

rot-potfit-step0¶: (0.25) 「potential」という種類の適合の場合、2つの角度位置間の角度の差。

rot-nstrout¶: (100) Output interval (in steps) for the angle of the rotation group, as well as for the torque and the rotation potential energy.

rot-nstsout¶: (1000) Output interval (in steps) for per-slab data of the flexible axis potentials, i.e. angles, torques and slab centers.

エネルギー計算¶

free-energy¶

no¶: Only use topology A.

yes¶: A (λ=0) から B (λ=1) へのトポロジー間の補間を行い、ハミルトニアンの λ に関する微分（dhdl-derivatives で指定されたもの）または、他の「外部」の λ 値に対するハミルトニアンの差（calc-lambda-neighbors で指定されたもの）をエネルギーファイルと/または dhdl.xvg に書き込みます。これらの値は、例えば gmx バーなどで処理できます。ポテンシャル、結合長、および角度は、マニュアルに記載されているように線形に補間されます。 sc-alpha が 0 より大きい場合、LJ およびクーロン相互作用にはソフトコアポテンシャルが使用されます。

expanded¶: 拡張されたアンサンブルシミュレーションを有効にします。これにより、アルケマイカル状態が動的な変数となり、異なるハミルトニアン間の移動が可能になります。拡張されたアンサンブルシミュレーションの実行方法を制御するための、拡張されたアンサンブルオプションを参照してください。拡張されたアンサンブルシミュレーションで使用される異なるハミルトニアンは、他の自由エネルギーオプションによって定義されます。

init-lambda¶: (-1) 初期値として使用するラムダの値（浮動小数点数）。通常、この値はゆっくりと増加する（つまり、ゼロでない：mdp:delta-lambda）場合にのみ使用する必要があります。その他の場合は、代わりに：mdp:`init-lambda-state`を指定してください。ラムダベクトルが指定されている場合、：mdp:`init-lambda`を使用してベクトルを直接設定するのではなく、ベクトルを補間します。0以上である必要があります。

delta-lambda¶: (0) increment per time step for lambda

init-lambda-state¶: (-1) ラムダ状態の初期値（整数）。使用するラムダベクトルの列（coul-lambdas、vdw-lambdas、bonded-lambdas、restraint-lambdas、mass-lambdas、temperature-lambdas、fep-lambdas）を指定します。これは0から始まるインデックスです。:mdp-value:`init-lambda-state=0`は最初の列を意味し、同様に、1は2番目の列、2は3番目の列、というように続きます。

fep-lambdas¶: [配列] Delta H の値を計算し、dhdl.xvg ファイルに nstdhdl ステップごとに書き込む、ラムダ値の 0、1、または複数の値を指定します。値は 0 以上でなければなりません。1 より大きい値を使用することも可能ですが、注意して使用してください。異なるラムダ値間の自由エネルギー差は、gmx バーを使用して決定できます。 fep-lambdas は、他の -lambdas キーワードとは異なり、指定されていないラムダベクトルのすべてのコンポーネントが fep-lambdas を使用します。

coul-lambdas¶: [配列] Delta H の値が dhdl.xvg ファイルに nstdhdl ステップごとに記録される、0、1、または複数のラムダ値。値は 0 以上でなければなりません。1 より大きい値を使用することも可能ですが、注意して使用してください。ソフトコアポテンシャルを使用する場合は、値は 0 と 1 の間である必要があります。このラムダベクトルのコンポーネントを使用すると、静電相互作用のみが制御されます（そして、lambda=0 と lambda=1 の状態が異なる静電相互作用を持つ場合にのみ）。

vdw-lambdas¶: [配列] Delta H の値を計算し、dhdl.xvg ファイルに nstdhdl ステップごとに書き込む、ラムダ値の 0、1、または複数の値。値は 0 以上でなければなりません。1 より大きい値を使用することも可能ですが、注意して使用してください。ソフトコアポテンシャルを使用する場合は、値は 0 から 1 の範囲でなければなりません。このラムダベクトルのコンポーネントは、主に van der Waals 相互作用を制御します。

bonded-lambdas¶: [配列] Delta H の値を dhdl.xvg ファイルに nstdhdl ステップごとに記録する、0、1、または複数のラムダ値。値は 0 以上でなければなりません。1 より大きい値を使用することも可能ですが、注意して使用してください。このラムダベクトルのコンポーネントは、結合相互作用のみを制御します。

restraint-lambdas¶: [配列] Delta H の値を計算し、dhdl.xvg ファイルに nstdhdl ステップごとに書き込む、ラムダ値の 0、1、または複数の値を指定します。値は 0 以上でなければなりません。 1 より大きい値を使用することも可能ですが、注意して使用してください。このラムダベクトルのコンポーネントでは、以下の制約相互作用のみを制御します。立配相関制約と、プルコード制約。

mass-lambdas¶: [配列] Delta H の値を dhdl.xvg ファイルに nstdhdl ステップごとに記録する、0、1、または複数のラムダ値。値は 0 以上でなければなりません。1 より大きい値を使用することも可能ですが、注意して使用してください。このラムダベクトルのコンポーネントのみで、粒子の質量が制御されます。

temperature-lambdas¶: [配列] Delta H の値を dhdl.xvg に、nstdhdl` ステップごとに計算し、記録する、ラムダ値の 0、1、または複数の値を指定します。値は 0 以上でなければなりません。 1 より大きい値を使用することも可能ですが、注意して使用してください。このラムダベクトルのコンポーネントのみを使用して、温度を制御します。これらのラムダ値は、レプリカ交換には使用せず、シミュレーションによる温度制御にのみ使用してください。

calc-lambda-neighbors¶: (1) Controls the number of lambda values for which Delta H values will be calculated and written out, if init-lambda-state has been set. These lambda values are referred to as "foreign" lambdas. A positive value will limit the number of lambda points calculated to only the nth neighbors of init-lambda-state: for example, if init-lambda-state is 5 and this parameter has a value of 2, energies for lambda points 3-7 will be calculated and writen out. A value of -1 means all lambda points will be written out. For normal BAR such as with gmx バー, a value of 1 is sufficient, while for MBAR -1 should be used.

