gmx gangle¶

概要¶

gmx gangle [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
           [-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]]
           [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-tu <enum>]
           [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc]
           [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>]
           [-seltype <enum>] [-g1 <enum>] [-g2 <enum>] [-binw <real>]
           [-group1 <selection>] [-group2 <selection>]

説明¶

gmx gangle は、ベクトルの間のさまざまな種類の角度を計算します。 2つの位置で定義されたベクトルと、3つの位置で定義された平面の法線の両方をサポートします。また、球の z 軸またはローカル法線も、ベクトルの 1 つとして使用できます。さらに、「angle」および「dihedral」という便利なオプションを使用して、3 つまたは 4 つの位置で定義された結合角とダイヘドラル角を計算できます。

角度の種類は、-g1 と -g2 で指定します。-g1 が angle または dihedral の場合、-g2 は指定する必要はありません。この場合、-group1 は 1 つ以上の選択を指定し、それぞれには、計算する角度を定義する位置のトリプレットまたはクワッドレットを含める必要があります。

「-g1」が「vector」または「plane」の場合、「-group1」は、ベクトル（ペア）または平面（トリプル）のいずれかの位置を含む選択を指定する必要があります。ベクトルの場合、位置はベクトルの端点を設定し、平坦の場合は3つの位置を使用して平面の法線を計算します。どちらの場合も、「-g2」は使用する別のベクトルを指定します（下記を参照）。

-g2 vector または -g2 plane を使用する場合、-group2 は別のベクトルセットを指定する必要があります。-group1 と -group2 は同じ数の選択を指定する必要があります。また、どちらかのオプションに単一の選択のみを指定することも可能です。この場合、他のグループのすべての選択で同じ選択が使用されます。同様に、-group1 の各選択に対応する -group2 の選択は、同じ数のベクトルまたは単一のベクトルを指定する必要があります。後者の場合、その単一のベクトルと、他の選択からの各ベクトルとの間の角度が計算されます。

-g2 sphnorm``を使用する場合、-group2``で指定する各位置は、球の中心となる単一の位置である必要があります。 2番目のベクトルは、``-group1``で指定された位置の中点から中心までのベクトルとして計算されます。

-g2 z を使用する場合、-group2 は不要であり、最初のベクトルと正のZ軸との間の角度が計算されます。

-g2 t0``を使用する場合、-group2``は不要であり、角度は最初のフレームにあるベクトルのまま計算されます。

出力オプションは3つあります。 -oav は、各フレームの時間と平均角度を含む xvg ファイルを作成します。 -oall は、すべての個別の角度を書き出します。 -oh は、角度のヒストグラムを作成します。 -binw でビンの幅を設定できます。 -oav および -oh の場合、-group1 で指定された各選択に対して、個別の平均値/ヒストグラムが計算されます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 入力軌跡または単一構成: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション): 入力構造: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): 追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-oav [<.xvg>] (angaver.xvg) (オプション): 平均角度の時間依存性
-oall [<.xvg>] (angles.xvg) (オプション): すべての角度の時間依存性
-oh [<.xvg>] (anghist.xvg) (オプション): 角度のヒストグラム

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレーム (ps) から読み込むトレース
-e <時間> (0): 読み込むトレースの最後のフレーム (ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が最初に (ps) の値と等しい場合にのみ使用してください。
-tu <enum> (ps): 単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-fgroup <選択>: 軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg (xmgrace): 書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc (はい): 各フレームで分子を全体として再構築する
-[no]pbc (有効): 周期境界条件を使用して距離を計算する
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (属性): 選択基準の位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-seltype <enum> (アトム): デフォルトの選択結果の出力位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-g1 <enum> (角度): 分析の種類/最初のベクトルグループ: 角度、二面角、ベクトル、平面
-g2 <enum> (無): セカンドベクトルのグループの種類: なし、ベクトル、平面、t0、z、球形
-binw <実数> (1): 角度単位での -oh オプションのビン幅
-group1 <選択>: 最初の分析/ベクトルの選択
-group2 <選択>: 第二の分析/ベクトルの選択