gmx spatial¶
概要¶
gmx spatial [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w] [-[no]pbc]
[-[no]div] [-ign <int>] [-bin <real>] [-nab <int>]
説明¶
gmx spatial は空間分布関数を計算し、VMD で読み取れる Gaussian98 キュー形式で出力します。32,000 個の原子と 50 ns の軌跡の場合、SDF は約 30 分で生成でき、ほとんどの時間が trjconv を 2 回実行することに費やされます。これにより、軌跡ファイルの 3 つのコピーが大量のスペースを消費します。ただし、適切な選択がなされると、画像は美しく、非常に情報量豊かになります。広く移動するグループ（溶液中の自由アミノ酸など）の 3～4 個の原子を選択すると、または安定した折り畳まれた構造のタンパク質骨格を選択して、溶媒の SDF を生成し、時間平均の溶媒周辺を観察することができます。このプログラムを使用すると、任意のカルテシアン座標に基づいて SDF を生成することも可能です。そのためには、まず：doc:gmx trjconv の事前処理ステップをスキップしてください。
Usage:
gmx make_ndx を使用して、SDF で指定したい原子を中心としたグループを作成します。
gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter tric -ur compact -pbc none
gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -fit rot+transステップ#3の「c.tng」出力に対して、``gmx spatial``を実行してください。
VMDに「grid.cube」を読み込み、等値面として表示します。
注: ミセルなどのシステムでは、ステップ1と2の間に「gmx trjconv -pbc cluster」を実行する必要があります。
警告¶
SDFは、いくつかのビンにゼロ以外の占有がある立方体に対して生成されます。ただし、`:doc:`gmx trjconv`への「-fit rot+trans」オプションを使用すると、システムが空間内で回転および移動します（選択されたグループが移動しないように）。したがって、返される値は、翻訳および回転されたシステム全体、および軌跡全体にわたって、システムボリュームと完全に重なる、中心グループ/座標の周囲の領域にのみ有効です。これはユーザーが確認する必要があります。
危険なオプション¶
スペースと時間を削減するために、gmx trjconv を使用して、最初に使用される座標のみを出力することができます。これにより、必要な計算量が減ります。ただし、-nab オプションを十分に高い値に設定する必要があります。これは、初期座標に基づいてキューのバインが割り当てられるためです。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-s[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e<時間> (0)最後に読み込むトレースファイルのタイムスタンプ（デフォルト単位：ps）
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w(no)-[no]pbc(無)周期境界条件を使用して距離を計算する
-[no]div(はい)原子/最小立方体のサイズに基づいて、ビン内の占有量を計算し、適用する除数を設定します。 視覚化にはTRUE、正確なフレームごとのカウントを得るにはFALSE（
-nodiv）を設定します。-ign<整数> (-1)この数の外側の立方体を表示しないでください（正の値は境界の斑点を軽減する可能性があります。-1 は外側の表面を表示するようにします）。
-bin<real> (0.05)ビンの幅（nm）
-nab<整数> (16)追加のバイン数を指定して、適切なメモリ割り当てを確保する
既知の問題¶
割り当てられたメモリが十分でない場合、エラーが発生する可能性があります。この場合、
-nab(追加のビンの数) オプションを使用するか、-nabの値を増やすことを検討してください。