sc-function¶

(beutler)

beutler¶

Beutler et al. のハードウェア実装

gapsys¶

Gapsys et al. のハードウェアコア機能

sc-alpha¶: (0) for sc-function=beutler the soft-core alpha parameter, a value of 0 results in linear interpolation of the LJ and Coulomb interactions. Used only with sc-function=beutler

sc-r-power¶: (6) power 6 for the radial term in the soft-core equation. Used only with sc-function=beutler

sc-coul¶: (いいえ) 分子のクーロン相互作用に、ソフトコアの自由エネルギー相互作用変換を適用するかどうか。デフォルトは「いいえ」です。これは、一般的にクーロン相互作用を線形に無効化してから、ヴァン・デル・ワールス相互作用を無効化する方が効率的であるためです。この機能は、複数のラムダ成分が存在する場合にのみ適用され、`sc-alpha`を0に設定することで、ソフトコア相互作用を無効化できます。`sc-function=beutler`を使用する場合のみ使用します。

sc-power¶: (1) the power for lambda in the soft-core function, only the values 1 and 2 are supported. Used only with sc-function=beutler

sc-sigma¶: (0.3) [nm] を sc-function=beutler の場合、C6 または C12 のパラメータが 0 または :mdp:sc-sigma より小さい σ の粒子用のソフトコア σ として使用されます。 sc-function=beutler のみで使用されます。

sc-gapsys-scale-linpoint-lj¶: (0.85) は、sc-function=gapsys の場合にのみ使用される、無単位の alphaLJ パラメータです。これは、vdW 力の線形化に使用される点をスケーリングすることで、van der Waals の相互作用の強さを制御します。この値を 0 に設定すると、標準的なハードコアの van der Waals 相互作用になります。sc-function=gapsys のみで使用します。

sc-gapsys-scale-linpoint-q¶: (0.3) [nm/e^2] sc-function=gapsys の場合、alphaQ パラメータのデフォルト値は 0.3 です。これは、クーロン相互作用の強さを制御します。この値を 0 に設定すると、標準的なハードコアのクーロン相互作用になります。sc-function=gapsys のみで使用します。

sc-gapsys-sigma-lj¶: (0.3) [nm] を sc-function=gapsys の場合、C6 または C12 パラメータが 0 の粒子のためのソフトコアシグマとして使用します。 sc-function=gapsys のみで使用します。

couple-moltype¶: ここに、トポロジーで定義された分子タイプを指定して、溶解度やカップリングの自由エネルギーを計算できます。 ``system``という特別なオプションを使用すると、システム内のすべての分子タイプを結合できます。これは、（ほぼ）ランダムな座標からシステムを平衡させるのに役立ちます。 :mdp:`free-energy`を有効にする必要があります。この分子タイプのVan der Waals相互作用と/または電荷は、:mdp:`couple-lambda0`と:mdp:`couple-lambda1`の設定に応じて、λ=0からλ=1の間で有効または無効にできます。複数の分子のコピーのいずれかを分離したい場合は、トポロジー内の分子の定義をコピーして名前を変更する必要があります。

couple-lambda0¶

vdw-q¶: すべてのインタラクションが有効で、lambda=0

vdw¶: λ=0 の場合、電荷はゼロ（クーロン相互作用がない）

q¶: ヴァン・デル・ワールス相互作用は、λ=0 の場合に無効化されます。特異性を回避するには、ソフトコア相互作用が必要になります。

none¶: ヴァン・デル・ワールス相互作用はオフになり、λ=0 の場合に電荷はゼロになります。特異性を回避するには、ソフトコア相互作用が必要になります。

couple-lambda1¶: 類似の機能は：`mdp:couple-lambda0`ですが、lambda=1の場合

couple-intramol¶

no¶: 分子タイプ：couple-moltype のすべての分子内非相互作用は、除外と明示的なペア相互作用に置き換えられます。これにより、分子の分離状態は、周期性効果なしで適切な真空状態に対応します。

yes¶: 分子内の一分子間およびクーロン相互作用もオン/オフにできます。これは、比較的大きな分子の自由エネルギーの分割に役立つ場合があります。分子内の一分子間非相互作用が、運動学的に閉じ込められた真空の構造につながる可能性があるためです。1-4のペア間の相互作用はオフにされません。

nstdhdl¶: (100) the interval for writing dH/dlambda and possibly Delta H to dhdl.xvg, 0 means no ouput, should be a multiple of nstcalcenergy.

dhdl-derivatives¶

(はい)

もし「はい」（デフォルト）の場合、ハミルトニアンをλに関して各：mdp：`nstdhdl`ステップで微分した結果が記録されます。これらの値は、：ref：`gmx bar`を使用した線形エネルギー差の補間（ただし、適切な：mdp：`calc-lambda-neighbors`の設定を使用することも可能ですが、それほど柔軟ではない）や、熱力学積分を行うために必要です。

dhdl-print-energy¶

(いいえ)

dhdl ファイルに、全エネルギーまたは潜在エネルギーのいずれかを含めてください。オプションは 'no'、'potential'、または 'total' です。興味のある状態が異なる温度の場合、この情報は後で自由エネルギー分析に必要です。すべての状態が同じ温度の場合、この情報は不要です。mdrun -rerun を使用して dhdl.xvg ファイルを生成する場合、'potential' は特に役立ちます。既存の軌跡から再実行する場合、運動エネルギーは通常正しくないため、運動エネルギーの成分を分析的に計算し、潜在エネルギーのみから残りの自由エネルギーを計算する必要があります。

separate-dhdl-file¶

yes¶: 計算された自由エネルギーの値（calc-lambda-neighbors`および:mdp:`dhdl-derivatives`の設定で指定されたもの）は、デフォルトの名前 ``dhdl.xvg` で別のファイルに書き出されます。このファイルは、:ref:`gmx bar`で直接使用できます。

no¶: 自由エネルギーの値は、エネルギー出力ファイル（ener.edr、各 :mdp:`nstenergy`ステップごとに累積されたブロックで記録）に書き出されます。そこから、:ref:`gmx energy`または:ref:`gmx bar`を使用して抽出したり、直接使用したりすることができます。

dh-hist-size¶: (0) If nonzero, specifies the size of the histogram into which the Delta H values (specified with calc-lambda-neighbors) and the derivative dH/dl values are binned, and written to ener.edr. This can be used to save disk space while calculating free energy differences. One histogram gets written for each foreign lambda and two for the dH/dl, at every nstenergy step. Be aware that incorrect histogram settings (too small size or too wide bins) can introduce errors. Do not use histograms unless you are certain you need it.

