gmx genrestr¶
概要¶
gmx genrestr [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.itp>]]
[-of [<.ndx>]] [-fc <vector>] [-freeze <real>]
[-[no]disre] [-disre_dist <real>] [-disre_frac <real>]
[-disre_up2 <real>] [-cutoff <real>] [-[no]constr]
説明¶
gmx genrestr は、"-f" ファイルの内容に基づいて、原子番号のリストと x、y、および z 方向に適用される3つの力定数を含む、トポロジーの #include ファイルを生成します。 コマンドラインで、3つの成分ではなく、単一の異方性のある力定数を指定することも可能です。
警告：位置制約は分子内の相互作用であるため、正しい [ moleculetype ] ブロック内にトポロジーで指定する必要があります。 [ position_restraints ] ブロック内の原子インデックスは、その分子タイプに対応する原子インデックスの範囲内にある必要があります。 トポロジー内のすべての分子タイプで、原子番号は1から始まり、gmx genrestr の入力ファイル内の番号は1から連続して指定されるため、gmx genrestr は最初の分子のみに対して有効なファイルを作成します。 結果のインデックスファイルを編集して、後続の原子の行を削除するか、gmx genrestr に入力として使用できる適切なインデックスグループを作成することを検討してください。
``-of``オプションを使用すると、原子の凍結に使用できるインデックスファイルが生成されます。この場合、入力ファイルは：ref:`.pdb <pdb>`ファイルである必要があります。
``-disre``オプションを使用すると、位置制約ではなく、距離制約の半分が生成されます。この行列は、通常、タンパク質のCα原子に適用され、特定の位置に固定することなく、タンパク質の全体的な構造を維持することができます（位置制約の場合と同様）。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.gro/.g96/...>] (conf.gro)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-o[<.itp>] (posre.itp)トポロジーを含むファイル
-of[<.ndx>] (freeze.ndx) (オプション)インデックスファイル
Other options:
-fc<ベクトル> (1000 1000 1000)定数 (kJ/mol nm^2)
-freeze<実数> (0)`-of`オプションまたはこのオプションにインデックスファイルが指定された場合、指定されたレベルよりもB因子が小さいすべての原子の原子番号を含むファイルが作成されます。
-[no]disre(無)インデックスにあるすべての原子に対して、距離制約行列を生成する
-disre_dist<実数> (0.1)実際の距離の周囲の距離範囲で距離制約を生成
-disre_frac<実数> (0)距離の割合を指定することで、固定された距離ではなく、間隔として使用されます。 ここで指定した距離の割合が、前のオプションで指定された距離よりも小さい場合、そのオプションが使用されます。
-disre_up2<実数> (1)距離制約における上限と、力が一定になる距離との間
-cutoff<実数値> (-1)カットオフ（nm）内の原子対のみに対して距離制約のみを生成します。
-[no]constr(無)距離制約ではなく、制約行列を生成します。タイプ2の制約は、除外を生成します。