gmx traj

概要

gmx traj [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
         [-ox [<.xvg>]] [-oxt [<.xtc/.trr/...>]] [-ov [<.xvg>]]
         [-of [<.xvg>]] [-ob [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-ekt [<.xvg>]]
         [-ekr [<.xvg>]] [-vd [<.xvg>]] [-cv [<.pdb>]] [-cf [<.pdb>]]
         [-av [<.xvg>]] [-af [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
         [-dt <time>] [-tu <enum>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-[no]com]
         [-[no]pbc] [-[no]mol] [-[no]nojump] [-[no]x] [-[no]y]
         [-[no]z] [-ng <int>] [-[no]len] [-[no]fp] [-bin <real>]
         [-ctime <real>] [-scale <real>]

説明

gmx traj は、座標、速度、力、および/または箱のプロットを行います。 -com を指定すると、各グループの中心の質量に関する座標、速度、および力が計算されます。 -mol を設定すると、インデックスファイル内の数値は分子番号として解釈され、-com と同様の手順が各分子に対して実行されます。

オプション -ot は、速度情報が軌跡ファイルに含まれている場合に、各グループの温度をプロットします。制約された自由度の修正は行われません。これは -com オプションと同じ意味です。

オプション -ekt と -ekr は、グループごとの運動エネルギー（転動エネルギーと回転エネルギー）をプロットします。ただし、これを行うには、軌跡ファイルに速度の情報が含まれている必要があります。これにより、-com オプションも必要になります。

オプション -cv と -cf は、平均速度と平均力を温度因子として、平均座標または -ctime で指定された座標を持つ .pdb ファイルに書き込みます。温度因子は、最大値を 10 にするようにスケーリングされます。スケーリングは、-scale オプションを使用して変更できます。特定のフレームの速度または力を取得するには、-b と -e の両方を目的のフレームの時間に設定します。複数のフレームを平均する場合、正しい平均座標を取得するために -nojump オプションを使用する必要がある場合があります。これらのオプションのいずれかを選択した場合、各原子の平均力と速度も .xvg ファイル（-av または -af で指定）に書き込まれます。

オプション -vd は、速度分布を計算します。つまり、ベクトルのノルム（長さ）がプロットされます。さらに、同じグラフには運動エネルギー分布も表示されます。

類似のデータを選択してプロットするには、gmx trajectory を参照してください。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)

構造+質量(データベース): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (インデックスファイル) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-ox [<.xvg>] (coord.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-oxt [<.xtc/.trr/...>] (coord.xtc) (オプション)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-ov [<.xvg>] (veloc.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-of [<.xvg>] (force.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-ob [<.xvg>] (box.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-ot [<.xvg>] (temp.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-ekt [<.xvg>] (ektrans.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-ekr [<.xvg>] (ekrot.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-vd [<.xvg>] (veldist.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-cv [<.pdb>] (veloc.pdb) (オプション)

タンパク質データベースファイル

-cf [<.pdb>] (force.pdb) (オプション)

タンパク質データベースファイル

-av [<.xvg>] (all_veloc.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-af [<.xvg>] (all_force.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

Other options:

-b <時間> (0)

最初に読み込むトレースファイルからのフレームの時間（デフォルト単位：ps）

-e <時間> (0)

読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームのみを使用する場合は、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）の場合のみを使用します。

-tu <enum> (ps)

時間値の単位: fs, ps, ns, us, ms, s

-[no]w (なし)

表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg (xmgrace)

xvg グラフのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし

-[no]com (いいえ)

各グループの重心のデータをプロットする

-[no]pbc (はい)

COM 用に分子を統合する

-[no]mol (無)

インデックスには原子番号ではなく、分子番号が含まれています

-[no]nojump (無)

箱をまたいで原子が飛び跳ねるのを削除する

-[no]x (はい)

X成分のプロット

-[no]y (はい)

Y成分のプロット

-[no]z (はい)

プロット Z 成分

-ng <整数> (1)

考慮するグループ数

-[no]len (no)

ベクトル長をプロットする

-[no]fp (無)

高精度出力

-bin <実数> (1)

ビンの幅（速度ヒストグラム用、nm/ps）

-ctime <実数> (-1)

現在、「-cv」および「-cf」オプションでは、平均値ではなく「frame」を使用してください。

-scale <実数> (0)

.pdb 出力のためのスケーリング係数。0 は自動スケーリング