gmx デンスマップ

概要

gmx densmap [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
            [-od [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b <time>] [-e <time>]
            [-dt <time>] [-[no]w] [-bin <real>] [-aver <enum>]
            [-xmin <real>] [-xmax <real>] [-n1 <int>] [-n2 <int>]
            [-amax <real>] [-rmax <real>] [-[no]mirror] [-[no]sums]
            [-unit <enum>] [-dmin <real>] [-dmax <real>]

説明

gmx densmap は2次元の密度マップを生成します。 平面状および軸方向の密度マップを作成できます。 出力ファイル：ref:.xpm は、例えば xv で表示したり、xpm2ps を使用して PostScript に変換したりできます。 また、オプションで、通常の：ref:.xpm ファイルではなく、-od オプションを使用して、テキスト形式で：ref:.dat ファイルに出力することも可能です。

デフォルトの解析は、x-y平面上で選択された原子群に対して、2次元の原子密度マップを作成します。 平均方向は、-aver`オプションで変更できます。 `-xmin`および/または-xmax`が設定されている場合、平均方向の範囲内で原子のみが考慮されます。 グリッドのサイズは、-bin`オプションで設定します。 `-n1`または-n2`がゼロでない場合、グリッドサイズは、このオプションで設定されます。 ボックスサイズの変動は適切に考慮されます。

-amax および -rmax オプションが設定されている場合、軸方向と径方向の密度マップが作成されます。 3つのグループを指定する必要があります。 最初の2つのグループの中心の質量重心が軸を定義し、3番目のグループが分析グループを定義します。 軸方向は -amax から +amax まで、中心は2つの質量重心の中間点に定義され、正方向は最初の質量重心から2番目の質量重心に向かいます。 径方向は、-mirror オプションが設定されている場合、0 から rmax までの範囲、または -rmax から +`rmax` までの範囲で、それぞれ定義されます。

出力の正規化は、オプション -unit で設定します。 デフォルトでは、真の密度が出力されます。 「nm-2」という単位を使用すると、平均化や角度方向の正規化は行われなくなります。 「count」オプションを使用すると、各グリッドセルごとのカウントが出力されます。 出力で密度が0から最大密度まで表示されないようにするには、オプション -dmax で最大値を設定できます。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr/.gro/...>] (トポロジーファイル) (オプション)

構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-od [<.dat>] (densmap.dat) (オプション)

汎用データファイル

-o [<.xpm>] (densmap.xpm)

X PixMap互換のマトリックスファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e <時間> (0)

最後に読み込むトレースファイルのタイム（デフォルト単位：ps）

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。

-[no]w (いいえ)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-bin <実数> (0.02)

グリッドサイズ（nm）

-aver <enum> (z)

平均化する方向: z, y, x

-xmin <実数> (-1)

Minimum coordinate for averaging

-xmax (-1)

平均化のための最大座標

-n1 <整数> (0)

最初の方向のグリッドセルの数

-n2 <int> (0)

2番目の方向のグリッドセルの数

-amax <実数> (0)

Maximum axial distance from the center

-rmax <実数> (0)

最大径方向距離

-[no]mirror (無)

軸方向の軸の下に鏡像を追加する

-[no]sums (無)

1次元の密度合計（マップ）を標準出力に出力する

-unit (nm-3)

出力単位: nm-3, nm-2, 個数

-dmin <実数> (0)

最小密度

-dmax <実数> (0)

出力時の最大密度 (0 は計算する)