gmx disre¶
概要¶
gmx disre [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-c [<.ndx>]] [-ds [<.xvg>]] [-da [<.xvg>]] [-dn [<.xvg>]]
[-dm [<.xvg>]] [-dr [<.xvg>]] [-l [<.log>]] [-q [<.pdb>]]
[-x [<.xpm>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w]
[-xvg <enum>] [-ntop <int>] [-maxdr <real>]
[-nlevels <int>] [-[no]third]
説明¶
gmx disre は距離制約の違反を計算します。このプログラムは常に瞬間的な違反を計算しますが、時間平均を使用しません。これは、この分析は後で軌跡ファイルから行われるため、時間平均を使用することは意味がありません。ただし、各制約に対する時間平均値は、ログファイルに記載されています。
インデックスファイルを使用して、特定の制約をインデックスグループラベルで選択して印刷することができます。
オプションの -q フラグを使用し、平均違反の量で色分けされた .pdb ファイルを指定した場合。
``-c``オプションを指定すると、分析したいクラスタ（別の方法で定義）に対応する、トラジェクト内のフレームを含むインデックスファイルが読み込まれます。プログラムは、これらのクラスタに対して、3乗平均法を使用して平均違反を計算し、その結果をログファイルに出力します。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-s[<.tpr>] (topol.tpr)ポータブル XDR 実行入力ファイル
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-n[<.ndx>] (viol.ndx) (オプション)インデックスファイル
-c[<.ndx>] (clust.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-ds[<.xvg>] (drsum.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-da[<.xvg>] (draver.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-dn[<.xvg>] (drnum.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-dm[<.xvg>] (drmax.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-dr[<.xvg>] (restr.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-l[<.log>] (disres.log)ログファイル
-q[<.pdb>] (viol.pdb) (オプション)Protein data bank file
-x[<.xpm>] (matrix.xpm) (オプション)X PixMap互換のマトリックスファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e<時間> (0)最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt が最初の時間（デフォルト単位：ps）と一致する場合のみ使用してください。
-[no]w(no)-xvg(xmgrace)xvg のプロット形式: xmgrace, xmgr, なし
-ntop<整数> (0)ログファイルに記録される、重大な違反の件数（ステップごとに）
-maxdr<実数> (0)行列出力における最大距離違反。値が0以下の場合、最大値はデータによって決定されます。
-nlevels<int> (20)マトリックス出力におけるレベル数
-[no]third(はい)行列の出力には、逆3乗平均法または線形法を使用する