GROMACS 2021.2 リリースノート¶

このバージョンは2021年5月5日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2021.1バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2020.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。

mdrunが誤った動作をする問題を修正¶

GPUのアップデートに関連する潜在的な競合状態を修正¶

修正：GPUを使用した双極子モーメント計算時に、座標のコピーで発生する可能性のある（しかし現時点では観察されていない）競合状態。

md-vv で観察されたグローバルな削減に関連する問題を回避¶

モジュール式シミュレータにおける md-vv の新しい実装は、マスターランク以外のランクで計算を行う際に、使用されなかった浮動小数点例外を引き起こす可能性がありました。この問題を修正するために、その計算を回避するように変更されました。他の統合器は影響を受けなかったため、それらは計算された値を上書きしていました。

アトームの変動した質量を持つ場合に、SETTLEとの相互作用を禁止¶

以前の実装では、この機能が実装されていないため、さまざまな程度の誤った結果が生じていました。現在、mdrun と grompp は、このようなシステムを処理することを拒否しており、通常の制約を使用することをお勧めします。

Rerun は、pull の出力を正しく書き込むようになりました¶

リファクタリングを省略し、pullf.xvg および pullx.xvg ファイルが再実行時に書き込まれるようにしました。2019年、2020年、2021年、および2021.1のすべてのバージョンに影響があります。pull出力ファイルは、2018年以前と同じように書き込まれるようになりました。

`gmx` ツールに関する修正¶

修正：pdb2gmx で単一残基の鎖に関する誤った動作¶

循環構造を検出するためのコードは、単一の残基鎖を誤って円形構造として認識する可能性があります。

修正：位置制約に関する絶対参照を使用したgromppのチェック¶

修正しました。gromppで位置制約を使用する場合、絶対参照を使用しているかどうかに関わらず、常に絶対参照の使用に関する警告が表示される問題を修正しました。

VMDプラグインを使用する際のエラーを修正¶

ツールがC++ライブラリの断言によってクラッシュする原因は、プラグインの読み込みコードが、nullptrから文字列を構築しようとしたことが原因でした。

``gmx solvate``および``gmx genion``でファイル権限の問題を修正¶

以前、これらのファイルはUnixのパーミッション0600で作成されていました。現在、これらのファイルは、プロセス（通常は0644）のumaskを尊重して作成されます。

移植性に影響を与える修正¶

Intel oneAPIコンパイラ 2021.2 のサポート¶

コンパイラの無限数学とMKLフラグを修正しました。

Apple OpenCL のビルドを修正¶

GCC 11 でのコンパイルの問題を修正¶

その他¶

GROMOS 力場における結合タイプの修正¶

[ACE]におけるCと+Nの結合タイプの設定が誤っていました。

CPUでのPME（物理モデル実行）を、ドメイン分割とGPU更新を含む実行で許可する¶

ドメイン分割とGPU更新による並列実行を可能にする制約を緩和し、PME（ただし、PP-PMEの結合されたランクを使用する場合）、CPUを使用できるようにしました。これにより、PMEに必要なCPUリソースが十分な場合に、並列実行をスケールできるようになります。