GROMACS ツールへの改善

pdb2gmx は、電荷の計算方法を異にする

pdb2gmx は、生成するトポロジーファイルの [atoms] フィールドに、各残基の合計電荷を記録します。これは、通常は整数であるべきであるという事実は、シミュレーションまたは力場設定における問題のトラブルシューティングに役立ちます。以前は、すべての原子に対して出力されていましたが、現在は各残基に対してのみ出力されます。

nmeigは熱化学を扱います

「nmeig」ツールは、通常モード解析からヘッセ行列を分析し、これを使用して、標準エンタルピー、定容熱容量、内部熱エネルギー、およびゼロ点エネルギーなどの熱化学的特性を生成します。この分析は、量子化学で使用されているものと同じ、調和近似に基づいています。

レポート内の LaTeX メソッドの記述を実装する

新しいツール「report-methods」を追加しました。このツールは、シミュレーションの設定に使用したメソッドの概要を、出力ファイルまたは標準出力に書き出すことができます。