環境変数¶
GROMACS プログラムは、環境変数の使用によって影響を受ける可能性があります。 まず、``GMXRC``ファイルで設定された変数は、|Gromacs|の実行とコンパイルに不可欠です。 その他の便利な環境変数については、以下のセクションに記載されています。 ほとんどの環境変数は、シェルに任意の非NULL値で設定することで機能します。 特定の値が必要な場合は、以下の詳細を参照してください。 現在のシェルまたは将来のシェルで使用するための設定ファイルで環境変数を設定する方法については、シェルに関するドキュメントを参照してください。 また、バッチ制御システムで実行されるジョブに環境変数をエクスポートするための要件は異なるため、詳細については、お使いのローカルドキュメントを参照してください。
出力制御¶
GMX_AUTHOR_EMAIL対応する著者のメールアドレスを
GMX_AUTHOR_NAMEに設定します。GMX_AUTHOR_NAMEシミュレーションデータの責任者名。
GMX_COMPELDUMPこの機能は、計算型電気生理学的設定にのみ適用されます（詳細については、参照マニュアルを参照）。初期構造は、`:ref:`pdb`ファイルに保存され、これにより、マルチマー化されたチャネルが正しいPBC表現を持っているかどうかを確認できます。
GMX_DISABLE_GPU_TIMINGOpenCLのログファイルで、GPUのタイミング情報を無効化します。
GMX_ENABLE_GPU_TIMINGCUDA および SYCL のログファイルで GPU のタイミングを有効にします。ただし、複数のストリームを使用する場合、CUDA のタイミングは不正確になります。これは、ドメイン分解や GPU 上で非結合および PME を使用する場合など、同様の状況で発生します。そのため、デフォルトではこれらのタイミングは有効になっていません。
GMX_LOG_BUFFERファイル I/O のバッファサイズ。0 に設定すると、すべてのファイル I/O がバッファリングされなくなるため、非常に遅くなります。これは、デバッグの目的で役立ちます。なぜなら、すべてのファイルが常に最新の状態に保たれるからです。
GMX_MAXBACKUPGROMACS は、同じ名前の新しいファイルを作成しようとするとき、古いファイルのバックアップを自動的に作成します。この変数で、作成するバックアップの最大数を制御します。デフォルトは 99 です。0 に設定すると、すでに存在する出力ファイルがある場合に実行が失敗します。-1 に設定すると、バックアップなしで既存の出力ファイルを上書きします。
GMX_NO_QUOTESもしこれが明示的に設定されている場合、プログラムの最後にクールな引用が表示されません。
GMX_PRINT_LONGFORMAT小数点表示の際に、長い浮動小数点形式を使用してください。
GMX_SUPPRESS_DUMP制約アルゴリズムの故障（例えば、爆発）時に、ステップファイルのダンプを防ぐ。
GMX_TPI_DUMPすべての設定を、この環境変数で設定された値よりも低い相互作用エネルギーを持つ :ref:`pdb`ファイルに保存します。
GMX_TRAJECTORY_IO_VERBOSITYデフォルトは1で、これにより、軌跡ファイルの読み込みなど、フレーム数を表示します。 静かな動作にするには、0に設定します。
GMX_VIEW_XVGGMX_VIEW_EPSおよびGMX_VIEW_PDBは、それぞれ xvg、eps および pdb ファイルの種類の自動表示に使用されるコマンドです。デフォルトでは、xmgrace、ghostview および rasmol が使用されます。特定のファイルタイプの自動表示を無効にするには、これらのコマンドを空に設定します。このコマンドは、GROMACS ツールと同じ優先度でバックグラウンドで実行されます（これは必ずしも希望する動作ではない可能性があります）。ターミナルをブロックするコマンド（例：vi）を使用しないように注意してください。複数のインスタンスが実行される可能性があるためです。
デバッグ¶
GMX_DD_NPULSEデフォルト値（0、つまりオーバーライドなし）を使用するDDパルスの数を上書きできます。通常は1または2です。
GMX_DD_DEBUG一般的なデバッグトリガー：すべてのドメイン分割に対して有効（デフォルトは0、つまり無効）。現在、グローバル-ローカルの原子インデックスのマッピングの一貫性をチェックするのみ。
