GROMACS ツールへの改善¶
選択可能になった：ref:gmx トレジャー¶
現時点では、このツールは選択された座標、速度、および力をのみプロットするため、-ox、-ov、-of、-com、および-mol（:ref:`gmx traj`からの）の機能を完全に置き換えることができます。
gmx traj および gmx trjconv におけるメモリ使用量の削減¶
複数の同じ手順でTNGの書き込みをサポートするように変更¶
TNGをラップする構造を導入し、同じステップで複数のフレームを書き込んだり、TNGファイルにゼロ以外の初期ステップを指定したりした場合を検出し、修正できるようにします。これにより、フレーム同士が上書きされるのを防ぎ、各フレームの時間間隔が正しくなるようにします。
gmx trjconv におけるフレーム時間/ステップの処理が改善されました。¶
PDB/GROファイルヘッダーに正確な手順を記録し、手順や時間に関する情報が利用できない場合に、それを主張しないように注意してください。この変更により、:issue:`2189`で記述されている問題を一部回避できますが、TNGライブラリ内の問題を完全に修正するものではありません。
修正：常に正しい時間に gmx trjconv を出力するように修正¶
ループを開始する前に、最初の2フレームを読み込み、巻き戻し、フレームタイムステップを設定します。また、少なくとも1つの入力フレームが存在する場合は、最適な推定に基づいて常にダンプ出力に書き込むようにします。
明確化：gmx editconf のヘルプテキスト¶
-c と -center が混同される可能性があるため、この修正により、-center が実際にシステムの中央をボックスの中央からずらすことをユーザーが意図しない限り、何も行わないことが明確になります。
修正：2171
pdb2gmx`に-water tips3p`オプションを追加しました。¶
修正：2272
CHARMM tips3p に関する誤ったコメントを削除¶
CHARMM tips3p のパフォーマンスに関する警告を gmx pdb2gmx の入力ファイルから削除しました。これは、cutoff-scheme=Verlet を使用した場合、パフォーマンスへの影響がほとんどないためです。
回避：単なる丸め誤差による gmx grompp の電荷警告¶
たとえ :ref:`gmx grompp の合計電荷チェックが二重の精度を使用している場合でも、電荷が単精度で保存されると、電荷ごとに丸め誤差が発生します。現在、電荷チェックは、差が可能な最大の電荷丸め誤差の合計よりも小さい場合に、分子のネット電荷を整数に丸めます。
修正：2192
非標準的なアミノ酸残基タイプに対する pdb2gmx の改善¶
もし明示的な空でないチェーン識別子が設定されている場合、各チェーンの残りの種類の不一致が検出された場合は、これ以降はハードエラーが発生します。 空のチェーンIDの場合でも、まだチェーン以外の部分の検出を許可しますが、このケースでも、より明確な出力情報が提供されます。
hdbファイルにおける空行の許可¶
空白以外の文字のみで構成された行をスキップします。これはHDBファイルの修正のための普遍的な解決策ではありませんが、空白に関する非常に奇妙なエラーメッセージが表示されるよりもはるかに優れています。
rtpとtdbファイルの間の名前のマッチングが不要になりました。¶
これはソースコードにのみ記載されていました。かつて、すべてのフォースフィールドが同じディレクトリに存在していた時代からの遺物であり、現在は不要です。この変更により、すべての用語をすべてのアミノ酸に正しく対応させることができます。
「gmx grompp」の gmx grompp で、結合された原子の重複がエラーとして報告されました。¶
以前、結合相互作用で使用される重複したアトムインデックスは、単に警告として扱われていました。しかし、ほとんどの場合、これによって問題が発生するため、現在はエラーとして扱われます。ただし、角度制約の場合、これは有用なケースもあるため、現在は注記として扱われます。
必須項目として、位置制約とともに gmx grompp を使用するように変更¶
位置制約を使用する場合、ユーザーが-rがデフォルトで-cを使用しているため、本来の位置制約座標ではなく、平衡化された座標を誤って使用することがありました。しかし、-rを使用する場合は、必ず位置制約を指定する必要があります。ただし、-cを使用した場合と同じファイル名を指定すると、以前の動作が再現されます。
修正：COMの削除と分子を使用する場合における gmx msd の動作¶
コードの順序を変更し、データコピーを行う前に正しい座標を実際に割り当てるように修正しました。また、COMの削除や個々の分子を使用する場合のデータ構造のサイズを変更しました。
修正：gmx chi のインデックスエラー¶
インデックスの構築におけるエラーにより、クラッシュが発生する可能性があります。ただし、実際のインデックスは正しかったため、誤った結果は発生しないはずです。
修正：gmx grompp の複雑さを、大規模な除外設定に対応¶
高結合性分子や、大きな値を持つ近傍分子の場合、計算複雑性を回避するために、一時的な nnb 構造に既に低い順序の近傍分子として存在する場合は、近傍分子を追加しないようにしてください。
修正：gmx 密度 の非質量計算に対する処理¶
現在、システムを基準にするために、常に質量を使用し、電荷/電子密度を使用しません。
修正：異なる原子数の tprs に対する gmx チェック の動作¶
修正：2279