GROMACS 2023.3 リリースノート¶
このバージョンは2023年10月19日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2023.2バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2022.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
mdrunは、カットオフ効果による圧力の変動の見積もりを表示するようになりました。¶
nstlist-1ステップでの定数ペアリストの使用により、ペア間の相互作用が欠如するため、わずかなエネルギードリフトが発生しますが、特定のケースでは、カットオフに近い場所でのLennard-Jones相互作用の欠如により、nstlist-1ステップ全体で測定可能な圧力の上昇を引き起こす可能性があります。 現在、mdrunはこれらの欠如したLJ相互作用による圧力の平均誤差を出力します。
切断効果による圧力変動を現在制御できます。¶
一時的な解決策として、Lennard-Jones相互作用の欠如が圧力に与える影響を制限するには、環境変数 GMX_VERLET_BUFFER_PRESSURE_TOLERANCE を、必要な許容値（バー単位）に設定します。
AWHが3D以上の高次元ユーザーデータを読み取れるようにする¶
mdrun は、2 以上の次元を持つ awh 形式の入力データを読み込む際にエラーが発生したため、起動できませんでした。
アトミックグループの回転をエネルギー最小化中に制限することを可能にする¶
「エネルギー最適化」と「強制回転」を同時に使用する場合のクラッシュを回避してください。
GPU DD と CPU バインドされたインタラクションにおける、強制的なバッファクリアの欠落を修正¶
ドメイン分割を用いたシミュレーションにおいて、GPU間の直接通信によるハロー交換（GMX_ENABLE_DIRECT_GPU_COMM変数で有効化）を使用する場合、フォースハロー交換の前にフォースバッファをクリアしないと、CPUによる計算された結合相互作用が存在しない場合に、誤った力が計算される可能性があります。これは、GPUに存在するシミュレーションでGPUハロー交換を使用する場合、動的な負荷分散のサポートがないために、このようなエラーが大幅に減少します。
電気力相互作用が弱い、または存在しないシステムにおけるVerletバッファの推定を改善する¶
LJ相互作用が支配的なシステム（例えば、粗いスケールのシステム）の場合、Verletバッファの推定値が小さすぎる可能性があります。これは、ポテンシャルの最初の微分のみが考慮されているためです。今では、2番目と3番目の微分も考慮されます。これにより、わずかなパフォーマンスの低下が生じる可能性があります。
仮想サイトの速度を更新して、制約の不安定性を回避する¶
仮想サイトの速度は、書き込み速度に基づいて再計算されるようになりましたが、依然として統合されています。これにより、エラーが蓄積する可能性があります。現在、速度は定期的に更新されるように調整されており、これにより（過剰な）速度が大きくなるのを防ぎます。これにより、プログラムがセグメンテーション違反またはドメイン分割エラーでクラッシュする可能性があります。注意点として、仮想サイトの速度は出力のみに使用され、位置には影響を与えません。
AppleSilicon GPU での OpenCL バグに対する回避策を追加¶
2023.2で発生していたリソースリークが修正された後、OpenCLがM1 Mac（およびその他のApple Silicon GPU）で動作しなくなりました。
gmx ツールに関する修正¶
AWHデータから抽出されたXVGの凡例の修正¶
混乱を避けるため、AWHデータファイルXVG（AWHエネルギーファイルから「gmx awh」で抽出）の寸法凡例は、2番目の寸法から開始します（最初の列には凡例を配置できません）。寸法凡例も「awh-dim%d」に変更されました（%dは寸法番号）。
VSITE2FD の仮想サイトを正しくダンプする¶
システムで仮想サイト VSITE2FD (2つの原子が固定距離で配置) を使用していた場合、以前は gmx dump で処理することができませんでした。ただし、シミュレーションには影響はありませんでした。
DSSP ツールを修正¶
gmx dssp ツールで Pi-ヘリックスの処理を修正し、これにより、元の DSSP v4.1+ と同じ出力が得られるようになりました。
修正: editconf -d と -noc を同時に使用した場合の動作を修正¶
「gmx editconf -noc -d」を実行すると、ユニットセルのベクトルが正しく出力されるようになりました。このコマンドは、システムの最大寸法に基づいてボックスサイズを設定しますが、中心を考慮しません。
修正：gmx trajでの回転運動エネルギーの計算¶
「gmx traj -ekr ekr.xvg」を使用して回転運動エネルギーを計算する際に、現在正しい結果が得られるようになりました。
移植性に影響を与える修正¶
GROMACS は、libc++ 標準ライブラリとともに Clang 16 でコンパイルできます。¶
libstd++とは異なり、libc++はC++標準をより厳格に遵守するため、削除された標準ライブラリのクラスは提供していません。|Gromacs|をClang 16とlibc++でコンパイルするために、同梱されているclFFTソースで、レガシーシンボルを最新のC++17相当のものに置き換えました。この問題は、|Gromacs|のOpenCLビルドにのみ影響します。
GROMACS は、新しいレイアウトで oneAPI ライブラリを自動的に検出します。¶
oneAPI 2023.2 では、MKL および SYCL サポートライブラリが再編成されました。これにより、GROMACS は新しいおよび古いレイアウトの両方で、必要なライブラリを自動的に検出できるようになりました。
その他の項目¶
VMDプラグインのコンパイル問題を修正¶
これは、パスの処理に関する変更により、機能しなくなりました。
修正：4832
前処理段階で、サポートされていない異方性C-リサイズが拒否されました。¶
この圧力結合設定は、以前はシミュレーション実行時にエラーが発生する原因となっていました。
修正：4847
修正: constr_vsiten 内での速度ベクトルのコピー処理¶
`constr_vsiten`関数における速度ベクトルのコピーを修正しました。エネルギー最小化には速度ベクトルは不要であるため、この修正により、空のベクトルのコピーとそれに伴うSegFaultが発生するのを回避します。
修正：4814
AMD MI250X で ROCm 5.5 以降を使用する場合のパフォーマンス低下に関する問題を回避する¶
ROCm 5.5 および 5.6 では、一部の NBNXM カーネルにおいて、MI250X では ROCm 5.3 と比較して最大 23% のパフォーマンス低下が発生しました。ただし、2024 ブランチから 2 つのパッチを適用することで、この影響を大幅に軽減できます。ROCm 5.5 以降を使用する場合でも、約 2% のパフォーマンス低下が残る可能性があります。