gmxapi Python パッケージ

バージョン |gmxapi-バージョン|。

gmxapi を使用すると、Python から分子シミュレーションと解析の作業を段階的に実行できます。

GROMACS と gmxapi Python パッケージをインストールした後、コマンドラインから pydoc gmxapi を使用するか、Python インタープリタ内で import gmxapi; help(gmxapi) を実行することで、簡潔な使用方法のドキュメントを参照できます。 完全なドキュメントは、以下のセクションにまとめられています。

• 完全なインストール手順
  • 概要
  • 背景
  • Python パッケージのインストール
  • gmxapiドキュメントへのアクセス
  • テスト
  • トラブルシューティング
• Python パッケージの使用
• gmxapi Python モジュールに関するリファレンス

gmxapi について議論するには、GROMACS の user discussion forum で #gmxapi tag を使用してください。バグは、GROMACS の issue tracker を通じて報告してください。

gmxapi Python パッケージの完全なドキュメントは、gmxapi バージョン 0.1 以降で、GROMACS の manual に含まれています。 古いバージョンは、GitHub にもあります。 事前リリース版のドキュメントは、https://manual.gromacs.org/nightly/gmxapi/ にあります。

参考

gmxapi の出版物

Irrgang, M. E., Davis, C., & Kasson, P. M. gmxapi: A GROMACS-native Python interface for molecular dynamics with ensemble and plugin support. PLOS Comput Biol 2022. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009835

Irrgang, M. E., Hays, J. M., & Kasson, P. M. gmxapi: a high-level interface for advanced control and extension of molecular dynamics simulations. Bioinformatics 2018. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty484