GROMACS 2018.5 リリースノート¶

このバージョンは2019年1月22日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|のバージョン2018.4以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正するために作成されました。修正内容とそれらの説明の完全なリストは、:ref:`release-notes`で確認できます。

mdrunが誤った動作をする問題を修正¶

シェルコードを使用した通常のモード解析における数値微分を修正¶

高精度な計算が必要な場合に、極性を持つシェル粒子を使用した場合、通常のモードコードはシェルとの連携で再現性を持たなかった。この問題を修正するために、ヘッセ行列を数値的に計算する際のステップサイズを、ほぼ機械精度に近い値に設定した。この変更は、タンパク質や小さな分子などの極性を持たないシステムの結果には影響を与えない。

大規模なPMEグリッドをGPUで動作させる¶

Z軸方向のグリッドサイズが511より大きいPMEグリッドを使用すると、mdrunが意味不明なCUDAエラーで終了する可能性があります。

OpenMPを使用する場合に、制約三角形が存在する場合にLINCSの精度を修正する¶

制約三角形は、通常、CH3およびNH3グループの水素を仮想相互作用サイトに置き換える場合にのみ発生しますが、通常の制約よりも2倍の反復が必要です。OpenMPを使用する場合、これは最後のOpenMPスレッドが少なくとも1つのそのような三角形を持っている場合にのみ発生します。これにより、不均一系においてわずかな精度低下が発生します。

「cos-acceleration」を使用したアクセラレーションの修正¶

加速値の計算において、2の係数が不足していたため、粘度などの計算結果が誤っていた。

無限ステップ数の tpr のチェックポイント再起動を修正¶

問題が発生し、無限ステップ数を使用した場合に mdrun が起動しなくなる原因が修正されました。現在、mdrun はこれらのファイルを正常に受け入れることができます。

エネルギー履歴ファイルの読み取りを修正¶

シミュレーションが最初に値がファイルに書き込まれる前に停止した場合、エネルギーファイルを読み取る際にチェックが欠けていました。

`gmx` ツールに関する修正¶

修正 trjconv -ndec¶

これは.xtcファイルの作成のみをサポートします。コードとドキュメントは、2016年のリリースシリーズで変更されたため、現在は.groファイルも正しく処理できるようになりました。これにより、固定幅の列のみが作成されます。

Issue 2813 Issue 2037

移植性を向上させるための修正¶

その他の機能¶

Nose-HooverとParrinello-Rahmanを使用する場合、問題のある結合時間について警告¶

Nose-HooverとParrinello-Rahmanの結合アルゴリズムを組み合わせる場合、関連する結合時間が類似していると、運動エネルギーと圧力/体積における共鳴が現れることがあります。現在、gromppは「tau-p」が「tau-t」の2倍よりも小さい場合に警告します。

シェルコードの最小化に関する効率性の問題を修正¶

コードの整理により、不必要に複雑なコードが作成され、効率の問題を引き起こしていました。この問題と、その一部の複雑さは現在は修正されています。

NVIDIA Turing GPU用のコード生成サポートを追加¶

CUDA 10.0を使用すると、NVIDIA Turing GPUをnvccコンパイラで直接ターゲットできます。CUDA 10.0（またはそれ以降）を使用する場合、デフォルトでTuringアーキテクチャに適したフラグを生成します。