GMX_DD_NST_DUMP現在のDDをPDBファイルにダンプするまでのステップ数（デフォルトは0）。これはドメイン分解中にのみ有効であり、通常は0（または）、1（各DDフェーズごと）、または：mdp:`nstlist`の倍数である必要があります。
GMX_DD_NST_DUMP_GRID現在のDDグリッドをPDBファイルにダンプする間のステップ数（デフォルトは0）。これはドメイン分解中にのみ有効であり、通常は0（または）、1（各DDフェーズごと）、または：mdp：`nstlist`の倍数である必要があります。
GMX_DISABLE_ALTERNATING_GPU_WAITPMEおよび非結合GPUタスクの完了を待つための、特殊なポーリング待ちパスを無効にします。これにより、最初に到着する力の削減が可能になります。この変数を設定すると、固定された待ち順を持つ汎用パスに切り替わります。
GMX_TEST_REQUIRED_NUMBER_OF_DEVICESテストスイートに必要なGPUの数を設定します。デフォルトでは、GPUが検出されない場合はテストスイートはCPUを使用します。少なくともこの数個の利用可能なGPUが検出されるように、正の整数値に設定します。デフォルト: 0 (GPUの可用性をテストしない)。
デバッグに使用される、以下のような追加の環境変数がいくつかあります。コードをご確認ください。
パフォーマンスと実行制御¶
GMX_AWH_NO_POINT_LIMITAWHバイアスグリッドにおける点の最大数を制限する機能を削除します。デフォルトでは、グリッドが不当に大きくなるとエラーが発生し、サンプリングの問題を引き起こす可能性があります。この変数を設定すると、この安全チェックのみが削除されます。代わりに、グリッドのサイズを小さくすること（たとえば、低い力定数を使用すること）をお勧めします。
GMX_BONDED_NTHREAD_UNIFORMスレッド数（1つのランクから均一な結合型相互作用分布から局所的な結合型相互作用分布へ切り替える際に使用するスレッド数）の値。最適な値はシステムとハードウェアによって異なり、デフォルト値は4です。
GMX_CUDA_GRAPH実行条件が許せば、CUDAグラフを使用して、複数のCUDAストリームにスケジュールされた複数のアクティビティではなく、各ステップでグラフをスケジュールすることを推奨します。 これは実験的な機能です。
GMX_CYCLE_ALL実行中にすべてのコードの実行時間を計測します。スレッドとの互換性はありません。
GMX_CYCLE_BARRIER各サイクル開始/停止呼び出しの前に、MPI_Barrierを呼び出す必要があります。
GMX_DD_ORDER_ZYXデフォルトの順序 (x, y, z) ではなく、(z, y, x) の順序でドメイン分解セルを構築します。
GMX_DD_RECORD_LOAD実行の終了時にレポート用に、DD のロード統計を記録します (デフォルト: 1、つまりオン)
GMX_DD_SINGLE_RANK単一のMPIランクを使用する場合、ドメイン分解の仕組みの使用を制御します。 値 0 で DD を無効にし、1 で有効にします。 デフォルトでは、ヒューリスティックに基づいて自動的に選択されます。
GMX_DD_USE_SENDRECV2制約とvsite間の通信時には、「MPI_Sendrecv」の呼び出しを2回同時に行うのではなく、2回の非同期呼び出しの代わりに、ペアで呼び出すことを推奨します（デフォルトは0、つまりオフ）。一部のMPI実装では、この方が高速になる可能性があります。
GMX_DETAILED_PERF_STATS設定された場合、ログファイルにわずかに詳細なパフォーマンス情報を出力します。これにより得られる出力は、4.5.xバージョンのパフォーマンスサマリーの報告方法であり、ログファイルを解析したり、標準出力を使用したりするスクリプトを使用している場合は、役立つ可能性があります。
GMX_DISABLE_DYNAMICPRUNING動的なペアリストの削除を無効にします。ただし、`:ref:`gmx mdrun`は、動的な削除を前提とした最適なnstlistの値を引き続き調整します。したがって、良好なパフォーマンスを得るには、-nstlistオプションを使用する必要があります。
