gmx sigeps

概要

gmx sigeps [-o [<.xvg>]] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-c6 <real>]
           [-cn <real>] [-pow <int>] [-sig <real>] [-eps <real>]
           [-A <real>] [-B <real>] [-C <real>] [-qi <real>]
           [-qj <real>] [-sigfac <real>]

説明

gmx sigeps は、C6/C12 または C6/Cn の組み合わせをシグマとエプシロン、またはその逆の形式に変換するシンプルなユーティリティです。 また、ファイルにポテンシャルをプロットすることも可能です。 さらに、バッキンガムポテンシャルをレンナー・ジョーンズポテンシャルに近似します。

オプション

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (potje.xvg)

ファイル名: xvgr/xmgr

Other options:

-[no]w (いいえ)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-c6 <実数> (0.001)

C6

-cn <real> (1e-06)

反発力の定数

-pow <int> (12)

反発項の威力

-sig <実数> (0.3)

シグマ

-eps <実数> (1)

エプシロン

-A <実数> (100000)

バッキンガム A

-B <実数値> (32)

バッキンガムB

-C <実数値> (0.001)

バッキンガム C

-qi <実数> (0)

qi

-qj <実数値> (0)

qj

-sigfac <実数> (0.7)

σ の係数を考慮してプロットを開始する