gmx lie

概要

gmx lie [-f [<.edr>]] [-o [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>]
        [-[no]w] [-xvg <enum>] [-Elj <real>] [-Eqq <real>]
        [-Clj <real>] [-Cqq <real>] [-ligand <string>]

説明

gmx lie は、非相互作用エネルギーからのエネルギー解析に基づいて、自由エネルギーの推定を行います。 以下のコンポーネントを含むエネルギーファイルが必要です: Coul-(A-B) LJ-SR (A-B) など。

g_lie を正しく利用するには、2つのシミュレーションが必要です。1つは、目的の分子がその受容体に結合した状態、もう1つは、分子が水中で存在している状態です。どちらのシミュレーションも energygrps を使用し、Coul-SR(A-B)、LJ-SR(A-B) などの項を .edr ファイルに書き出す必要があります。水中で存在している分子からのシミュレーションの結果は、-Elj と -Eqq の適切な値を設定するために必要です。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.edr>] (ener.edr)

エネルギーファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (lie.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）

-e <時間> (0)

読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt が初めてのケースでのみ使用してください（デフォルト単位：ps）。

-[no]w (no)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-Elj <実数> (0)

レンナー・ジョーンズによるリガンドと溶媒間の相互作用

-Eqq <実数> (0)

Coulomb interaction between ligand and solvent

-Clj <実数> (0.181)

レンナー・ジョーズエネルギーの成分に、LIE方程式を考慮する

-Cqq <実数> (0.5)

コヨーラムのエネルギー成分に、LIE方程式を考慮する

-ligand <文字列> (なし)

エネルギーファイル内のリガンドの名前