GMX_DISABLE_GPU_DETECTION設定された場合、GPU検出を無効にします。たとえ`gmx mdrun`がGPUサポートでコンパイルされていても、この設定が有効になるとGPUは検出されません。
GMX_DISABLE_GPU_TIMING短いステップ時間の場合、非同期で実行されるGPU操作のタイミングには、無視できないオーバーヘッドが生じる可能性があります。タイミングを無効にすることで、これらのケースでパフォーマンスが向上します。CUDAおよびSYCLでは、タイミングはデフォルトで無効になっています。
GMX_DISABLE_SIMD_KERNELSアーキテクチャ固有のSIMD最適化された（SSE2、SSE4.1、AVXなど）非結合型カーネルの使用を無効にし、代わりに標準のCカーネルの使用を強制します。
GMX_DISABLE_STAGED_GPU_TO_CPU_PMEPP_COMMPME GPU から PP ランクの CPU メモリへのフォース転送において、段階的な GPU 間の通信ではなく、直接通信を使用することを検討してください。これは、PCIe 接続のみのサーバー、またはアトーム数が少ない実行（帯域幅よりもレイテンシに敏感な場合）において、利点をもたらす可能性があります。
GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE距離制約アンサンブル平均に使用するシステムの数。整数値で指定します。
GMX_DLB_BASED_ON_FLOPSFLOPS数に基づいて動的な負荷分散とドメイン分割を実行します（デフォルトは0で、オフ）。これにより、負荷分散が再現可能になり、デバッグに役立ちます。FLOPS数を1として使用すると、FLOPS数に(値-1)*5%のノイズを加算し、負荷の不均衡とスケーリングを増大させます。
GMX_DLB_MAX_BOX_SCALING許可されるドメイン分割による負荷分散ステップごとの最大パーセンテージボックスのスケーリング（デフォルト10）
GMX_EMULATE_GPUGPU 実行をシミュレートするために、GPU アクセラレーションされた関数ではなく、アルゴリズム的に同等の CPU 参照コードを使用します。 CPU コードは遅いため、デバッグ目的でのみ使用することを意図しています。
GMX_DISABLE_DIRECT_GPU_COMMマルチランク並列実行において、ビルドとシミュレーション設定がそれをサポートしている場合でも、GPUとの直接的な通信を無効にします。
GMX_ENABLE_NVSHMEMマルチランク並列実行において、ビルドとシミュレーション設定がサポートする場合、NVSHMEMを使用してGPUカーネルによる通信を可能にします。
GMX_ENABLE_NVSHMEM_FORCE_HALO_SYNCNVSHMEMを使用する場合、融合された力ハロー交換カーネルの後に同期を挿入します。これはデバッグ/チューニング用の設定です。
GMX_ENABLE_STAGED_GPU_TO_CPU_PMEPP_COMMPME GPU間の通信の段階的な実装を使用して、PME GPUからPPランクのCPUメモリへの力転送を、スレッドとMPIで実行します。この段階的な実装は、PP GPU上のGPUバッファを使用します。これは、GPU間の直接通信リンクを持つサーバーにとって、特に有効であると期待されます。
GMX_ENX_NO_FATAL`:ref:`edr`ファイル内の破損したフレームを検出した場合の終了を無効にし、破損が発生するまですべてのフレームを使用できるようにします。
GMX_FILLERS_IN_LOCAL_STATE非結合相互作用の計算には、粒子の数をSIMDまたはGPUのワープ/ウェーブフロントの幅の倍数にするためのフィラー粒子が必要です。これらのフィラー粒子は、すべてのアルゴリズムがこれをサポートする場合、ローカル状態にも追加できます。これにより、インデックスが不要になり、バッファのサイズが増加します。この環境変数は、0または2に設定して、この動作を強制的にオフまたはオンにすることができます。1に設定すると、サポートされている場合に動作を有効にします。
GMX_FORCE_UPDATEmdrun -rerunを実行する際に、強制更新がトリガーされます。GMX_FORCE_GPU_AWARE_MPIビルドおよび実行時のGPUに意識したMPI検出の結果を上書きし、直接的なGPU MPI通信の使用を強制します。ユーザーがMPIライブラリがGPUに意識していることを知っているが、|Gromacs|がそれを検出できない場合に役立ちます。ただし、この機能はCUDAおよびSYCLビルドのみでサポートされています。