dh-hist-spacing¶: (0.1) エネルギー単位でヒストグラムの幅を指定します。`:mdp:`の`dh-hist-size`と組み合わせて使用します。このサイズは、自由エネルギーの計算精度を制限します。ヒストグラムを使用する場合は、本当に必要な場合にのみ使用してください。

拡張されたアンサンブル計算¶

nstexpanded¶: シミュレーションされた拡張されたアンサンブルにおける、システムハミルトニアンを変更する試行された移動間の積分ステップ数は、:mdp:`nstcalcenergy`の倍数である必要がありますが、:mdp:`nstdhdl`より大きいか小さい可能性があります。

lmc-stats¶

no¶: 状態空間におけるモンテカルロ法は実行されません。

metropolis-transition¶: Metropolis の重みを活用して、各状態の拡張されたアンサンブルの重みを更新します。 Min{1, exp(-(β_new * u_new - β_old * u_old))}

barker-transition¶: 使用 Barker の遷移基準を用いて、各状態 i の拡張されたアンサンブルの重みを更新します。これは、exp(-beta_new u_new)/(exp(-beta_new u_new)+exp(-beta_old u_old)) で定義されます。

wang-landau¶: ワング・ランドールアルゴリズム（状態空間ではなく、エネルギー空間で）を使用して、拡張されたアンサンプルの重みを更新します。

min-variance¶: Escobedo らの最小分散更新方法を使用して、拡張されたアンサンブルの重みを更新します。重みは自由エネルギーではなく、より多くのサンプリングが必要な状態を強調します。これにより、不確実性をより適切に表現できます。

lmc-mc-move¶

no¶: 状態空間におけるモンテカルロ法は実行されません。

metropolis-transition¶: ランダムに上下の新しい状態を選択し、その後、メトロポリスの基準を用いて受け入れるか拒否するかを決定します: Min{1, exp(-(β_new * u_new - β_old * u_old))}

barker-transition¶: ランダムに新しい状態を上下に選択し、その後、Barkerの遷移基準を使用して、受け入れるか拒否するかを決定します: exp(-beta_new u_new)/(exp(-beta_new u_new)+exp(-beta_old u_old))

gibbs¶: 状態の条件付き重みを、座標 (exp(-beta_i u_i) / sum_k exp(beta_i u_i)) を用いて、どの状態に移動するかを決定します。

metropolized-gibbs¶: 現在の状態を除外して、座標 (exp(-beta_i u_i) / sum_k exp(beta_i u_i)) に基づいて状態の条件付き重みを考慮し、どの状態に移動するかを決定します。その後、詳細な平衡を確保するために拒絶ステップを使用します。ギブスよりも常に効率的ですが、近傍の状態のみが適切な相空間の重なりを持つ場合に、その差はわずかです。

lmc-seed¶: (-1) モンテカルロ探索における使用する乱数シード。mdp:lmc-seed を -1 に設定すると、疑似乱数シードが使用されます。

mc-temperature¶: モンテカルロ移動の承認/拒否に使用する温度。指定されていない場合、`:mdp:`ref-t`の最初のグループで指定されたシミュレーションの温度が使用されます。

wl-ratio¶: (0.8) 状態占有のヒストグラムのリセットに使用する閾値、およびデルタからデルタ * wl-scale への自由エネルギーインクリメンターの変更。 Nratio = (各ヒストグラムにおけるサンプルの数) / (各ヒストグラムの平均サンプル数) を定義する場合、wl-ratio が 0.8 であることは、ヒストグラムが平坦とみなされるのは、Nratio > 0.8 かつ同時に 1/Nratio > 0.8 である場合にのみであることを意味します。

wl-scale¶: (0.8) ハイスターグラムがフラットと判断されるたびに、自由エネルギーの王・ランダウインクリメンターの現在の値に :mdp:``wl-scale を掛けます。値は 0 から 1 の範囲でなければなりません。

init-wl-delta¶: (1.0) Wang-Landau 演算子の初期値は kT です。通常、1 kT の値が最も効率的ですが、自由エネルギーの差が大きい場合は、2～3 の kT 単位の値を使用する方が良い場合があります。

wl-oneovert¶: (いいえ) 大サンプル制限下で、Wang-Landauのインクリメンターをシミュレーション時間で1/（シミュレーション時間）にスケーリングするように設定します。標準のWang-Landauアルゴリズム（ここでは状態空間で提示）は、初期状態に依存した誤ったエネルギー値に「焼き付く」傾向があることが、重要な証拠によって示されています。:mdp:`wl-oneovert`がtrueの場合、インクリメンターが1/N未満になると（ここでNは収集されたサンプルの数であり、したがってデータ収集時間と比例し、「1/t」を表します）、Wang-Landauのインクリメンターは1/Nに設定され、各ステップで減少します。この状態になると、wl-ratio`は無視されますが、:mdp:`lmc-weights-equil`で設定された平衡基準が達成されると、重みが更新されなくなります。

lmc-repeats¶: (1) Controls the number of times that each Monte Carlo swap type is performed each iteration. In the limit of large numbers of Monte Carlo repeats, then all methods converge to Gibbs sampling. The value will generally not need to be different from 1.

