gmx nmeig¶

概要¶

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-of [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
          [-os [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
          [-xvg <enum>] [-[no]m] [-first <int>] [-last <int>]
          [-maxspec <int>] [-T <real>] [-P <real>] [-sigma <int>]
          [-scale <real>] [-linear_toler <real>] [-[no]constr]
          [-width <real>]

説明¶

gmx nmeig は、(ヘッセ行列) の固有値/ベクトルを計算します。これは、gmx mdrun を使用して計算できます。固有値は、トレースファイルに書き込まれます（-v オプション）。構造は最初に t=0 で書き込まれます。固有値は、固有ベクトルの番号と固有値をそれぞれステップ番号とタイムスタンプとしてフレームに書き込みます。固有値は、gmx anaeig を使用して分析できます。固有値から、gmx nmens を使用して構造のアンサンブルを生成できます。マスによる重みを使用する場合、出力生成前に生成された固有値は、通常のカルテシアン座標に戻されます。この場合、標準のカルテシアンノルムでは厳密には直交しなくなりますが、マスによる重みを使用した場合、マスによる重みで直交します。

このプログラムは、追加のファイル引数 -qcorr を指定することで、熱容量とエンタルピーに対する量子補正を計算するためにオプションで使用できます。詳細は、GROMACSのマニュアル、第1章を参照してください。この結果には、指定された温度における調和振動モードを差し引いたものが含まれます。合計の補正はターミナル画面に表示されます。推奨される補正を取得する方法は次のとおりです。

gmx nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -first 7 -last 10000 -T 300 -qc [-constr]

オプション -constr は、シミュレーション中にすべての共有結合に対して結合制約が使用された場合にのみ使用する必要があります。そうでない場合は、quant_corr.xvg ファイルを自分で分析する必要があります。

より柔軟な動作を実現するために、プログラムは量子補正を計算する際に、仮想サイトも考慮できます。 -constr と -qc を選択した場合、-begin と -end オプションも自動的に設定されます。

通常のモード周波数に関する調和解析に基づき、標準エンタルピー (S0)、定容比熱 (Cv)、ゼロ点エネルギー、および内部エネルギーなどの熱化学的性質を、一般的な量子化学プログラムと同様の方法で計算します。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.mtx>] (hessian.mtx): ヘッセ行列
-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-of [<.xvg>] (eigenfreq.xvg): ファイル名: xvgr/xmgr
-ol [<.xvg>] (eigenval.xvg): ファイル名: xvgr/xmgr
-os [<.xvg>] (spectrum.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr
-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr): 完全精度軌跡: trr cpt tng h5md

Other options:

-xvg (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]m (はい): ヒッシアンの要素を、関連する原子の質量√(の積で割る前に、対角化を行う。これは「固有振動数」の分析に使用する。
-first <int> (1): 最初に書き出す固有ベクトル
-last <int> (50): 最後に書き出す固有ベクトル。 -1 はすべての次元を使用します。
-maxspec <整数> (4000): 考慮するスペクトルにおける最も高い周波数 (1/cm)
-T <実数> (298.15): 古典シミュレーションを修正するために、通常モード計算を使用してエントロピー、量子熱容量、およびエンタルピーを計算する際の温度
-P <実数> (1): 計算時のエンタルピーにおける圧力 (bar)
-sigma <int> (1): エン트로ピーを計算する際に使用する対称コピーの数。例えば、水の場合は2、NH3の場合は3、メタンの場合は12。
-scale <実数> (1): 計算する熱化学値を計算する前に、周波数をスケーリングするための要素
-linear_toler <実数> (1e-05): イソトロピックな形状を決定するために、慣性モーメントの比 Ix/Iy および Ix/Iz を用いた許容範囲。
-[no]constr (無): シミュレーションで制約を使用したが、通常のモード解析では使用していない場合、量子補正を計算するために、この設定が必要になります。
-width <実数> (1): スペクトルを生成する際のガウスピークの幅（σ）（1/cm）