GMX_FORCE_UPDATE_DEFAULT_CPUデフォルトで、更新処理をCPUで実行するように強制します。これにより、
mdrun -update autoがmdrun -update cpuと同じ動作になります。GMX_GPU_DD_COMMS削除されました。
GMX_GPU_DISABLE_COMPATIBILITY_CHECKOpenCL および SYCL でのハードウェア互換性チェックを無効にします。開発者にとって役立ち、ソースコードの変更なしで、サポートされていないプラットフォームで OpenCL/SYCL カーネルのテストを可能にします。
GMX_GPU_IDGMX_GPU_IDは、mdrun -gpu_idと同様の方法で設定できます。これにより、ユーザーは異なるランクごとに異なる GPU ID を指定でき、これは、クラスター内の異なる計算ノードで異なるデバイスを選択する場合に役立ちます。mdrun -gpu_idとの併用はできません。GMX_GPU_NB_EWALD_TWINCUTPP-PMEのロードバランシング後でも、
:mdp:`rvdw`と:mdp:`rcoulomb`が等しい場合でも、ツインレンジカットオフカーネルの使用を強制します。 ツインレンジカーネルへの切り替えは自動で行われるため、この変数はベンチマークのみに使用してください。GMX_GPU_NB_ANA_EWALD強制的に分析的なEwaldカーネルの使用を有効にします。ベンチマーク目的でのみ使用してください。
GMX_GPU_NB_TAB_EWALD強制的に表形式のEwaldカーネルの使用を促します。ベンチマーク目的でのみ使用してください。
GMX_GPU_PME_DECOMPOSITIONGPUでのPME分解のサポートを有効にします。この機能はCUDAおよびSYCLバックエンドでサポートされており、GPUへのオフロードにより複数のPMEインスタンスを使用できるようにします。これにより、複数のGPUでスケーリングする場合のパフォーマンスが向上すると期待されます。注：この機能はまだ十分なテストが実施されていません。
GMX_GPU_DISABLE_BUFFER_OPSGPUでの座標/強制変換を無効にし、代わりにCPUでこれらのタスクを実行します。
GMX_GPU_PME_PP_COMMS削除されました。
GMX_GPUTASKSGMX_GPUTASKSは、mdrun -gputasksと同様の方法で設定できます。これにより、異なるランクで GPU タスクを GPU デバイス ID にマッピングすることが可能になります（たとえば、MPI 実行環境が異なるランクでこの変数を異なる値に設定することを許可している場合）。mdrun -gputasksとの併用はできません。mdrun -gputasksと同じ要件を満たしています。
GMX_HEFFTE_RESHAPE_ALGORITHMheffte::plan_options::reshape_algorithmをp2p(デフォルト) またはp2p_plined、alltoallv、またはalltoallに設定します。詳細は、HeFFTe のドキュメントを参照してください。GMX_HEFFTE_USE_GPU_AWAREheffte::plan_options::use_gpu_awareをtrue(デフォルト) またはfalseに設定します。詳細は、HeFFTe のドキュメントを参照してください。GMX_HEFFTE_USE_PENCILSheffte::plan_options::use_pencilsをtrueまたはfalseに設定します (デフォルトはtrue)。詳細は、HeFFTe のドキュメントを参照してください。GMX_HEFFTE_USE_REORDERheffte::plan_options::use_reorderをtrue(デフォルト) またはfalseに設定します。詳細は、HeFFTe のドキュメントを参照してください。GMX_IGNORE_FSYNC_FAILUREgmx mdrun が、ファイルが存在しない場合でも、実行を継続できるようにします。
GMX_LJCOMB_TOL浮動小数点値に設定されると、強制場パラメータのデフォルトの許容値である1e-5を上書きします。