lmc-gibbsdelta¶: (-1) ギブズサンプリングを、選択した隣接状態のみに限定する。ギブズサンプリングを行う場合、定義されたすべての状態に対して行うことが必ずしも効率的ではありません。 lmc-gibbsdelta の正の値は、+:mdp:lmc-gibbsdelta と -lmc-gibbsdelta の状態のみが交換対象となることを意味します。 -1 の値は、すべての状態が対象となります。 100個以下の状態の場合、すべての状態を含めることが費用対効果が高い可能性があります。

lmc-forced-nstart¶: (0) Force initial state space sampling to generate weights. In order to come up with reasonable initial weights, this setting allows the simulation to drive from the initial to the final lambda state, with lmc-forced-nstart steps at each state before moving on to the next lambda state. If lmc-forced-nstart is sufficiently long (thousands of steps, perhaps), then the weights will be close to correct. However, in most cases, it is probably better to simply run the standard weight equilibration algorithms.

nst-transition-matrix¶: (-1) 拡張されたアンサンブル遷移行列の出力間隔。負の数値は、シミュレーションの終了時にのみ出力されることを意味します。

symmetrized-transition-matrix¶: (いいえ) 経験的な遷移行列を対称化するかどうか。無限の場合、行列は対称になりますが、短い時間スケールでは統計的なノイズにより発散します。行列 T_sym = 1/2 (T + transpose(T)) を使用して強制的に対称化することで、(小さな大きさの)負の固有値が存在するなどの問題を回避できます。

mininum-var-min¶: (100) The min-variance strategy (option of lmc-stats is only valid for larger number of samples, and can get stuck if too few samples are used at each state. mininum-var-min is the minimum number of samples that each state that are allowed before the min-variance strategy is activated if selected.

init-lambda-weights¶: 初期の重み（自由エネルギー）は、拡張されたアンサンブルの状態に使用されます。デフォルトは、重みのゼロを含むベクターです。形式は、:mdp:`fep-lambdas のラムダベクター設定に類似していますが、重みは任意の浮動小数点数にすることができます。単位は kT です。長さはラムダベクターの長さと一致する必要があります。

init-wl-histogram-counts¶: 初期のカウント値は、拡張されたアンサンブルの状態を訪問する際のワン・ランドーヒストグラムに使用されます。このヒストグラムの平坦性は、ヒストグラム構築のインクリメントを減らすかどうかを決定するために使用されます。このオプションは、以前のシミュレーションからより短いシミュレーションを継続する場合に一般的に役立ちます。インクリメントが小さくなると、ヒストグラムが平坦になるまでに時間がかかり、短いシミュレーションよりも時間がかかることが多く、その結果、以前のシミュレーションからヒストグラムの値を転送する必要があります。デフォルトはゼロのベクターです。形式は、:`mdp:`fep-lambdas`のラムダベクター設定に似ています。値は浮動小数点数または整数で、一部の方法では、分数による重みを使用して、複数のヒストグラムビンの同時インクリメントが行われます。その長さは、ラムダベクターの長さと一致する必要があります。

init-lambda-counts¶: 初期のカウントは、各拡張されたアンサンブル状態が訪問される回数を記録します。いくつかのアルゴリズム（例えば、:mdp:`lmc-weights-equil）は、各状態への訪問回数のさまざまな関数を使用して、重みの決定における次のフェーズへの切り替えを決定します。これには、:mdp-value:`number-all-lambda`が含まれており、各ラムダ状態が訪問される回数がこの数以上である必要がある、number-samples`が含まれており、すべてのラムダ状態への総訪問回数がこの数以上である必要がある、およびcount-ratio`が含まれており、各状態での訪問状態の数が、等しい訪問数の特定の比率内にある必要がある、というものがあります。このオプションは、短いシミュレーションを以前のシミュレーションから継続する場合にのみ一般的に役立ちます。なぜなら、ほとんどの方法は、比較的少ないサンプル数でトリガー条件に到達するからです。デフォルトはゼロのベクトルのことです。形式は、fep-lambdas`のラムダベクトルの設定と同様です。:mdp:`init-wl-histogramとは異なり、この値は整数のみである必要があります。その長さは、ラムダベクトルの長さと一致する必要があります。

lmc-weights-equil¶

no¶: シミュレーション中に、拡張されたアンサンブルの重みは継続的に更新されます。

yes¶: 入力された拡張されたアンサンブルの重みは、平衡状態として扱われ、シミュレーション中に更新されません。

wl-delta¶: アンサンブルの重み更新を拡張することは、王・ランドーのインクリメンターがこの値以下になった場合に停止します。

number-all-lambda¶: すべてのラムダ状態におけるサンプルの数がこの値を超えると、拡張されたアンサンブルの重み更新は停止されます。

number-steps¶: 拡張されたアンサンブルの重み更新は、この値で指定されたステップ数を超える場合に停止されます。

number-samples¶: すべてのラムダ状態における合計サンプル数が、この値で指定されたレベルを超える場合、拡張されたアンサンブルの重み更新は停止されます。

count-ratio¶: 最も少数のサンプル数を持つλの状態と最も多くのサンプル数を持つλの状態の比率がこの値を超えると、拡張されたアンサンブルの重み更新は停止されます。

simulated-tempering¶: (いいえ) シミュレーションされた温度変化をオンまたはオフにします。シミュレーションされた温度変化は、異なるハミルトニアンではなく、異なる温度を持つ拡張されたアンサンブルサンプリングとして実装されます。

sim-temp-low¶: (300) [K] Low temperature for simulated tempering.

sim-temp-high¶: (300) [K] High temperature for simulated tempering.

