分子動力学シミュレーションスイート¶

概要¶

gmx [-[no]h] [-[no]quiet] [-[no]version] [-[no]copyright] [-nice <int>]
    [-[no]backup]

説明¶

GROMACS は、分子動力学シミュレーションを実行するための、機能豊富なプログラムスイートです。具体的には、ニュートン力学の法則を用いて、数百から数百万個の粒子を持つシステムの挙動をシミュレーションするために使用されます。主にタンパク質、脂質、ポリマーの研究に使用されますが、幅広い化学および生物学の研究問題に応用できます。

オプション¶

Other options:

-[no]h (no): ヘルプを表示して終了
-[no]quiet (無音): 不要な一般的な起動情報を出力しない
-[no]version (no): 詳細なバージョン情報を表示し、終了する
-[no]著作権 (なし): 起動時に著作権情報を表示する
-nice <int> (19): 設定する「niceレベル」（デフォルトはコマンドによって異なる）
-[no]backup (はい): 出力ファイルが存在する場合、バックアップを作成する

gmx コマンド¶

以下のコマンドをご利用いただけます。詳細については、個々のコマンドのマニュアルページを参照するか、gmx help <コマンド> を実行してください。

軌跡解析¶

gmx-gangle(1): 角度を計算する
gmx-convert-trj(1): 異なる軌跡形式間の変換
gmx-distance(1): 位置間の距離を計算する
gmx-dssp(1): DSSPアルゴリズムを使用してタンパク質の二次構造を計算する
gmx-extract-cluster(1): クラスタに対応するフレームを軌跡から抽出することを可能にします。
gmx-freevolume(1): 自由体積を計算する
gmx-hbond(1): 水素結合を計算し、分析する。
gmx-msd(1): 平均二乗距離を計算する
gmx-pairdist(1): 位置のグループ間のペアごとの距離を計算する
gmx-rdf(1): 円分布関数を計算する
gmx-sasa(1): 溶媒でアクセス可能な表面積を計算する
gmx-scattering(1): SANSまたはSAXSの目的で、小さな角度における散乱プロファイルを計算する
gmx-select(1): 選択に関する一般的な情報を印刷する
gmx-trajectory(1): 選択した座標、速度、および/または力を表示する
gmx-gyrate(1): 分子の回転半径を計算する

トポロジーと座標の生成¶

gmx-editconf(1): ボックスを編集し、サブグループを入力する
gmx-x2top(1): 座標から基本的なトポロジーを生成する
gmx-solvate(1): システムを解く
gmx-insert-molecules(1): 既存の空き分子に分子を挿入する
gmx-genconf(1): 'random'方向のランダムな配置で配置を掛け合わせる
gmx-genion(1): エネルギー的に有利な位置で単原子イオンを生成する
gmx-genrestr(1): インデックスグループに対して、位置制約または距離制約を生成する
gmx-pdb2gmx(1): 座標ファイルとFF互換の座標ファイルへの変換

シミュレーションの実行¶

gmx-grompp(1): 作成する入力ファイル
gmx-mdrun(1): シミュレーションを実行したり、通常のモード解析やエネルギー最小化を実行したりする。
gmx-convert-tpr(1): 修正された実行入力ファイルを作成する

軌跡の表示¶

gmx-nmtraj(1): 主成分から仮想的な振動軌跡を生成する

エネルギーの計算¶

gmx-enemat(1): エネルギーファイルからエネルギー行列を抽出する
gmx-energy(1): XVGファイルにエネルギーを書き込み、平均値を表示します。
gmx-mdrun(1): (再)計算：-rerun オプションを使用して、軌跡フレームのエネルギーを再計算します。

ファイル変換¶

gmx-editconf(1): 構造ファイルへの変換と操作
gmx-eneconv(1): エネルギーファイルを変換する
gmx-sigeps(1): c6/12またはc6/cnの組み合わせを、シグマ/エプシロンに変換する
gmx-trjcat(1): Concatenate trajectory files
gmx-trjconv(1): 軌跡ファイルの変換と操作
gmx-xpm2ps(1): XPM (XPixelMap) マトリックスを PostScript または XPM に変換する

ツール¶

gmx-analyze(1): データセットを分析する
gmx-awh(1): AWH（加速された重力ヒストグラム）の実行からデータを抽出する
gmx-filter(1): 頻度フィルターを使用して軌跡を処理し、滑らかな動画を作成するのに役立ちます。
gmx-lie(1): 線形結合から自由エネルギーを推定する
gmx-pme_error(1): 与えられた入力ファイルを使用してPMEを使用した場合のエラーを推定する
gmx-sham(1): ヒストグラムから自由エネルギーやその他のヒストグラムを計算する
gmx-spatial(1): 空間分布関数を計算する
gmx-traj(1): 軌跡から x、v、f、箱、温度、および回転エネルギーをプロットする
gmx-tune_pme(1): 時間 mdrun を PME のランクに基づいて実行し、設定を最適化する
gmx-wham(1): 傘状サンプリング後に重み付きヒストグラム分析を実行する
gmx-check(1): ファイルを確認し、比較する
gmx-dump(1): 二進数ファイルを目読み可能な形式に変換する
gmx-make_ndx(1): インデックスファイルを作成する
gmx-mk_angndx(1): 'gmx angle' 用のインデックスファイルを作成する
gmx-trjorder(1): 分子を、特定のグループからの距離に基づいて並べ替え
gmx-xpm2ps(1): XPM (XPixelMap) マトリックスを PostScript または XPM に変換する
gmx-report-methods(1): シミュレーションの設定に関する簡単な概要をテキストファイルおよび/または標準出力に出力します。

