gmx sasa¶

概要¶

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
         [-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-or [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
         [-tv [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b <time>] [-e <time>]
         [-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>]
         [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>]
         [-selrpos <enum>] [-probe <real>] [-ndots <int>] [-[no]prot]
         [-dgs <real>] [-surface <selection>] [-output <selection>]

説明¶

gmx sasa は、溶媒アクセス可能な表面積を計算します。使用されているアルゴリズムについては、Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 を参照してください。オプション -q を使用すると、 Connolly の表面も .pdb ファイルで生成できます。このファイルでは、ノードを原子として、近傍ノード間の接続を CONECT レコードとして表現します。-odg オプションを使用すると、露出した表面積あたりの原子ごとの溶媒化エネルギーから、溶媒化自由エネルギーを推定できます。

プログラムは、表面計算の選択を指定するために -surface オプションが必要です。この選択には、システム内のすべての非溶媒原子を含める必要があります。このグループの面積は常に計算されます。オプションで、-output オプションを使用して追加の選択を指定できます。これらの選択は、計算グループのサブセットである必要があります。これらのグループの溶媒アクセス可能な領域も、完全な表面から抽出されます。

軌跡上の領域の平均値と標準偏差は、アミノ酸残基および原子ごとに計算できます（オプション -or および -oa）。

-tv``オプションを使用すると、分子の総体積と密度を計算できます。デフォルトの-pbc``を使用する場合は、分子/表面グループがPBCにまたがって分割されていないことを確認する必要があります。そうしないと、意味のない結果が得られます。また、通常のプローブ半径がこの場合は適切かどうか、または0などを使用する方が良いかどうかを検討してください。体積と密度の結果は非常に近似的なものであることに注意してください。たとえば、氷Ihの場合、水分子を容易に孔に配置でき、これにより体積が低くなり、表面積と密度が両方とも高くなります。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 入力軌跡または単一構成: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション): 入力構造：tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): 追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (area.xvg): 時間に対する総面積
-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (オプション): 時間に対する推定溶媒化自由エネルギー
-または- [<.xvg>] (resarea.xvg) (オプション): 平均残基あたりの面積
-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (オプション): 原子あたりの平均面積
-tv [<.xvg>] (volume.xvg) (オプション): 時間に対する総体積と密度
-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (オプション): PDBファイル（ Connolly 表面用）

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレーム (ps) から読み込むトレース
-e <時間> (0): 読み込むトレースの最後のフレーム (ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が最初に (ps) の値と一致する場合のみ使用してください。
-tu <enum> (ps): 単位：fs（フェイズ）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）
-fgroup <選択>: 軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg <enum> (xmgrace): プロットのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc (はい): 各フレームで分子を完全に再構築する
-[no]pbc (有効): 距離計算には、周期境界条件を使用する
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (属性): 選択基準位置：原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-probe <実数値> (0.14): 溶媒プローブの半径 (nm)
-ndots <整数> (24): 一つの球当たりの点の数が多いほど、精度が向上します。
-[no]prot (有効): また、タンパク質を Connolly の .pdb ファイルにも出力します。
-dgs <実数> (0): デフォルト値：単位面積あたりの溶媒化自由エネルギー（kJ/mol/nm^2）
-surface <選択>: 表面計算の選択
-output <選択>: 出力選択