simulated-tempering-scaling¶

中間λにおける温度を計算する方法を制御します。これは、λベクトルの :mdp: temperature-lambdas の部分から温度を計算します。

linear¶: 線形補間により、temperature-lambdas の値を使い、温度を補間します。つまり、sim-temp-low が 300、sim-temp-high が 400 の場合、lambda=0.5 は 350 の温度に対応します。lambda の間隔が不均一であれば、非線形な温度設定も可能です。

geometric¶: 温度を、sim-temp-low と sim-temp-high の間に幾何学的に補間します。i番目の状態の温度は、sim-temp-low * (sim-temp-high / sim-temp-low) を (i/(ntemps-1)) の累乗で計算します。これにより、定常的な熱容量の場合、ほぼ等しい交換が得られます。ただし、タンパク質の折り畳みを伴うシミュレーションでは、熱容量が非常に高いピークを示すことがあります。

exponential¶: 指数関数的に sim-temp-low と sim-temp-high の間の温度を補間します。 i 番目の状態の温度は、sim-temp-low + (sim-temp-high - sim-temp-low)*((exp(temperature-lambdas (i))-1)/(exp(1.0)-i)) となります。

非平衡MD¶

acc-grps¶: グループ（例：Protein Sol）で一定の加速を設定すると、Protein および Sol グループ内のすべての原子は、:mdp: の accelerate 行で指定されたように一定の加速を経験します。ただし、加速されたグループの質心の運動エネルギーは、システムの運動エネルギーと温度に寄与します。この設定が望まない場合は、各加速グループを個別の温度結合グループとしても設定してください。

accelerate¶: (0) [nm ps^-2] acceleration for acc-grps; x, y and z for each group (e.g. 0.1 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.0 means that first group has constant acceleration of 0.1 nm ps^-2 in X direction, second group the opposite).

freezegrps¶: 凍結されるグループ（つまり、X、Y、および/またはZ座標が更新されないグループ、例： Lipid SOL）：`mdp:`の`freezedim`は、どの次元（次元）に対して凍結が適用されるかを指定します。凍結された原子が存在する場合、バイラルと圧力の値は通常意味を持ちません。凍結された原子の座標は、圧力カップリングアルゴリズムによってスケーリングされません。

freezedim¶: `:mdp:`内の`freezegrps`におけるグループを凍結する際の次元を指定します。X、Y、Zそれぞれについて「Y」または「N」を指定します。各グループ（*例：*「Y Y N N N N」は、最初のグループの粒子はZ方向にのみ移動できます。2番目のグループの粒子は、すべての方向に移動できます）。

cos-acceleration¶: (0) [nm ps^-2] the amplitude of the acceleration profile for calculating the viscosity. The acceleration is in the X-direction and the magnitude is cos-acceleration cos(2 pi z/boxheight). Two terms are added to the energy file: the amplitude of the velocity profile and 1/viscosity.

deform¶: (0 0 0 0 0 0) [nm ps^-1] 箱要素の変形速度：a(x) b(y) c(z) b(x) c(x) c(y)。各ステップで、変形がゼロでない箱要素は次のように計算されます：box(ts)+(t-ts)*deform。オフ対角要素は周期性を考慮して修正されます。時間 ts は最初のステップと、x と v が軌跡に書き込まれるステップで t に設定され、正確な再起動を保証します。変形は、適切な圧縮率がゼロに設定されている場合に、半方向または異方圧との結合と組み合わせて使用できます。対角要素は、固体にひずみをかけるために使用できます。オフ対角要素は、固体または液体をせん断するために使用できます。ただし、このオプションは原子の位置に直接影響を与えません。代わりに、変形オプションは、箱の変形に対応する仮想速度場に一致するように、周期的な箱ベクトルによってシフトされた粒子のみの速度を修正します。変形オプションは、システムの残りの粒子を加速しないため、シミュレーションの初期段階で、粒子が変形を追跡するように速度場を設定する必要があります。これは、deform-init-flow オプションを使用して実行できます。速度場は、gmx mdrun によって運動エネルギーから削除されるため、システムの実際の温度と圧力が報告されます。

deform-init-flow¶

no¶: 速度を変更しないでください。このオプションは、初期構成における原子の速度がすでに流体場に従っている場合にのみ使用してください。

yes¶: `:mdp:`オプションが有効になっている場合、ボックスの変形に対応する速度プロファイルを初期速度に追加します。これは、初期温度などの初期状態から観測値を計算した後に行われます。

電界¶

electric-field-x¶

electric-field-y¶

electric-field-z¶

ここに、オプションで交流波形やパルス波形を持つ電場を指定できます。電場の一般的な表現は、ガウス分布のレーザーパルスに似た形になります。

\[E(t) = E_0 \exp\left[-\frac{(t-t_0)^2}{2\sigma^2}\right]\cos\left[\omega (t-t_0)\right]\]

例えば、方向 x のための 4 つのパラメータは、次のフィールドに設定できます：:mdp:`electric-field-x`（および類似の ``electric-field-y` と electric-field-z のフィールド）

electric-field-x = E0 omega t0 sigma

単位（それぞれ）: V nm⁻¹, ps⁻¹, ps, ps。

特別な場合に sigma = 0 の場合、指数項は省略され、コサイン項のみが使用されます。この場合、t0 は 0 に設定する必要があります。また、omega = 0 の場合、静電界が適用されます。

詳細については、次のリファレンスを参照してください：電場および ref. 146.

混合量子/古典分子動力学¶

QMMM-grps¶: MiMiC QM/MM において、QM レベルで説明する必要があるグループ

QMMM¶

no¶: QM/MMは、これらの.mdpオプションではサポートされなくなりました。MiMicを使用する場合は、「no」を使用してください。

計算電生理学¶

これらのオプションを使用して、「計算電生理」シミュレーション設定におけるイオン/水の位置の交換を有効にし、制御します。（詳細については、`リファレンスマニュアル`を参照）。

swapcoords¶

no¶: イオン/水の位置の交換を有効にしないでください。

X ; Y ; Z¶: 選択された方向にイオン/水の位置の交換を可能にします。通常、膜がx-y平面に平行な構成の場合、イオン/水のペアを交換して、各コンパートメントで要求されたイオン濃度を維持する必要があります。

swap-frequency¶: (1) The swap attempt frequency, i.e. every how many time steps the ion counts per compartment are determined and exchanges made if necessary. Normally, it is not necessary to check at every time step. For typical Computational Electrophysiology setups, a value of about 100 is sufficient and yields a negligible performance impact.