構造間の距離¶

gmx-cluster(1): クラスタ構造
gmx-confrms(1): 2つの構造を比較し、RMSDを計算します
gmx-rms(1): RMSDを基準構造とRMSD行列を使用して計算する
gmx-rmsf(1): 原子の変動を計算する

構造内の距離の時間変化¶

gmx-mindist(1): 2つのグループ間の最小距離を計算する
gmx-mdmat(1): アミノ酸残基間の接触マップを計算する
gmx-polystat(1): ポリマーの静的特性を計算する
gmx-rmsdist(1): 原子ペア間の距離を、-2、-3、または-6の指数で平均化して計算する

時間経過に伴う質量分布の特性¶

gmx-gyrate-legacy(1): ねじれモーメントの計算
gmx-polystat(1): ポリマーの静的特性を計算する
gmx-rdf(1): 円分布関数を計算する
gmx-rotacf(1): 分子の回転相関関数を計算する
gmx-rotmat(1): 回転行列を、参照構造に適合させるためにプロットする
gmx-sans-legacy(1): 微小な角度のニュートロン散乱スペクトルを計算する
gmx-saxs-legacy(1): 微小な角度のX線回折スペクトルを計算する
gmx-traj(1): 軌跡から x、v、f、箱、温度、および回転エネルギーをプロットする
gmx-vanhove(1): ホーフのずれと相関関数を計算する

結合相互作用の解析¶

gmx-angle(1): 角度とジヘドラに対する分布と相関係数を計算する
gmx-mk_angndx(1): 'gmx angle' 用のインデックスファイルを作成する

構造的特性¶

gmx-bundle(1): 軸のグループを分析する（例：らせん）
gmx-clustsize(1): 原子クラスタのサイズ分布を計算する
gmx-disre(1): 距離制約を分析する
gmx-hbond-legacy(1): 水素結合を計算し、分析する
gmx-order(1): 各炭素鎖における秩序パラメータを計算する
gmx-principal(1): 原子群の慣性主軸を計算する
gmx-rdf(1): 円分布関数を計算する
gmx-saltbr(1): 塩橋を計算する
gmx-sorient(1): 溶解溶媒の溶解物質に対する方向性を分析する
gmx-spol(1): 溶解溶媒の極性方向と、その極性周りの極性化を分析する

運動特性¶

gmx-bar(1): ベネットの受理比を用いて、自由エネルギー差の推定値を計算する
gmx-current(1): 誘電定数と電流自相関関数の計算
gmx-dos(1): 状態密度とそれに基づいて得られる特性を分析する
gmx-dyecoupl(1): 軌跡から染料のダイナミクスを抽出する
gmx-principal(1): 原子群の慣性主軸を計算する
gmx-tcaf(1): 液体の粘度を計算する
gmx-traj(1): 軌跡から x、v、f、箱、温度、および回転エネルギーをプロットする
gmx-vanhove(1): ホーフのずれと相関関数を計算する
gmx-velacc(1): 速度自己相関関数の計算

静電特性¶

gmx-current(1): 誘電定数と電流自相関関数の計算
gmx-dielectric(1): 周波数依存の誘電定数を計算する
gmx-dipoles(1): 全二極子と変動を計算する
gmx-potential(1): 箱内の静電ポテンシャルを計算する
gmx-spol(1): 溶解溶媒の極性方向と、その極性周りの極性化を分析する
gmx-genion(1): エネルギー的に有利な位置で単原子イオンを生成する

タンパク質特異的な解析¶

gmx-chi(1): チおよびその他の二面角に関する、知りたいすべての情報を計算します
gmx-helix(1): αヘリックスの基本的な特性を計算する
gmx-helixorient(1): ヘリックス内のローカルなピッチ/曲がり/回転/方向を計算する
gmx-rama(1): ラマチャンドランプロットを計算する
gmx-wheel(1): 描画：らせん状の車輪

インターフェース¶

gmx-bundle(1): 軸のグループを分析する（例：らせん）
gmx-density(1): システムの密度を計算する
gmx-densmap(1): 2次元平面または軸方向・径方向の密度マップを計算する
gmx-densorder(1): 表面の変動を計算する
gmx-h2order(1): 水分子の向きを計算する
gmx-hydorder(1): 指定された原子の周囲の四面体性を計算する
gmx-order(1): 各炭素鎖における秩序パラメータを計算する
gmx-potential(1): 箱内の静電ポテンシャルを計算する

共分散分析¶

gmx-anaeig(1): 固有ベクトルの分析
gmx-covar(1): 共分散行列を計算し、対角化する
gmx-make_edi(1): 必須のダイナミクスサンプリングのための入力ファイルを作成する

通常のモード¶

gmx-anaeig(1): 正常モードを分析する
gmx-nmeig(1): ヘッセ行列を対角化して、固有モードを分析する
gmx-nmtraj(1): 主成分から仮想的な振動軌跡を生成する
gmx-nmens(1): 正常モードから構造のアンサンブルを生成する
gmx-grompp(1): 作成する入力ファイル
gmx-mdrun(1): 潜在的なエネルギーの最小値を特定し、ヘッセ行列を計算する