GROMACS 2025.4 リリースノート¶
このバージョンは2025年11月21日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2025.3バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2024.6バージョンおよびそれ以前に適用されたすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
修正：mdrunが誤った動作をする場合に備えた修正¶
パリンネロ-ラフマンのバルロスタは、過度に大きな体積変動を引き起こす可能性があります。¶
GROMACS 2023 のリリースで、デフォルトの nstpcouple の値を増やすと、シミュレーションボックスの体積が過度に変動する可能性があります。これにより、特に異方圧カップリングを使用する場合、不安定性が生じる可能性があります。平均体積は影響を受けません。この問題は、パリンネロ-ラマンのバーオステートに対して、各周期 (tau_p) ごとに少なくとも 200 回の積分ステップが必要であるという要件によって解決されます。
C-スケールバロスタは、過度に大きな体積変動を引き起こす可能性があります。¶
GROMACS 2023 のリリースで、デフォルトの nstpcouple の値を増やすと、シミュレーションボックスの体積が過度に変動する可能性があります。平均体積は影響を受けません。ただし、tau_p が推奨される値（5 ps）よりも小さい場合、および 2 fs 以上のステップサイズで実行される場合にのみ問題が発生します。この問題を解決するには、C-rescale バロスタットに対して、各周期（tau_p）あたり少なくとも 25 回の積分ステップが必要となります。
PME の設定変更が、アサーションエラーで終了する可能性があります¶
OpenMPスレッドを使用し、PMEグリッドサイズの不適切な組み合わせの場合、mdrunはPMEチューニング中に、gridSizeに関するアサーションエラーで終了する可能性があります。
mdrunは、中断された場合に、不正確な運動エネルギーの値を示す¶
mdrun`が中断され、:mdp:`nstcalcenergy`の倍数でないステップで停止しなかった場合、leap-frogインテグレーターを使用すると、最後のステップで報告された運動エネルギー、温度、圧力、およびエネルギードリフトの値が不正確になります。ただし、出力ファイルの連結でシミュレーションを継続すると、このような誤ったフレームは削除されます。
直接的なハロー通信は、mdrunがMPIエラーで終了する原因となる可能性があります。¶
mdrun 内の直接ハロー通信は、環境変数を設定することで有効にする必要があり、これにより mdrun が MPI エラーで停止する可能性があります。しかし、これは非常にまれで、結果に誤りをもたらす可能性は低いと考えられます。
拡張されたアンサンブルのレプリカ交換出力には、連結された数値が含まれる可能性があります。¶
100個以上のレプリカを使用する場合、値とインデックスの間にはスペースがなくなります。また、他の大きな値を使用すると、スペースが出力されないことがあります。
gmx ツールに関する修正¶
DSSP ツールを修正¶
gmx dssp ツールにおける凡例の書式設定を修正しました。 .xvg形式のデータをグラフとしてプロットするためのデータが、XMGraceと互換性を持つようになりました。
移植性に影響を与える修正¶
WindowsでのCUDAビルドの修正¶
GromacsをWindowsでCUDAを使用してビルドする際に、CMake段階で「Could NOT find OpenMP_CUDA」というエラーが発生することがありました。この問題を解決するための対処法を追加しました。
LLVMベースのコンパイラで -Wpointer-arith フラグを有効にする¶
「Gromacs」をLLVMベースのコンパイラでビルドすると、``-Wpointer-arith``フラグがテストされますが、その結果は使用されません。この問題は修正されました。
ARM SVE SIMD を使用した場合の SurfaceAreaTest の失敗を修正¶
一部のGCCバージョンでは、SVE（System Virtualization Extensions）に対応したARMマシンをターゲットとする際に、テストコードを誤ってコンパイルし、「SurfaceAreaTest.Computes100PointsWithTriclinicPBC」で誤った失敗が発生することがあります。これは、256ビットおよび512ビットのSVEベクトルを持つシステムでGCC 13および14で確認されています。この問題を回避するために、影響を受けるテスト関数に対してコンパイラの最適化を無効にします。これにより、テストコードのみに影響が及び、シミュレーションのパフォーマンスには影響しません。
コルバールズライブラリの修正¶
このリリースでは、Colvarsライブラリ内のいくつかのバグを修正し、特定の変数の適用される力の正確性に影響を与える問題を修正しています。
以下のリストは、`Colvars`リポジトリ <https://github.com/Colvars/colvars> 内のバグ修正プルリクエストです。
複数の勾配に対するテストと修正（Colvars PR 838）
Colvars PRの修正 (Colvars PR)修正：主成分 CVC の勾配 (Colvars PR 828)
修正：非スカラーコンポーネントに対して、中心のみを指定した場合の「グラディエントの調整」に関する潜在的な問題を解決する（Colvars PR 824 <https://github.com/Colvars/colvars/pull/824>）
修正：オフグリッドの丘におけるバイアス係数の計
修正：標準出力における 'Init CVC' メッセージのインデン
その他¶
CUDAビルドで浮動小数点例外を無効化する¶
CUDA 13 / NVIDIA ドライバー 580 の場合、PTX JIT コンパイラで浮動小数点例外が発生する可能性があります。これはそれ自体では問題ありませんが、浮動小数点例外が有効になっている場合、プログラムが終了する可能性があります。そのため、CUDA ビルドではこれらを無効にしています。