gmx solvate

概要

gmx solvate [-cp [<.gro/.g96/...>]] [-cs [<.gro/.g96/...>]]
            [-p [<.top>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-box <vector>]
            [-radius <real>] [-scale <real>] [-shell <real>]
            [-maxsol <int>] [-[no]vel]

説明

gmx solvate は、次の 2 つの処理を実行できます:

1) Generate a box of solvent. Specify -cs and -box. Or specify -cs and -cp with a structure file with a box, but without atoms.

2) Solvate a solute configuration, e.g. a protein, in a bath of solvent molecules. Specify -cp (solute) and -cs (solvent). The box specified in the solute coordinate file (-cp) is used, unless -box is set. If you want the solute to be centered in the box, the program gmx editconf has sophisticated options to change the box dimensions and center the solute. Solvent molecules are removed from the box where the distance between any atom of the solute molecule(s) and any atom of the solvent molecule is less than the sum of the scaled van der Waals radii of both atoms. A database (vdwradii.dat) of van der Waals radii is read by the program, and the resulting radii scaled by -scale. If radii are not found in the database, those atoms are assigned the (pre-scaled) distance -radius. Note that the usefulness of those radii depends on the atom names, and thus varies widely with force field.

デフォルトの溶媒は、SPC（Simple Point Charge water）で、座標は $GMXLIB/spc216.gro から取得されます。これらの座標は、他の3サイトの水モデルにも使用できます。短い平衡化を行うことで、モデル間のわずかな違いが解消されます。他の溶媒や混合溶媒もサポートされています。溶媒の種類に関する唯一の制限は、溶媒分子が正確に1つの残基で構成されていることです。座標ファイル内の残基情報は使用され、したがって、それらはほぼ一貫している必要があります。実際には、溶媒座標ファイル内の2つの連続する溶媒分子は、異なる残基番号を持つ必要があります。溶媒の箱は、座標ファイルから読み取った座標を積み重ねることで構築されます。つまり、これらの座標は、適切な分子の重ね合わせインターフェースを確保するために、周期境界条件で平衡化する必要があります。-maxsol`オプションは、単に最初の-maxsol`個の溶媒分子のみを追加し、残りの分子を箱に収めることを回避します。これにより、後で問題を引き起こす空洞が生じる可能性があります。適切な容積を選択してください。

-shell の値を 0 より大きく設定すると、指定された厚さ (nm) の水の層を溶質の周りに作成します。ヒント：最初にタンパク質をボックスの中央に配置することをお勧めします (：ref:gmx editconf を使用)。

最後に、gmx solvate は、すでに溶媒分子が追加されている可能性のある、トポロジーファイルからの行をオプションで削除し、座標ファイルに溶媒分子の総数を記述する行を追加します。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-cp [<.gro/.g96/...>] (タンパク質ファイル.gro) (オプション)

ファイル構造: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-cs [<.gro/.g96/...>] (spc216.gro) (ライブラリ)

ファイル構造: gro g96 pdb brk ent esp tpr

入力/出力ファイルの指定オプション:

-p [<.top>] (topol.top) (オプション)

トポロジーファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)

構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp

Other options:

-box <ベクトル> (0 0 0)

箱のサイズ（nm単位）

-radius <実数> (0.105)

デフォルトのヴァン・デル・ワールズ距離

-scale <実数> (0.57)

データベースにあるヴァン・デル・ワールス半径を乗算するための係数。share/gromacs/top/vdwradii.dat に設定します。デフォルト値 0.57 は、タンパク質を水中で密度 1000 g/l に近づけるのに適しています。

-shell <real> (0)

溶質の周囲のオプションの水層の厚さ

-maxsol <整数> (0)

箱に収まる最大数の溶媒分子を追加します。 0（デフォルト）の場合、この設定は無視されます。

-[no]vel (無)

入力された溶媒の速度を保持する

既知の問題

  • 分子は初期設定で完全に存在する必要があります。