GROMACS 2025.2 のリリースノート¶
このバージョンは2025年5月12日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2025.1バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2024.5バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
修正：CUDAおよびHIPでの空のドメインを使用したアサーションエラー¶
mdrunは、ドメイン内に原子が0個の場合に、アサーションエラーで終了することがあります。
修正：mdrun が位置制約 + 平底位置制約 + COM 参照座標スケーリングによる p-カップリングと OpenMP との組み合わせでクラッシュする問題を修正¶
この組み合わせは、OpenMPスレッドがわずかに同期がずれている場合に、(過度な)位置制約力が大きくなる可能性があります。シミュレーションは、過度な力が原因でクラッシュする可能性が非常に高く、それが非常に短い場合にのみ正常に動作します。
gmx ツールに関する修正¶
複数の循環および非循環チェーンを持つ pdb ファイルの解析を修正¶
pdb2gmx は、pdb 入力ファイル内の 2 番目以降の鎖の周期性を確認する際に、不正確な座標距離を計算していました。
gromppは、同じ dihedraltype 9 の定義が重複している場合に警告します。¶
gromppは、関数タイプ9で定義された二重で同一の dihedraltype の定義を黙って無視していました。現在、そのような定義は無視されなくなり、警告が生成されます。
修正：gmx sorient での境界外読み込み¶
このツールから生成された -o および -no 出力ファイル用のヒストグラムの最も外側（最大半径）のビンには、割り当てられていないメモリから読み取られた値が追加されました。このビンにある値のみが影響を受けました。
移植性に影響を与える修正¶
Linux上でWineを使用した場合のWindowsでのクロステストを修正¶
GROMACS 2025.1 を Linux で Wine を使用して Windows 環境でクロスコンパイルする場合、CMAKE_CROSSCOMPILING_EMULATOR 変数を wine または wine64 に設定することで、CMake ジェネレーターの式を使用するテストが、変数の設定を無視するため失敗する可能性があります。 現在、これらのテストは、変数の設定されたエミュレータを使用して実行されます。
その他の機能¶
Intel Xe2/Battlemage のドキュメント¶
ドキュメントを拡充し、誤解を招く可能性のあるエラーメッセージを修正しました。