split-group0¶: チャネル #0 の膜に埋め込まれた部分のインデックスグループの名前。これらの原子の中心質量は、コンパートメントの境界の1つを定義し、膜の中心に近い位置に設定する必要があります。

split-group1¶: 他のコンパートメントの境界位置を定義します。

massw-split0¶

(いいえ) 大量重みを使用して分割グループの中心を計算するかどうかを定義します。

no¶: 幾何学的な中心を使用してください。

yes¶: 重心を使用してください。

massw-split1¶: (いいえ) 上記と同様ですが、:mdp:`split-group1 のみに適用されます。

solvent-group¶: 溶媒分子のインデックスグループの名前。

coupl-steps¶: (10) Average the number of ions per compartment over these many swap attempt steps. This can be used to prevent that ions near a compartment boundary (diffusing through a channel, e.g.) lead to unwanted back and forth swaps.

iontypes¶: (1) The number of different ion types to be controlled. These are during the simulation exchanged with solvent molecules to reach the desired reference numbers.

iontype0-name¶: 最初のイオンタイプの名前。

iontype0-in-A¶: (-1) 種類0のイオンの数を、コンパートメントAで指定された数だけ要求しました。デフォルト値(-1)は、時間ステップ0で検出されたイオンの数を基準値として使用することを意味します。

iontype0-in-B¶: (-1) 0型のイオンの参照番号（コンパートメントB用）。

bulk-offsetA¶: (0.0) A-コンパートメントの中平面からの最初のスワップ層のオフセット。デフォルト（つまり、バルクオフセット = 0.0の場合）、イオン/水の交換は、分割グループ層に最大距離（=バルク濃度）で層間で発生します。ただし、バルク層を中平面から0.0に向かって、A-コンパートメントの分割層のいずれか（+/- 1.0）にオフセットするために、-1.0 < b < +1.0のオフセットbを指定できます。

bulk-offsetB¶: (0.0) コンパートメントBの中平面からの、他のスワップレイヤーのオフセット。

threshold¶: (1) Only swap ions if threshold difference to requested count is reached.

cyl0-r¶: (2.0) [nm] 分割サイリンダーの半径 #0。分割サイリンダー (チャネルの孔を模倣) は、分割グループの中心に対して相対的に定義できます。これらのサイリンダーを使用することで、どのイオンがどのチャネルを通過したかを数えることができます。分割サイリンダーの定義は、イオン/水の交換が行われるかどうかには影響しません。

cyl0-up¶: (1.0) [nm] スプリットサイリンダー #0 の上部拡張。

cyl0-down¶: (1.0) [nm] 分割された円柱の末尾の長さ。

cyl1-r¶: (2.0) [nm] スプリットサイリンダー #1 の半径。

cyl1-up¶: (1.0) [nm] スプリットサイリンダー #1 の上部拡張。

cyl1-down¶: (1.0) [nm] スプリットサイリンダー #1 のファイル拡張子。

密度に基づいたシミュレーション¶

これらのオプションは、3次元密度（例えば、クライオ電子顕微鏡実験から得られる密度）に基づいて計算および適用される追加の力を有効化および制御します。（詳細は、`リファレンスマニュアル`を参照）

density-guided-simulation-active¶: (無効) 密度に基づいたシミュレーションを有効にする。

density-guided-simulation-group¶: (タンパク質) 密度に基づいたシミュレーションによって影響を受け、シミュレートされた密度に寄与する原子。

density-guided-simulation-similarity-measure¶

(内積) 原子位置から計算された密度と参照密度との間の類似度を測定する尺度。

inner-product¶: 参照密度とシミュレーションされた密度の体積値の積の合計を計算します。

relative-entropy¶: 参照密度とシミュレーションされた密度間の負の相対エントロピー（またはカルバック・レイブル・ダイバージェンス）を類似度指標として使用します。負の密度値は無視されます。

cross-correlation¶: Pearson の相関係数（参照密度とシミュレーションされた密度の間の）を類似性の指標として使用します。

density-guided-simulation-atom-spreading-weight¶

(unity) ガウスカーネルを使用してグリッド上に原子を配置する際に、原子の配置間隔を決定するための係数を指定します。

unity¶: 密度フィットグループ内のすべての原子に同じ単位係数が割り当てられます。

mass¶: 原子は、質量に応じてシミュレーションされた密度に貢献します。

charge¶: 原子は、その電荷に応じてシミュレーションされた密度に寄与します。

density-guided-simulation-force-constant¶: (1e+09) [kJ/mol]：密度に基づいたシミュレーションの力を調整するための係数。負の値にも設定できます。

density-guided-simulation-gaussian-transform-spreading-width¶: (0.2) [nm] シミュレーションされた密度に対するスプレッドカーネルのガウスRMS幅。

density-guided-simulation-gaussian-transform-spreading-range-in-multiples-of-width¶: (4) The range after which the gaussian is cut off in multiples of the Gaussian RMS width described above.

density-guided-simulation-reference-density-filename¶: (reference.mrc) 参照密度ファイル名。絶対パスまたは、gmx mdrun が呼び出されるフォルダからの相対パスを使用します。

density-guided-simulation-nst¶: (1) Interval in steps at which the density fitting forces are evaluated and applied. The forces are scaled by this number when applied (See the reference manual for details).

density-guided-simulation-normalize-densities¶: (true) 密度ボリュームの値を基準密度とシミュレーションされた密度に対してそれぞれ1に正規化する。

density-guided-simulation-adaptive-force-scaling¶

(false) 類似度のシミュレーションと参照密度間の安定した増加を確保するために、フォース定数を調整します。

true¶: 適応的な力スケールを使用してください。

density-guided-simulation-adaptive-force-scaling-time-constant¶: (4) [ps] Couple force constant to increase in similarity with reference density with this time constant. Larger times result in looser coupling.

