GROMACS 2022.5 リリースノート¶
このバージョンは2023年2月3日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2022.4バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2021.7バージョンおよびそれ以前に実施されたすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
PBC全体で発生する、小さなシステムでの排他制御に関する問題を修正¶
システムで数百個の原子程度の場合、周期境界条件で分割された分子において、排除された原子が影響を受けている場合に、長距離でのクーロンおよびLJ-PME相互作用が二重カウントされる可能性があります。これにより、PMEおよび反応場を用いたエネルギーと力の計算において、非常に大きな誤差が生じ、これはおそらく無視されていません。単純なクーロンカットオフを使用した場合、誤差は小さく、気づかれない可能性があります。
GPUでPMEを実行する際に、欠落していたネット電荷の項を追加¶
PMEがGPU上で実行されている場合、システム全体の電荷の変化が考慮されていませんでした。通常の実行では、これは通常、ポテンシャルエネルギーを一定の値でしか変化させません。ただし、フリーエネルギー計算において、システム全体の電荷が変化する場合、これは不正確な dV/dlambda と Delta lambda の値につながります（ただし、フリーエネルギー計算では、システム全体の電荷を変化させることは避けるべきです）。
Gapsys のハードウェア機能とのエネルギー消費差はゼロ¶
これにより、すべての BAR および AWH の非結合自由エネルギー出力が 0 になったため、誤った結果が検出される可能性は低い。
修正：mdrun -rerun でのエネルギー出力と更新グループの処理¶
まれに、ドメイン分解またはGPUを使用した軌跡に対して`mdrun -rerun`を使用した場合、特にドメイン分解とGPUを使用せずに生成された軌跡の場合、更新グループを使用すると、報告されたエネルギーが不正確になる可能性があります。更新グループは、通常、h-結合のみを制約し、GPUを使用したドメイン分解と組み合わせて使用されます。
修正：モジュール式シミュレーターを使用した拡張されたアンサンブルシミュレーションのチェックポイント機能¶
拡張されたアンサンブルシミュレーションでは、モジュール型シミュレーターを使用した場合、チェックポイントファイルが作成されないという問題が発生しました（これは、GROMACS 2022 の拡張されたアンサンブルのデフォルト設定です）。この調査により、別のバグも発見され、修正されました。チェックポイントから再開する際、チェックポイント作成時に成功したラムダ空間でのMCステップが無視されるという問題でした。この問題は、チェックポイントがそもそも作成されないため、GROMACS 2022 では誤った結果を引き起こす可能性は低いと考えられます。
シミュレーションの再起動時に、チェックポイントステップでMCステップが正常に完了しないという問題も、GROMACS 2021.7 以前のデフォルトのレガシーコードパスにも存在します。レガシーコードパスを使用するシミュレーションでは、チェックポイントファイルは作成されなくなります。この動作はログファイルに記録されます。
gmx ツールに関する修正¶
移植性に影響を与える修正¶
その他の項目¶
muParserの検出を改善し、内部バージョンをv2.3.4にアップグレードしました。¶
内部の muParser のバージョンを更新し、当社が行ったすべての変更を含めます。 muParser の CMake 設定を使用して、外部の muParser を検出します。 外部の muParser の必要なバージョンを、内部のバージョンと一致するように更新します。