非推奨機能¶

GROMACS 2023 の機能に関する予想される変更¶

2023年の|Gromacs|で非推奨となった機能¶

機能が|Gromacs| 2022で非推奨¶

GMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE CMake 変数が、GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE に置き換えられました。¶

OpenCL と SYCL は異なるクラスタサイズをサポートしているため、今後はこちらで GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE を使用してください。

「gmx chi」分析ツールは廃止されます。¶

このツールは数年前から機能していません。関心がある場合は、関連するIssueにコメントしてください。

Issue 4108

アトム名の推定質量と原子半径の算出は廃止されました¶

アトーム質量やヴァン・デル・ワールス半径が必要な場合は、ツールがサポートしている場合でも、GROMACS 形式の適切なトポロジーを作成することをお勧めします。

Issue 3368 Issue 4288

機能が|Gromacs| 2021で非推奨¶

`mdrun -deffnm` は廃止されます¶

この機能は、非常に単純なシミュレーションを実行する場合に便利です。なぜなら、ファイルセットをグループ化し、それらが単に拡張子が異なるだけだからです。しかし、これは mdrun モジュール（または複数のモジュール）が複数の .xvg 出力ファイルを生成する場合には機能しません。その結果、ファイル名が競合します。また、チェックポイント機能や追加機能との相互作用により、多くのバグ報告が発生しています。

ユーザーはフォルダを使用してファイルをグループ化できる（これは|Gromacs|以外の経験からユーザーが理解している標準的なメカニズムであるため）、mdrun -deffnm の以前の利便性を削除することで、より優れたソフトウェアを開発・テストすることができます。そのため、ワークフローを適切に更新してください。

Issue 3818

OpenCL は GPU 向けのフレームワークとして廃止されます。¶

Issue 3818 AMDおよびIntel GPU向けのポートの開発が進められており、これらのポートは現在の|Gromacs| OpenCLポートをベースにしない可能性があります。Nvidia GPUはCUDAポートによってサポートされており、この部分には変更は予定されていません。現在のリソースでは、コアチームが4つのポートを維持、テスト、拡張することはできません。HPCでOpenCLサポートを必要とする新たなGPUベンダーが現れないため、AMDおよびIntelのサポートが他の方法で確立された時点で、OpenCLポートは削除されます。

ハードウェア局所化ライブラリ `hwloc` のバージョン 1 のサポート¶

Issue 3818 バージョン 2 は、GROMACS で数年間サポートされています。今後の GROMACS の開発において、最新のハードウェアおよびハードウェアサポート API の機能が最も重要であるため、テスト作業を最小限に抑え、クラスタが古い hwloc のインストールをアップグレードするように促すべきです。

古いAPI¶

Issue 3818 以前から、Gromacsの src ディレクトリツリー内のすべてのヘッダーは、GROMACS の内部での使用のみを目的としており、予告なしに変更される可能性があるため、非推奨となっています。さらに、libgromacs ライブラリおよび関連する CMake ターゲットの形式および内容は、長期的に安定してサポートできる API およびサポート機構を構築するために変更される可能性があります。

機能が GROMACS 2019 で非推奨¶

標準的な残基中の芳香環を仮想的なサイトで置き換える機能の生成¶

Issue 3254 これらの関数は、特定の状況下でアーティファクトを生成する可能性がある（未発表の結果）、十分にテストされておらず、広く使用されておらず、pdb2gmxを簡素化する必要があるためです。

ベンチマークオプションは、``gmx benchmark``のみで利用可能です。¶

Issue 3255 オプション（-confout、-resethway、-resetstep`など）は、通常の `mdrun ユーザーが使用することを意図していないため、専用のツールでのみ利用できるようにすることで、より明確になります。また、これにより、特定の mdrun およびベンチマークの使用ケースに合わせて、シミュレーションパートのファイルの書き込みなどのデフォルト設定をカスタマイズできるようになり、-confout は不要になります。

`gmx mdrun -nsteps`¶

Issue 3256 .tprファイルで記述されたシミュレーションステップ数は、``gmx convert-tpr``コマンドを使用して変更できます。また、``gmx grompp``の呼び出し前に、.mdpファイルで変更することも可能です。しかし、このmdrunオプションの利便性は、その実装の信頼性の低さ、ログファイルへの明確な記録の欠如、およびメンテナンス不足によって相殺されています。