gmx mdmat

概要

gmx mdmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
          [-mean [<.xpm>]] [-frames [<.xpm>]] [-no [<.xvg>]]
          [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-xvg <enum>]
          [-t <real>] [-nlevels <int>]

説明

gmx mdmat は、残基間の最小距離で構成される距離行列を作成します。 -frames オプションを使用すると、これらの距離行列を保存し、時間とともに三次元構造の違いを視覚化できます。 不適切なオプションを選択すると、大きな出力ファイルが生成される可能性があります。 デフォルトでは、トレジャー全体の平均行列のみが出力されます。 また、トレジャー全体にわたる残基間の異なる原子間の接触の数をカウントすることも可能です。 この出力は、gmx xpm2ps を使用して、PostScript (tm) 形式のプロットを作成するために使用できます。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)

構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-mean [<.xpm>] (dm.xpm)

X PixMap互換のマトリックスファイル

-frames [<.xpm>] (dmf.xpm) (オプション)

X PixMap互換のマトリックスファイル

-no [<.xvg>] (num.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e <時間> (0)

最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。

-xvg (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-t <実数> (1.5)

切断距離

-nlevels <整数> (40)

距離をこのレベル数で離散化する