density-guided-simulation-shift-vector¶: (0,0,0) [nm] このベクトルを、密度ガイダンスシミュレーショングループ内のすべての原子に、密度ガイダンスシミュレーションの計算を行う前に追加します。これは、密度ガイダンスシミュレーションの力とエネルギーにのみ影響します。これは、入力密度を (-1) * density-guided-simulation-shift-vector で反対方向にシフトさせることと同等です。

density-guided-simulation-transformation-matrix¶: (1,0,0,0,1,0,0,0,1) この行列を使用して、密度ガイダンスシミュレーショングループ内のすべての原子を掛け合わせ、密度ガイダンスシミュレーションの計算に必要な力をおよびエネルギーを計算します。このオプションは、密度ガイダンスシミュレーションの力およびエネルギーのみに影響します。これは、この行列の逆で入力された密度への変換に対応します。この行列は、行優先の形式で指定されます。このオプションを使用すると、例えば、次の入力を使用して、密度ガイダンス原子グループを z 軸を中心に \(\theta\) 度の角度で回転させることができます: \((\cos \theta , -\sin \theta , 0 , \sin \theta , \cos \theta , 0 , 0 , 0 , 1)\)。

QM/MMシミュレーションにおけるCP2Kインターフェース¶

これらのオプションは、CP2Kパッケージが|Gromacs|にリンクされている場合に、計算され、適用される追加のQM/MM力を有効にし、制御します。QM/MMインターフェースの実装に関する詳細については、:ref:`qmmm`を参照してください。

qmmm-cp2k-active¶: (false) QM/MMシミュレーションを有効にする。CP2Kを|Gromacs|とリンクする必要があります。

qmmm-cp2k-qmgroup¶: (システム) 量子化学計算（QM）で扱われる原子を含むインデックスグループ。

qmmm-cp2k-qmmethod¶

(PBE) システムの QM 部分を記述するために使用される方法。

PBE¶: PBE関数とDZVP-MOLOPT基底セットを使用したDFT計算。

PBE-D3¶: DFTをPBE関数、DZVP-MOLOPT基底セット、およびD3分散修正を用いて実行。

BLYP¶: DFTはBLYP関数とDZVP-MOLOPT基底セットを使用。

BLYP-D3¶: BLYP関数、DZVP-MOLOPT基底セット、およびD3分散修正を使用したDFT計算。

B3LYP¶: DFT（密度汎関数理論）は、B3LYPハイブリッド関数と6-31G*基底セットを使用します。

B3LYP-D3¶: DFT（密度汎関数理論）は、B3LYPハイブリッド関数、6-31G*基関数、およびD3分散補正を使用します。

PBE0¶: DFT（密度汎関数理論）を、PBE0ハイブリッド関数と6-31G*基底セットを使用。

PBE0-D3¶: DFT（密度汎関数理論）をPBE0ハイブリッド関数、6-31G*基底セット、およびD3分散修正を用いて実行。

CAM-B3LYP¶: CAM-B3LYP関数と6-31G*基底セットを用いたDFT計算。

CAM-B3LYP-D3¶: CAM-B3LYP関数、6-31G*基底セット、およびD3分散補正を用いたDFT計算。

WB97X¶: DFT は、wB97X 関数と 6-31G* 基底セットを使用します。

WB97X-D3¶: DFT は、wB97X-D3 範囲分割関数、および組み込みの D3 分散補正と 6-31G* 基底セットを使用します。

INPUT¶: CP2Kを実行する際に、:ref:`gmx grompp`コマンドラインオプション `-qmi を使用する場合、外部入力ファイルを提供する必要があります。外部入力ファイルには、:ref:`qmmm`に記載されている制限が適用されます。

qmmm-cp2k-qmcharge¶

QM部分の合計充電。

qmmm-cp2k-qmmultiplicity¶

QM部分の多重度またはスピン状態。デフォルト値1は、スピン状態が singlet (単一) であることを意味します。

qmmm-cp2k-qmfilenames¶: () シミュレーション中に生成されるCP2Kファイルのファイル名。デフォルト値を使用する場合、シミュレーション入力ファイルのファイル名に「_cp2k」という接尾辞が追加されます。

モジュール「集団変数 (Colvars)」¶

これらのオプションは、集団変数 (Colvars) モジュールの機能（分子シミュレーションにおける高度なサンプリング手法のためのソフトウェアライブラリ）を有効化および制御します。 Colvars モジュールは、参考文献ref:`195 <refFiorin13>`に記載されているほか、関連する機能が使用される際にログファイルに報告される他の参考文献にも記載されています。 Colvars インターフェースの実装に関する詳細については、ref:`colvars`を参照してください。

colvars-active¶: (false) 現在の実行で Colvars の計算を有効にします。Colvars ライブラリが GROMACS でコンパイルされている必要があります。これは、典型的なインストールではデフォルトの設定です。

colvars-configfile¶: Colvars構成ファイルの名前。Colvars固有のオプションを使用し、以下のドキュメントを参照：https://colvars.github.io/gromacs-2026/colvars-refman-gromacs.html。ファイル名は、絶対パスまたは、`gmx grompp`を呼び出す際の作業ディレクトリからの相対パスのいずれかである必要があります。

colvars-seed¶: (-1) [整数] Colvars に実装されている特定の確率的メソッドに関連付けられた乱数ジェネレーターを初期化するために使用されるシード。デフォルト値 -1 は、乱数シードを生成します。

現在のColvars-|Gromacs|インターフェースの実装では、関連する原子座標を1つのMPIランクで収集し、そこですべての協調変数とその力を計算します。選択に含める原子の数を決定する際には、この点を考慮してください。

