gmx メイン¶

概要¶

gmx principal [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
             [-n [<.ndx>]] [-a1 [<.xvg>]] [-a2 [<.xvg>]]
             [-a3 [<.xvg>]] [-om [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
             [-dt <time>] [-tu <enum>] [-[no]w] [-xvg <enum>]
             [-[no]foo]

説明¶

gmx principal は、原子群の慣性主軸の3つを計算します。注：古いバージョンのGROMACSでは、出力データを奇妙な方法で転置して書き込んでいました。GROMACS 5.0以降では、出力ファイルpaxis1.datには、各フレームにおける主要（最初の）主軸のx/y/z成分が含まれており、paxis2.datとpaxis3.datには、中間および副次軸の成分が含まれています。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr): 構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-a1 [<.xvg>] (paxis1.xvg): ファイル名: xvgr/xmgr
-a2 [<.xvg>] (paxis2.xvg): ファイル名: xvgr/xmgr
-a3 [<.xvg>] (paxis3.xvg): ファイル名: xvgr/xmgr
-om [<.xvg>] (moi.xvg): ファイル名: xvgr/xmgr

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e <時間> (0): 最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が最初の時間（デフォルト単位：ps）の場合のみ使用してください。
-tu <enum> (ps): 単位：fs（フェイズ）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg <列挙> (xmgrace): 形式: xmgrace, xmgr, なし
-[no]foo (無): ダミーオプションを使用して空の配列を回避