GROMACS のユーザーに影響を与える既知の問題¶
以下は、|Gromacs|の通常のユーザーに影響を与える可能性のある、私たちが認識している問題の非網羅的なリストです。
「動作しない標準ライブラリが見つからない」というエラーが、ROCm Clang で発生することがあります。¶
一部のClangのインストールには、互換性のあるC++標準ライブラリが含まれていません。そのような場合は、g++``をインストールし、CMakeがそれを検出できるように、-DGMX_GPLUSGPLUS_PATH=/path/to/bin/g++``を設定する必要があります。
Ubuntu 22.04で、GCC 12の標準ライブラリ（sudo apt install libstdc++-12-dev）をインストールしても、通常は`-DGMX_GPLUSGPLUS_PATH`を設定しなくても問題なく動作します。
拡張されたアンサンブルは正しくチェックポイントを作成しません¶
レガシーシミュレータでは、実装上の欠陥により、チェックポイントステップで成功した拡張エンセミのMCステップがチェックポイントに記録されませんでした。 そのチェックポイントを使用した場合、その後で正しく、再現性のある結果が得られない可能性があります。 したがって、レガシーシミュレータでは、拡張エンセミのチェックポイント機能は無効になっています。
モジュール式シミュレーターにおける拡張されたアンサンブルのチェックポイント処理は正しく機能します。
この問題を回避するには、以下のいずれかの方法を試してください
GCC 12-14 を POWER9 アーキテクチャでコンパイル¶
一部のGCC 12-14バージョン（POWER9アーキテクチャ）でコンパイル後に複数のユニットテストが失敗します。この問題は、それぞれGCC 12.5、GCC 13.4、およびGCC 14.2で修正されています。GCC 11およびそれ以前のバージョン、およびGCC 15は影響を受けません。
NbnxmTestがoneAPI 2024.1でクラッシュ¶
oneAPI 2024.1 でビルドする場合、「NbnxmTest」テストが、特定の条件下でクラッシュすることがあります。oneAPI 2024.2 以降を使用することで、この問題を解決できます。
SVEとLLVM 20を使用した場合の重大なパフォーマンス低下¶
AArch64 CPU を使用して SVE SIMD を使用し、LLVM 20 でコンパイルする場合、重大なパフォーマンス低下が発生する可能性があります。
この問題を解決するには、LLVM 19を使用するか、``-DGMX_SIMD=ARM_NEON_ASIMD``を設定することで回避できます。
この問題は、LLVM 21 で修正される見込みです。
CMake で OpenMP_CUDA を検出する問題（Windows）¶
CMake 4.3 より前のバージョンでは、Visual Studio を使用して Windows で CUDA バージョンをビルドする際に、OpenMP_CUDA フラグを検出できません。これにより、ビルドが失敗します。
回避策: - -G Ninja ジェネレーターを使用する、または - 手動で -DOpenMP_CUDA_FLAGS=-Xcompiler=-openmp -DOpenMP_CUDA_LIB_NAMES="" フラグを設定する。