gmx dos¶

概要¶

gmx dos [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
        [-vacf [<.xvg>]] [-mvacf [<.xvg>]] [-dos [<.xvg>]]
        [-g [<.log>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w]
        [-xvg <enum>] [-[no]v] [-[no]recip] [-[no]abs] [-[no]normdos]
        [-T <real>] [-acflen <int>] [-[no]normalize] [-P <enum>]
        [-fitfn <enum>] [-beginfit <real>] [-endfit <real>]

説明¶

gmx dos はシミュレーションから密度オブステート（DOS）を計算します。これが意味のある結果を得るためには、速度を十分に高い頻度で保存し、すべての振動をカバーする必要があります。柔軟なシステムの場合、保存間隔は数 fs 程度に設定してください。 DOS に基づくプロパティは、標準出力に出力されます。密度オブステートは、質量による重み付けされた自己相関から計算され、デフォルトでは絶対値ではなく、実部の二乗のみを使用します。そのため、単純な振動パワースペクトル（gmx velacc で計算できるもの）とは形状が大きく異なる場合があります。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr): 完全精度軌跡: trr cpt tng h5md
-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-vacf [<.xvg>] (vacf.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-mvacf [<.xvg>] (mvacf.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-dos [<.xvg>] (dos.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-g [<.log>] (dos.log): ログファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e (0): 最後に読み込むフレームの時間（デフォルト単位：ps）
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が初めてのケースでのみ使用してください (デフォルト単位: ps)。
-[no]w (no): 出力表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg <enum> (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]v (はい): 大きな音を立ててください。
-[no]recip (無): DoSプロットでは、1/ps ではなく cm⁻¹ を X 軸に使用してください。
-[no]abs (無): VACF のフーリエ変換の絶対値を、状態密度として使用します。デフォルトでは、実数成分のみを使用します。
-[no]normdos (無): DoS（分散型サービス拒否攻撃）を正規化し、合計が3Nになるように調整します。通常、これは不要です。
-T <実数> (298.15): シミュレーション中の温度
-acflen <int> (-1): ACF の長さは、デフォルトではフレーム数の中央値
-[no]normalize (はい): ACF の正規化
-P <列挙 (0)>: ACF (自相関係) 用のレジェンドルの多項式の順序 (0 は該当なし): 0, 1, 2, 3
-fitfn (無): 関数: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-beginfit <実数値> (0): 相関関数の指数関数的な適合を開始するタイミング
-endfit <実数値> (-1): 指数関数的な関数の適合を終了する時間。-1 は、終了まで

既知の問題¶

このプログラムは多くのメモリを必要とします: 必要なメモリ量は、原子の数に3を掛け、フレームの数に4を掛ける値（または、ダブル精度で実行する場合は8を掛ける値）に等しくなります。