gmx convert-trj¶

概要¶

gmx convert-trj [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
             [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-b <time>]
             [-e <time>] [-dt <time>] [-tu <enum>]
             [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc]
             [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>]
             [-select <selection>] [-vel <enum>] [-force <enum>]
             [-atoms <enum>] [-precision <int>] [-starttime <time>]
             [-timestep <time>] [-box <vector>]

説明¶

gmx convert-trj は、異なる形式の軌道ファイル間での変換を行います。このモジュールは、サポートされている入力形式から、GROMACSでサポートされているすべてのファイル形式への書き込みをサポートしています。

また、個々の軌道フレームを修正するための、さまざまなオプションの選択肢が含まれています。これには、よりコンパクトな出力ファイルを作成するためのオプションも含まれます。入力軌道に保存されている粒子情報を、構造ファイルから取得することも可能です。

このモジュールは、ユーザーが指定した条件に基づいて、軌跡のサブセットを生成することも可能です。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 入力ファイルまたは単一の構成ファイル： xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション): 入力ファイル形式: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): 追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xtc/.trr/...>] (trajout.xtc): 出力軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

Other options:

-b <時間> (0): 読み込むトレジャーの最初のフレーム (ps)
-e <時間> (0): 読み込むトレジャーの最後のフレーム (ps)
-dt <時間> (0): フレームを使用する場合は、t MOD dt が最初に (ps) の値と一致している場合にのみ使用してください。
-tu <enum> (ps): 時間値の単位: fs, ps, ns, us, ms, s
-fgroup <選択>: 軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg (xmgrace): プロット形式: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc (有効): 各フレームで分子を完全な状態にする
-[no]pbc (はい): 周期境界条件を使用して距離を計算する
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (列番号): 選択基準位置：原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-select <選択>: ファイルに書き込む粒子の選択
-vel <enum> (存在する場合に保持): フレームから速度を保存する場合：保存する場合、常に、または保存しない
-force <enum> (存在する場合は保持): フレームから力を保存する場合：保存する場合、常に、または保存しない
-atoms <enum> (存在する場合に保持): 新しい原子情報を構造ファイルから取得するか、現在のフレームの原子情報を使用するかどうかを決定します: preserved-if-present, always-from-structure, never, always
-precision <int> (3): 出力精度をカスタム値に設定する
-starttime <時間> (0): 最初のフレームの開始時間を変更する
-timestep <時間> (0): 異なるフレーム間の時間を変更する
-box <ベクトル>: 新しい対角線ボックスベクトルを出力フレーム用