NNP/MMシミュレーションにおけるニューラルネットワークポテンシャルを用いたNNPotインターフェース¶

これらのオプションは、ニューラルネットワークのポテンシャルから派生した追加の力を計算し、適用することを可能にし、|Gromacs|がLibTorchのサポートで構築されている場合に、`nnpot`インターフェースを通じて制御します。NNP/MMインターフェースの実装に関する詳細については、`nnpot`を参照してください。

nnpot-active¶: (false) NNPotインターフェースを通じてNNP/MMシミュレーションを有効にします。GromacsがLibTorchのサポートで構築されている必要があります。

nnpot-modelfile¶: (model.pt) TorchScriptでコンパイルされたモデルへのパス。絶対パスまたはシミュレーションディレクトリからの相対パス。

nnpot-input-group¶: (システム) NNP サブシステム用の入力原子を定義するインデックスグループ。デフォルトは「System」で、これは純粋なNNPシミュレーションを実行します。

nnpot-embedding¶

(機械式) NNP/MMシミュレーションで使用する埋め込みスキームの種類。

mechanical¶: 機械的な埋め込みスキームでは、NNP-MM相互作用は古典的に扱われます。

electrostatic-model¶: 静電埋め込みスキーム、NNP-MM相互作用は、NNPモデルによって計算されます。この場合、NNPモデルは、NNPとMM原子に対するエネルギーと、それらの原子にかかる力を返すことが期待されます。

nnpot-model-input[1-9]¶

|Gromacs|が各ステップで入力フィールドに入力し、NNPモデルに渡す必要があるフィールドの名前。最大9つのフィールドを指定できます。

atom-positions¶: NNP原子の位置は、`:mdp:`nnpot-input-group`で指定されたものです。

atom-numbers¶: NNP原子を指定する：:mdp:`nnpot-input-group

atom-pairs¶: NNP原子のペアを指定するには、:mdp:`nnpot-input-group`と、:mdp:`pair-cutoff`を使用してフィルタリングします。結果は、(N_pairs, 2) の形状を持つベクトルとして返されます。

pair-shifts¶: NNP原子対の周期的なボックスシフトベクトル。形状が(N_pairs, 3)のベクトルとして。

atom-positions-mm¶: NNP領域を取り囲むMM原子の位置、これは `:mdp-value:`electrostatic-model`の埋め込みに必要なものです。

atom-charges-mm¶: NNP領域を取り囲むMM原子の電荷、これは `:mdp-value:``electrostatic-model`による埋め込みに必要なものです。

nnp-charge¶: NNP原子の合計電荷。

box¶: シミュレーションボックスのベクトル。

pbc¶: 周期境界条件。

pair-cutoff¶: (0.0) [nm] NN原子のペア間の切断距離。 atom-pairs 入力を要求する場合、正の切断距離を指定する必要があります。

nnpot-link-type¶: (H) Type of link atoms to be used in the NNP/MM simulation, specified by element symbol. Defaults to hydrogen (H).

nnpot-link-distance¶: (0.1) [nm] リンク原子と結合しているMM原子間の距離。

高速多極法 (FMM) インターフェース¶

これらのオプションは、FMMバックエンドを有効にし、その設定を制御します。FMMインターフェースの実装に関する詳細については、`fmm`を参照してください。

fmm-backend¶

(無効) 電荷の静電力を扱うための FMM ライブラリを有効にします。

inactive¶: FMMライブラリは使用されていません。

exafmm¶: ExaFMM を FMM ライブラリとして使用します。

fmsolvr¶: FMSolvr を FMM ライブラリとして使用します。

ExaFmmを制御するオプション¶

fmm-exafmm-direct-provider¶

(GROMACS) 相互作用プロバイダーを選択します。

GROMACS¶: GROMACS を使用して、直接的な相互作用を計算します。

FMM¶: ExaFMM を使用して、直接的な相互作用を計算します。

fmm-exafmm-direct-range¶: (2) Specifies whether ExaFMM includes only immediate or also second-nearest neighboring cells in direct interactions. Accepts 1 or 2. Must be 2 when using GROMACS as direct provider.

fmm-exafmm-order¶

マルチポール展開の順序。0より大きい値でなければなりません。

fmm-exafmm-tree-type¶

(一貫性のある) ExaFMMで使用されるツリー構造。

uniform¶: 一貫したツリー構造を使用してください。

adaptive¶: 適応的なツリー構造を使用する。

fmm-exafmm-tree-depth¶: (0) Tree depth for uniform tree. Required when using FMM as direct provider. Must not be set for adaptive tree.

fmm-exafmm-max-particles-per-cell¶: (0) Maximum particles per cell for adaptive tree. Required and positive when fmm-exafmm-tree-type = adaptive. Must not be set for uniform tree.

FMSolvrを制御するオプション¶

fmm-fmsolvr-order¶

マルチポール展開の順序。0より大きい値でなければなりません。

fmm-fmsolvr-tree-depth¶

木構造の深さを制御して、空間的な分割を調整します。

fmm-fmsolvr-direct-provider¶

(FMM) 直接連携プロバイダーを選択します。

GROMACS¶: GROMACS を使用して、直接的な相互作用を計算します。

FMM¶: FMSolvrを使用して、直接相互作用を計算します。

fmm-fmsolvr-direct-range¶

直接的な相互作用の設定。これは「1」である必要があります。なぜなら、FMSolvrは現在、隣接するセルのみとの直接的な相互作用のみをサポートしているからです。

fmm-fmsolvr-dipole-compensation¶: (はい) 伝界補償を有効にします。

fmm-fmsolvr-sparse¶: (無効) 多数の真空環境を持つ疎なシミュレーションシステムに対して、パフォーマンス最適化を有効にする。

ユーザー定義の要素¶

user1-grps¶

user2-grps¶

userint1 (0)¶

userint2 (0)¶

userint3 (0)¶

userint4 (0)¶

userreal1 (0)¶

userreal2 (0)¶

userreal3 (0)¶

userreal4 (0)¶: これらのオプションを使用できます。コードを修正する際に、整数、実数、およびグループをサブルーチンに渡すことができます。 src/gromacs/mdtypes/inputrec.h にある inputrec の定義を確認してください。

削除された機能¶

これらの機能は|Gromacs|から削除されましたが、古い :ref:`mdp`および :ref:`tpr`ファイルが誤って使用されるのを防ぐため、これらのオプションは引き続き解析されます。 :ref:`gmx grompp`および :ref:`gmx mdrun`は、これらのオプションが設定されている場合に致命的なエラーを発生させます。

adress¶: (いいえ)

implicit-solvent¶: (いいえ)