新機能と改善点¶
密度に基づいたシミュレーション¶
ユーザーは、3次元の参照密度から追加の力を適用できるようになりました。これらの力を使用して、「シミュレーションされた密度」を「参照密度」に近づけることで、原子を密度に「適合」させることができます。
シミュレーションされた密度を計算する方法、および参照密度とシミュレーションされた密度の間の類似性を評価する方法について、複数のプロトコルが利用可能です。
仮想的なサイトが、2つの原子間の固定距離を通る線上に存在¶
これは、CHARMM 力場におけるハロゲンなどの場合に役立ちます。
gmxapi Python のサポート¶
Python を使用したデータフロー駆動型シミュレーションと分析は、ユーザーが gmxapi Python パッケージをインストールした場合、デフォルトの GROMACS インストールで利用できるようになりました。詳細は： gmxapi Python パッケージ を参照してください。
新しいモジュール式シミュレータ¶
個々の計算ステップを単一のシミュレーションステップ内で組み合わせるための新しいアプローチが導入され、拡張性とモジュール化に重点が置かれています。このシミュレーターは、速度ベアレット法を使用したNVE、NVT（v-rescale熱力学のみ）、NPT（v-rescale熱力学とParrinello-Rahmanバルロストのみ）、またはNPH（Parrinello-Rahmanバルロストのみ）を使用したシミュレーションのデフォルトとなっています。自由エネルギー摂動を使用する場合としない場合の両方に対応しています。