gmx sham¶

概要¶

gmx sham [-f [<.xvg>]] [-ge [<.xvg>]] [-ene [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]]
         [-histo [<.xvg>]] [-bin [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
         [-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
         [-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[no]w] [-xvg <enum>]
         [-[no]time] [-b <real>] [-e <real>] [-ttol <real>]
         [-n <int>] [-[no]d] [-[no]sham] [-tsham <real>]
         [-pmin <real>] [-dim <vector>] [-ngrid <vector>]
         [-xmin <vector>] [-xmax <vector>] [-pmax <real>]
         [-gmax <real>] [-emin <real>] [-emax <real>]
         [-nlevels <int>]

説明¶

gmx sham は、多次元の自由エネルギー、エンタルピー、エントロピーのプロットを作成します。gmx sham は、1つ以上の .xvg ファイルを読み込み、データセットを分析します。gmx sham の基本的な目的は、ボルツマン逆算による多次元ヒストグラム（オプション -lp）を使用して、ギブズ自由エネルギーの地形（オプション -ls）をプロットすることですが、エンタルピー（オプション -lsh）やエントロピー（オプション -lss）のプロットも作成できます。ヒストグラムは、ユーザーが指定する任意の量に対して作成できます。入力ファイル内の1行は、時間（オプション -time を参照）から始まり、任意の数の y-値が続くことがあります。複数のデータセットも、&（オプション -n）で区切られた場合に読み込むことができます。この場合、各行から1つの y-値のみが読み取られます。# および @ で始まるすべての行はスキップされます。

オプション -ge を使用すると、ボルツマン分布でないにもかかわらず、この自由エネルギーでバイアスする必要があるアンサンブルに、自由エネルギーファイルを提供できます。 -f の入力には、各（多次元）データポイントに対して 1 つの自由エネルギー値が必要です。

オプション -ene を使用すると、エネルギーファイルを提供できます。これらのエネルギーは、クマラらによる単一ヒストグラム分析手法で重み付け関数として使用されます。温度が提供される場合（ファイルの2番目の列として）、実験的な重み付けスキームが適用されます。さらに、これらの値はエンタルピーとエントロピーのプロットを作成するために使用されます。

オプション -dim を使用すると、距離に対して寸法を指定できます。距離が 2 次元または 3 次元の場合、2 つの粒子によってサンプリングされる円周または表面は、距離が増加するにつれて大きくなります。どのような結果を表示したいかによって、この体積効果を修正するために、ヒストグラムと自由エネルギーを選択できます。 2 次元および 3 次元の場合、確率をそれぞれ r と r^2 で正規化します。 -1 の値は、2 つのベクトルの間の角度（度単位）を示すために使用されます。 sin(角度) による正規化が適用されます。注意が、ベクトルの間の角度の場合、内積またはコサインを使用するのが自然であり、これにより同じ体積のビンの作成が可能です。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xvg>] (graph.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-ge [<.xvg>] (gibbs.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-ene [<.xvg>] (esham.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-dist [<.xvg>] (ener.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-histo [<.xvg>] (edist.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-bin [<.ndx>] (bindex.ndx) (オプション): インデックスファイル
-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (オプション): X PixMap互換のマトリックスファイル
-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) (オプション): X PixMap互換のマトリックスファイル
-lsh [<.xpm>] (enthalpy.xpm) (オプション): X PixMap互換のマトリックスファイル
-lss [<.xpm>] (entropy.xpm) (オプション): X PixMap互換のマトリックスファイル
-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (オプション): Protein data bank file
-g [<.log>] (shamlog.log) (オプション): ログファイル

Other options:

-[no]w (no): 表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg <列挙> (xmgrace): xvg グラフのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし
-[no]time (はい): 入力には、時刻を指定してください。
-b <実数値> (-1): 初めてセットから読み込む
-e (-1): 最後に読み取りを行うセット
-ttol <実数> (0): 適切な単位（通常はps）での時間許容範囲
-n <整数> (1): この数個のセットを、単に「&」で区切られた行で区切って読み取ってください。
-[no]d (無): 使用する
-[no]sham (有効): エネルギーの重み付けを無効にする、エネルギーが指定されている場合でも
-tsham <real> (298.15): 単一ヒストグラムの分析における温度
-pmin <実数> (0): 最小確率。この値よりも低い値は0に設定されます。
-dim <ベクトル> (1 1 1): 距離の寸法（最大3つ、寸法が3より大きい場合は最後の値と同じ）を使用し、体積の補正に使用されます。
-ngrid <ベクトル> (32 32 32): エネルギー地形のビンの数（最大3つの値、3次元以上の場合は最後の値を使用）
-xmin <ベクトル> (0 0 0): 必要な軸の最小数（3次元以上の場合は上記を参照）
-xmax <ベクトル> (1 1 1): エネルギー地形における軸の最大値（3次元以上の場合は上記を参照）
-pmax <実数> (0): 出力における最大確率。デフォルトでは計算されます。
-gmax <実数> (0): 出力における最大自由エネルギー。デフォルトでは計算されます。
-emin <実数> (0): 出力時の最小エンタルピー、デフォルトは計算
-emax <実数> (0): 出力時の最大エンタルピー。デフォルトでは計算されます。
-nlevels <int> (25): エネルギー地形のレベル数