gmx x2top¶
概要¶
gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]]
[-ff <string>] [-[no]v] [-nexcl <int>] [-[no]H14]
[-[no]alldih] [-[no]remdih] [-[no]pairs] [-name <string>]
[-[no]pbc] [-[no]pdbq] [-[no]param] [-[no]round]
[-kb <real>] [-kt <real>] [-kp <real>]
説明¶
gmx x2top は、座標ファイルから基本的な構造を生成します。プログラムは、原子名と結合数の定義から、すべての水素原子が存在することを前提としています。プログラムはまた、:ref:.rtp <rtp>` エントリを作成することもでき、これを .rtp データベースに追加できます。
「-param」が設定されている場合、すべての相互作用について、平衡距離、角度、および力定数がトポロジーに表示されます。平衡距離と角度は、入力座標から取得され、力定数はコマンドラインオプションで設定されます。現在サポートされている力場は以下のとおりです。
G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield (公式配布版)
oplsaa OPLS-AA/L 全原子力場 (2001アミノ酸のダイhedral)
対応するデータファイルは、ライブラリディレクトリにある atomname2type.n2t という名前で検索できます。ファイル形式に関する詳細については、マニュアルの第5章を参照してください。デフォルトでは、力場選択はインタラクティブですが、コマンドラインで上記の短い名前のいずれかを使用するには、-ff オプションを使用できます。その場合、gmx x2top は対応するファイルを検索します。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
出力ファイルの指定オプション:
-o[<.top>] (out.top) (オプション)ファイル
-r[<.rtp>] (out.rtp) (オプション)`pdb2gmx`で使用されるResidue Typeファイル
Other options:
-ff<文字列> (oplsaa)シミュレーション用の力場を選択します。インタラクティブな選択には「select」と入力してください。
-[no]v(無)トップファイルに詳細な出力を生成する。
-nexcl<int> (3)除外する数の数
-[no]H14(はい)第三近傍の相互作用を利用する
-[no]alldih(無)すべての適切な二面角を生成する
-[no]remdih(無)同じ結合上の不適切な角度を削除する
-[no]pairs(はい)1〜4個の相互作用（ペア）をトポロジーファイルに出力する
-name<文字列> (ICE)あなたの分子の名前
-[no]pbc(デフォルト: yes)周期境界条件を使用する。
-[no]pdbq(無)PDBファイルに記載されているB因子を使用して、原子電荷を指定します。
-[no]param(はい)出力時のパラメータを表示
-[no]round(はい)測定値を四捨五入する
-kb<実数> (400000)結合力定数 (kJ/mol/nm^2)
-kt<実数値> (400)角度の力定数 (kJ/mol/rad^2)
-kp<実数> (5)定格角の力定数 (kJ/mol/rad^2)
既知の問題¶
原子タイプの選択は基本的なものです。化学に関する知識はほとんど使用されません。
周期境界条件は結合を崩す
不適切な角度が生成されない
アトムからアトムタイプへの変換テーブルは不完全です（データディレクトリ内の
atomname2type.n2tファイル）。拡張し、結果をGROMACSチームに返送してください。