GMX_MAXCONSTRWARN-1 に設定した場合、gmx mdrun が過剰な LINCS の警告を生成した場合でも終了しません。
GMX_NB_MIN_CIGPUで実行する場合に使用する、近傍リストのバランス調整パラメータ。マルチプロセッサの負荷分散を改善し、小規模なシミュレーションシステムでのパフォーマンスを向上させるために、目標となる最小ペアリストの数を設定します。このパラメータは、非負の整数に設定する必要があります。0に設定すると、リストの分割が無効になります。デフォルト値は、サポートされているGPUに合わせて最適化されているため、通常の使用では変更する必要はありませんが、将来のアーキテクチャでは役立つ可能性があります。
GMX_NBNXN_CYCLE設定された場合、詳細な近傍検索サイクルカウントを表示します。
GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICAL強制的に、
GMX_NBNXN_EWALD_TABLEとの競合しない、分析的な Ewald 非相互作用カーネルの使用を強制します。GMX_NBNXN_EWALD_TABLE強制的に、
GMX_NBNXN_EWALD_ANALYTICALと互換性のない表形式の Ewald 非相互作用カーネルを使用します。GMX_NBNXN_PLAINC_1X1強制的に、SIMD非の1x1 CPU非バインドされたカーネルを使用し、``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``および``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``とは互換性がないようにします。
GMX_NBNXN_SIMD_2XNN強制的に2x(N+N)のSIMD非結合型カーネルを使用し、``GMX_NBNXN_PLAINC_1X1``および``GMX_NBNXN_SIMD_4XN``とは互換性がないようにします。
GMX_NBNXN_SIMD_4XN強制的に4xN SIMD CPU非結合カーネルを使用し、``GMX_NBNXN_PLAINC_1X1``および``GMX_NBNXN_SIMD_2XNN``との競合を回避します。
GMX_NO_CART_REORDERドメイン分割通信の初期化に使用されます。ランクの再配置はデフォルトですが、この環境変数で無効にすることができます。
GMX_NO_INT、GMX_NO_TERM、GMX_NO_USR1それぞれ SIGINT、SIGTERM、および SIGUSR1 のシグナルハンドラを無効にします。
GMX_NO_LJ_COMB_RULE非結合核において、組み合わせルールを使用する代わりに、LJパラメータの参照を強制的に使用します。
GMX_NO_NODECOMM別々のノード間およびノード内通信用コンテキストを使用しないでください。
GMX_NO_NONBONDED非結合計算をスキップできます。現在のハードウェア構成にGPUアクセラレータを追加した場合に得られる可能性のあるパフォーマンス向上の見積もりに使用できます。ただし、このアクセラレータが、CPUで結合力を計算し、PME計算を行う間に、非結合計算を完了するのに十分な速さであると仮定します。システムが不安定になるのを防ぐには、粒子を固定する必要があります。
GMX_NO_UPDATEGROUPS更新グループを無効にします。これにより、小さなシステムでより多くのドメインを分割できるようになり、更新中に通信が低下する可能性があります。
GMX_NOOPTIMIZEDKERNELS非推奨です。代わりに
GMX_DISABLE_SIMD_KERNELSを使用してください。GMX_NOPREDICTシェルでの位置は予測されません。
GMX_NSTLIST_DYNAMICPRUNINGoverridesは、mdrunによってヒューリスティックに選択された動的なペアリストの刈り込み間隔を上書きします。 値は、刈り込み頻度（CPU の場合は 1、GPU の場合は 2）と:mdp:のnstlistの値（-1）の間で設定する必要があります。GMX_OVERRIDE_IDENTICAL_SIMULATION_PARTS`-multidir`オプションを使用して、`gmx mdrun`でシミュレーションを続行する場合、同一シミュレーションパートのチェックを無効にします。
GMX_PME_NUM_THREADSOpenMP または PME スレッドの数を設定します。
