gmx covar¶
概要¶
gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-av [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b <time>] [-e <time>]
[-dt <time>] [-tu <enum>] [-xvg <enum>] [-[no]fit]
[-[no]ref] [-[no]mwa] [-last <int>] [-[no]pbc]
説明¶
gmx covar は（質量による重み付けされた）共分散行列を計算し、対角化します。すべての構造は、構造ファイル内の構造に適合されます。これは、実行入力ファイルでない場合に、周期性を考慮しません。適合と分析グループが同じで、分析が質量による重み付けされていない場合、適合も質量による重み付けされません。
対角成分は、トレースファイル（-v）に書き込まれます。フィットと共分散分析で同じ原子を使用する場合、フィットの参照構造は t=-1 で書き込まれます。平均（または -ref が使用されている場合は参照）構造は t=0 で書き込まれ、対角成分は、対角成分番号と固有値をステップ番号とタイムスタンプとしてフレームとして書き込まれます。
以下の手順で、固有ベクトルを分析できます。gmx anaeig を使用してください。
オプション -ascii は、共分散行列全体を ASCII ファイルに書き出します。要素の順序は次のとおりです: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
オプション -xpm は、共分散行列全体を .xpm ファイルに書き出します。
オプション -xpma は、原子共分散行列を .xpm ファイルに書き出します。つまり、各原子対について、xx、yy、および zz の共分散の合計が書き込まれます。
注意: 行列の対角化には、関わる原子の数に少なくとも同じ速度で、少なくともメモリと時間が必要になります。メモリが不足しやすいため、このツールは通常、「Segmentation fault」で終了します。したがって、より少ない原子セットで十分かどうかを慎重に検討してください。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-o[<.xvg>] (eigenval.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-v[<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)-av[<.gro/.g96/...>] (平均構造.pdb)-l[<.log>] (covar.log)ログファイル
-ascii[<.dat>] (covar.dat) (オプション)汎用データファイル
-xpm[<.xpm>] (covar.xpm) (オプション)X ピクマップ互換の行列ファイル
-xpma[<.xpm>] (covara.xpm) (オプション)X ピクマップ互換の行列ファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ピコ秒）
-e<時間> (0)最後に読み込むトレースのタイム (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt が初めてのケースでのみ使用してください（デフォルト単位：ps）。
-tu<enum> (ps)単位：fs（フェムト秒）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）
-xvg<enum> (xmgrace)xvg グラフのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし
-[no]fit(はい)基準構造に合わせる
-[no]ref(無)構造ファイル内の配置からの偏差を使用するのではなく、平均からの偏差を使用します。
-[no]mwa(無)重み付き共分散分析
-last<int> (-1)最後に書き出す主成分
-[no]pbc(有効)周期境界条件に対応するための修正を適用する