gmx ダイポール¶
概要¶
gmx dipoles [-en [<.edr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-eps [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]]
[-d [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]] [-g [<.xvg>]]
[-adip [<.xvg>]] [-dip3d [<.xvg>]] [-cos [<.xvg>]]
[-cmap [<.xpm>]] [-slab [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
[-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-mu <real>]
[-mumax <real>] [-epsilonRF <real>] [-skip <int>]
[-temp <real>] [-corr <enum>] [-[no]pairs] [-[no]quad]
[-ncos <int>] [-axis <string>] [-sl <int>]
[-gkratom <int>] [-gkratom2 <int>] [-rcmax <real>]
[-[no]phi] [-nlevels <int>] [-ndegrees <int>]
[-acflen <int>] [-[no]normalize] [-P <enum>]
[-fitfn <enum>] [-beginfit <real>] [-endfit <real>]
説明¶
gmx dipoles は、シミュレーションシステムの全体的な偶極と変動を計算します。 これを利用して、例えば、低誘電体の誘電定数を計算できます。 ネット電荷を持つ分子の場合、分子の中心質量でのネット電荷は差し引かれます。
ファイル Mtot.xvg には、フレームの全二極矩、およびその成分とベクトルのノルムが含まれています。ファイル aver.xvg には、シミュレーション中の <|mu|^2> および |<mu>|^2 の値が含まれています。ファイル dipdist.xvg には、シミュレーション中の二極矩の分布が含まれています。値 -mumax は、分布グラフの最大値を表します。
さらに、-corr`オプションを使用すると、ジポール自己相関関数も計算されます。出力ファイル名は-c`オプションで指定します。相関関数は、すべての分子に対して（mol）、個別に分子ごとに（molsep）、またはシミュレーションボックス全体のジポールモーメントに対して（total）平均化して計算できます。
オプション -g は、距離依存のキルウッド G 因子、および距離に対する二重子の間の角度の平均コサインをプロットします。このプロットには、Nymand & Linse の「J. Chem. Phys. 112 (2000) pp 6386-6395」に記載されている gOO および hOO も含まれます。さらに、このプロットには、二重子の内積を距離の3乗で割ったエネルギー（スケーリングごとのエネルギー）も表示されます。
EXAMPLES
gmx dipoles -corr mol -P 1 -o dip_sqr -mu 2.273 -mumax 5.0
これにより、分子の偶極の自己相関関数を、偶極ベクトルの角度とそれ自身の1次 Legendre 多項式を用いて計算します。この計算には、時間 t 後に 1001 フレームを使用します。さらに、誘電定数は、-epsilonRF の無限大（デフォルト）、300 K（デフォルト）の温度、および分子の平均偶極モーメント 2.273（SPC）を使用します。分布関数には、最大 5.0 が使用されます。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-en[<.edr>] (ener.edr) (任意)エネルギーファイル
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr>] (topol.tpr)ポータブル XDR 実行入力ファイル
-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-o[<.xvg>] (Mtot.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-eps[<.xvg>] (epsilon.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-a[<.xvg>] (aver.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-d[<.xvg>] (dipdist.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-c[<.xvg>] (dipcorr.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-g[<.xvg>] (gkr.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-adip[<.xvg>] (adip.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-dip3d[<.xvg>] (dip3d.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-cos[<.xvg>] (cosaver.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-cmap[<.xpm>] (cmap.xpm) (オプション)X ピクマップ互換のマトリックスファイル
-slab[<.xvg>] (slab.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初に読み込むトレースファイルからの最初のフレームの時間（デフォルト単位：ps）
-e<時間> (0)最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w(no)-xvg(xmgrace)xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-mu<実数> (-1)単一分子の偶極（デバイ）
-mumax<実数> (5)最大ジポール値（ヒストグラム用、単位：デバイ）
-epsilonRF<実数> (0)シミュレーション中に使用する反応場のエピソンの値。誘電率の計算に必要な値。警告：0.0は無限大（デフォルト）を意味します。
-skip<整数> (0)ステップを結果に出力しない（ただし、計算には出力する）
-temp<実数> (300)シミュレーションの平均温度（誘電率の計算に必要な値）
-corr(なし)計算に使用する相関関数: なし、mol、molsep、total
-[no]pairs(有効)すべての分子のペア間の値|cos(theta)|を計算します。時間がかかる場合があります。
-[no]quad(無)四極子効果を考慮する
-ncos<整数> (1)必須の値は1または2です。これにより、1つのグループ内のすべての分子間、または2つの異なるグループ内の分子間の
<cos(theta)>の計算を決定します。これにより、-gフラグが有効になります。-axis<文字列> (Z)計算ボックス上で、X、Y、またはZ方向のいずれかの「通常」方向を指定します。
-sl<int> (10)箱をこの数に分割します。
-gkratom<int> (0)分子内のn番目の原子（1から始まる）を使用し、電荷中心（0の場合）ではなく、距離依存のキルウッド係数を計算する際に、分子間の距離を計算します。
-gkratom2<整数> (0)以前のオプションと同じ場合、つまり、2 の場合に、分子の2つのグループ間のジポール相互作用
-rcmax<実数> (0)最大距離（dipole の方向分布で使用する距離、ncos == 2 の場合）。この値を 0 に設定した場合、箱の長さに基づいて別の基準が使用されます。
-[no]phi(無):ref:.xpm <xpm>`ファイル内の、2つの分子間の距離ベクトルを軸とした2つの偶極ベクトルの回転を「ねじれ角」として定義し、`-cmap`オプションを使用してプロットします。デフォルトでは、偶極間の角度のコサインがプロットされます。-nlevels<int> (20)cmap 出力における色の数
-ndegrees<int> (90)y-軸における色マップ出力の分割数（180度の場合）
-acflen<int> (-1)ACFの長さ、デフォルトはフレーム数の半分
-[no]normalize(有効)ACF の正規化
-P<enum> (0)ACF (自相関係) のレジェンドル多項式の順序 (0 は該当なし): 0, 1, 2, 3
-fitfn(無)適合関数: なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9
-beginfit<実数> (0)開始する際の指数関数的な適合の時間を指定する
-endfit<実数> (-1)時間：相関関数の指数関数的なフィッティングを終了するタイミング。-1 は、終了まで