:ref:`gmx mdrunで設定されたデフォルト値を上書きできます。また、コマンドラインオプション-npmeの代わりに使用することもでき、プロセスまたはノードごとに異なるスレッド数を設定するのに役立ちます。GMX_PME_P3MP3Mで最適化されたインフルエンス関数を使用し、滑らかなPME B-スプライン補間を使用するのではなく。
GMX_PME_THREAD_DIVISIONPMEスレッドの分割を「x y z」の形式で、3つの次元すべてで指定します。各次元のスレッドの合計は、PMEスレッドの総数（:envvar:`GMX_PME_NTHREADS`で設定）と等しくなる必要があります。
GMX_PMEONEDDx と y の両方に対してドメイン分割セルの数を 1 に設定した場合、PME を 1 次元で分割します。
GMX_PULL_PARTICIPATE_ALLデフォルトのヒューリスティックを無効にし、32以上のプロセス数で別個のMPI通信を使用する場合の動作を制御します。
GMX_REPORT_CPU_AFFINITY起動時に、各MPIランクのCPUアフィニティをログファイルに出力します。これは、OpenMPとGPUオフロードが初期化される前に（ライブラリのロード時に初期化される場合を除く）、メインスレッドのエフェクティブなアフィニティマスクを出力します（例：
libgomp）。GMX_REQUIRE_SHELL_INITシェルが正しく設定されていることを確認する必要があります。
GMX_TPIC_MASSESこれには、キャビティへのテスト粒子の挿入に使用される複数の質量を含める必要があります。 最後の原子の質心の中心が、キャビティへの挿入に使用されます。
GMX_VERLET_BUFFER_PRESSURE_TOLERANCE自動化されたverletペアリストバッファリングの調整における、許容される圧力の最大値をバー単位で設定します。この許容値は、mdpパラメータを使用して設定されていないシステムでのみ使用できます。
GMX_VERLET_BUFFER_RESバッファサイズの解像度を Verlet 法で設定します。 デフォルト値は 0.001 ですが、この環境変数で上書きできます。
HWLOC_XMLFILE厳密には|Gromacs|の環境変数ではありませんが、大規模なマシンでは、多数のMPIプロセスを使用している場合、hwlocの検出に数秒かかることがあります。`lstopo out.xml`というコマンドを実行し、この環境変数をこのファイルの場所に設定すると、hwlocライブラリはキャッシュされた情報を利用するため、より高速に動作します。
MDRUNgmx mdrun コマンドは、gmx tune_pme で使用されます。
MPIRUN
OpenCL の管理¶
現在、いくつかの環境変数があり、これらはGromacsのOpenCL版のいくつかの側面をカスタマイズするのに役立ちます。これらの変数は主にOpenCLカーネルの実行時コンパイルに関連していますが、デバイスの選択にも使用されます。
GMX_OCL_DEBUG「OCL_FORCE_CPU」またはAMDデバイスと組み合わせて使用します。コンパイラオプションにデバッグフラグ（-g）を追加します。
GMX_OCL_DISABLE_FASTMATH-cl-fast-relaxed-mathコンパイラオプションの使用を防止します。注：Intelデバイスでは、安定性の問題から高速な数学演算は常に無効になっています。GMX_OCL_DISABLE_I_PREFETCHi-atom データ (タイプまたは LJ パラメータ) の事前読み込みを無効にし、テストを可能にします。
GMX_OCL_ENABLE_I_PREFETCHi-atom データ (タイプまたは LJ パラメータ) の事前読み込みを有効にし、この動作がデフォルトでないプラットフォームでのテストを可能にします。
GMX_OCL_DUMP_INTERM_FILES定義されている場合、OpenCLビルドプロセスに対応する中間言語コードはファイルに保存されます。このオプションを使用するには、キャッシュを無効にする必要があります。
NVIDIA GPU: PTXコードは、現在のディレクトリに「device_name.ptx」という名前で保存されます。
AMD GPU:
