gmx nmtraj

概要

gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
           [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr <string>]
           [-phases <string>] [-temp <real>] [-amplitude <real>]
           [-nframes <int>]

説明

gmx nmtraj は、平均構造を中心とした調和的なカルテシアン振動に対応する、固有ベクトルから仮想軌跡を生成します。 固有ベクトルは通常、質量で重み付けされている必要がありますが、重み付けされていない固有ベクトルを使用して、直交的な運動を生成することも可能です。 出力フレームは、周期全体をカバーする軌跡ファイルとして書き出され、最初のフレームは平均構造です。 軌跡をPDB形式で書き出す（または変換する）と、PyMolで直接表示したり、フォトリアリスティックな動画をレンダリングしたりすることができます。 運動の振幅は、固有値とあらかじめ設定された温度に基づいて計算され、すべてのモードにわたるエネルギーの均一な分配を前提としています。 PyMolで運動を明確に表示するには、非現実的に高い温度を設定して、それを強調表示することを検討してください。 ただし、線形カルテシアンな変位と質量による重み付けは、高振幅の場合に重大な構造の歪みを引き起こす可能性があることに注意してください。 これは、カルテシアンな正規モードモデルの単純な制限です。 デフォルトでは、選択された固有ベクトルは7に設定されており、これは最初の6つの正規モードが、翻訳と回転の自由度に対応するためです。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)

構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)

完全精度軌跡: trr cpt tng h5md

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)

軌跡: xtc trr gro g96 pdb tng h5md

Other options:

-eignr <文字列> (7)

使用するアイゴベクターの文字列 (最初のものは 1)

-phases <文字列> (0.0)

フェーズの文字列 (デフォルトは 0.0)

-temp <実数> (300)

温度 (K)

-amplitude <実数> (0.25)

振幅（固有値<=0 のモードの場合）

-nframes <int> (30)

生成するフレーム数