非推奨機能¶
GROMACS 2024 の機能に関する予想される変更¶
分析ツール「gmx chi」は、現在は使用されなくなっています。¶
コミュニティからの要望を受け、gmx chi の維持が決定されました。
機能が GROMACS 2024 で非推奨¶
分析ツール gmx gyrate-legacy が廃止されました¶
gmx gyrate は、最新の GROMACS 分析フレームワークで部分的に再実装されました。 古い実装は gmx gyrate-legacy として引き続き利用可能です。 新しいバージョンへの移行を計画してください。 新しい実装に、必要な機能が欠けている場合や、動作していない場合は、GROMACS 開発者にその旨をお知らせください。
分析ツール gmx hbond-legacy が廃止されました¶
gmx hbond は、最新の GROMACS 分析フレームワークで部分的に再実装されました。 古い実装は、gmx hbond-legacy として引き続き利用可能です。 新しいバージョンへの移行を計画してください。 新しい実装に、必要な機能が欠けている場合や、動作が不安定な場合は、GROMACS 開発者にその旨をお知らせください。
分析ツール「gmx sans」および「gmx saxs」が廃止されました。¶
gmx sans および gmx saxs は、最新の GROMACS 分析フレームワークにおいて、新しい名前 gmx scattering の下で部分的に再実装されました。 古い実装は、gmx sans-legacy および gmx saxs-legacy として引き続き利用可能です。 新しいバージョンへの移行を計画してください。 新しい実装に、欠けている機能や、動作不良の機能について、GROMACS 開発者に伝えてください。
Xeon Phi のサポートは削除されます¶
Intel Xeon Phi シリーズのアクセラレータは 2020 年に廃止され、それを使用しているほとんどのスーパーコンピュータはすでに使用を停止しています。GROMACS 2024 では、Xeon Phi へのサポートは非推奨となり、次のリリースで削除されます。
2022年の|Gromacs|で非推奨になった機能¶
GMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE CMake 変数が、GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE に置き換えられました。¶
OpenCL と SYCL は異なるクラスタサイズをサポートしているため、今後 GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE を使用してください。
原子名の推定質量と原子半径の算出は廃止¶
アトムの質量やヴァン・デル・ワールス半径が必要な場合は、ツールがサポートしている場合でも、GROMACS 形式の適切なトポロジーを作成することをお勧めします。
2021年の|Gromacs|で非推奨になった機能¶
mdrun -deffnm の使用は廃止されます¶
この機能は、非常に単純なシミュレーションを実行する場合に便利です。なぜなら、ファイルセットをグループ化し、それらが単に拡張子のみが異なる場合に利用できるからです。ただし、これは mdrun モジュール（または複数のモジュール）が複数の .xvg 出力ファイルを生成する場合には機能しません。その結果、ファイル名が競合します。また、チェックポイント機能や追加機能との相互作用により、多くのバグ報告が発生しています。
ユーザーはフォルダを使用してファイルをグループ化できる（これは|Gromacs|以外の経験から知っている標準的なメカニズムであるため）、mdrun -deffnm の以前の利便性を削除することで、より優れたソフトウェアを開発・テストできます。そのため、ワークフローを適切に更新してください。
OpenCL は GPU 向けフレームワークとして廃止されます。¶
Issue 3818 AMDおよびIntel GPU向けのポートの開発が進められており、これらのポートは現在の|Gromacs| OpenCLポートをベースにしない可能性があります。Nvidia GPUについては、CUDAポートが開発されており、この部分に変更は予想されていません。現在のリソースでは、コアチームが最大4つのポートを維持、テスト、拡張することは困難です。HPCでOpenCLを必要とする新たなGPUベンダーが現れないため、AMDおよびIntelのサポートが他の方法で確立された時点で、OpenCLポートは削除されます。
ハードウェア局所化ライブラリ「hwloc」のバージョン1のサポート¶
Issue 3818 バージョン 2 は、GROMACS で数年間サポートされています。 今後の GROMACS の開発において、最新のハードウェアおよびハードウェアサポート API の機能が最も重要であるため、テスト作業を最小限に抑え、クラスタが古い hwloc のインストールをアップグレードするように促すべきです。
非推奨API¶
Issue 3818 以前から、既存のヘッダーは非推奨となっており、しかし、GROMACS の src ディレクトリツリー内のすべてのヘッダーは、内部での使用のみを目的としており、予告なしに変更される可能性があることを明確にしたい。さらに、libgromacs ライブラリおよび関連する CMake ターゲットの形式と内容は、長期的に安定してサポートできる API とサポート機構を構築するために変更される可能性がある。
2019年の|Gromacs|で非推奨になった機能¶
標準的なアミノ酸残基中の芳香環を仮想的なサイトで置き換える機能の生成¶
Issue 3254 これらの関数は、特定の条件下で予期しない結果を引き起こす可能性がある（未発表の結果）、十分にテストされておらず、広く使用されていないため、pdb2gmxを簡素化する必要があります。
ベンチマークオプションは、``gmx benchmark``のみで利用可能です。¶
Issue 3255 オプション（-confout、-resethway、-resetstep`など）は、通常の`mdrun`ユーザーが使用することを意図していないため、専用のツールでのみ利用できるようにすることで、より明確になります。これにより、特定の`mdrun`およびベンチマークの使用ケースに合わせて、シミュレーション部分のファイルの書き込みなどのデフォルト設定をカスタマイズできるようになり、-confout`は不要になります。
gmx mdrun -nsteps¶
Issue 3256 .tprファイルで記述されたシミュレーションステップ数は、``gmx convert-tpr``コマンドを使用して変更できます。また、``gmx grompp``の呼び出し前に、.mdpファイルで変更することも可能です。しかし、このmdrunオプションの利便性は、その実装の信頼性の低さ、ログファイルへの明確な記録の欠如、およびメンテナンスの不足によって上回られました。