.IL/.ISAファイルは、コンパイルされた各 OpenCL カーネルに対して作成されます。これらのファイルが作成される場所の詳細については、AMD の-save-tempsコンパイラオプションに関するドキュメントを参照してください。
GMX_OCL_DUMP_LOGOpenCLのビルドログが定義されている場合、常に`mdrun`ログファイルに書き込まれます。定義されていない場合、ビルドログはエラーが発生した場合にのみ、ログファイルに書き込まれます。
GMX_OCL_FILE_PATHこのパラメータを使用すると、GROMACS がカスタムの場所から OpenCL カーネルを読み込むように強制できます。GROMACS のデフォルトの動作を上書きしたい場合、または独自のカーネルをテストする場合にのみ使用してください。
GMX_OCL_FORCE_AMD_WAVEFRONT64AMDデバイスでWave64モードの使用を強制します。これにより、RDNAファミリーのデバイスでOpenCLを使用できますが、推奨されません。開発用途のみ。
GMX_OCL_FORCE_CPUCPUデバイスの選択を強制する。これはデバッグ目的でのみ使用します。このオプションを使用しても|Gromacs|が正常に動作するとは限りません。これは、カーネルをステップ実行し、何が起こっているかを確認するためのものです。
GMX_OCL_GENCACHEOpenCLのバイナリキャッシュを有効にします。これは、主に開発および（専門家向け）テストでのみ使用することを目的としており、同時実行性やキャッシュの無効化が安全に実装されていません！
GMX_OCL_NOFASTGEN設定されている場合、すべてのアルゴリズムのバリエーションを生成およびコンパイルします。そうでない場合、シミュレーションに必要なバリエーションのみが生成およびコンパイルされます。
GMX_OCL_NOOPT最適化を無効化します。コンパイラオプションに
cl-opt-disableオプションを追加します。GMX_OCL_SHOW_DIAGNOSTICSIntel OpenCL拡張機能を使用して、追加の実行時パフォーマンス診断を表示します。
GMX_OCL_VERBOSE定義されている場合、OpenCLカーネルのビルド時に詳細なモードを有効にします。現在、NVIDIA GPUでのみ利用可能です。OpenCLビルドログを取得する方法については、「GMX_OCL_DUMP_LOG」を参照してください。
管理¶
GMX_SYCL_ALLOW_ALL_DEVICESGPUに加えて、CPUおよびアクセラレータのSYCLデバイスも含まれます。これは、デバッグおよび実験的なバックエンドの有効化のために用意されています。
分析とコア機能¶
GMX_AMBER_LEAP_ATOM_REORDERING_VERBOSEmake: gmx grompp を実行して、再構成の際に AMBER LEaP と互換性を持たせるために処理されたジヘドラルの原子のインデックスとタイプを出力します。GMX_DIPOLE_SPACING:ref:`gmx dipoles`で使用されるスペース。
GMX_ENER_VERBOSEgmx エネルギー と gmx eneconv を、より大きく、騒々しい動作にする。
GMX_MAXRESRENUM指定する最大残基の番号付け数を gmx grompp で指定します。 -1 の値を指定すると、すべての残基の番号付けを行います。
GMX_NO_FFRTP_TER_RENAME一部の力場（例えばAMBER）では、N-末端およびC-末端の残基（NXXXおよびCXXX）を、通常は名前を変更する：ref:`rtp`エントリとして使用します。この環境変数を設定すると、この名前の変更が無効になります。
GMX_USE_XMGRxmgr(非推奨) をxmgraceの代わりにビューアとして設定します。GMXTIMEUNIT出力ファイルで使用される時間単位は、fs、ps、ns、us、ms、s、m、またはhのいずれかです。
VMD_PLUGIN_PATHVMDプラグインが見つかる場所。VMDプラグインのみで認識されるファイル形式を読み取るために必要です。
VMDDIRVMD のインストールパス。
MDモジュール¶
GMX_NNPOT_SKIP_MODEL_CHECKニューラルネットワークの潜在モデルと入力との間の互換性チェックをスキップします。これにより、ダミー入力によるエラーが発生した場合や、Libtorch互換のインストールがない状態で`:ref:`tpr`ファイルを準備する場合に役立ちます。