gmx pairdist¶

概要¶

gmx pairdist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
             [-o [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>]
             [-tu <enum>] [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>]
             [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>]
             [-seltype <enum>] [-cutoff <real>] [-type <enum>]
             [-refgrouping <enum>] [-selgrouping <enum>]
             [-ref <selection>] [-sel <selection>]

説明¶

gmx pairdist は、指定された参照選択（-ref で指定）と、1つ以上の他の選択（-sel で指定）との間のペアごとの距離を計算します。最小距離（デフォルト）または最大距離（-type max で指定）を計算できます。 -sel で指定された各選択に対する距離は、独立して計算されます。

デフォルトでは、グローバルな最小/最大距離が計算されます。たとえば、-ref で指定された各残基に対する最小距離を計算するには、-refgrouping および/または -selgrouping を使用して、各選択内の位置をどのようにグループ化するかを指定します。

計算された距離は、-o で指定されたファイルに書き込まれます。-ref に N 個のグループ、および最初の選択肢 -sel に M 個のグループがある場合、出力には最初の選択肢に対して N*M 列が含まれます。これらの列には、次のような距離が含まれます: r1-s1, r2-s1, ..., r1-s2, r2-s2, ..., ここで rn は -ref 内の n 番目のグループ、sn は別の選択肢内の n 番目のグループを表します。2 番目の選択肢の距離は、最初の選択肢の後に別の列として出力され、同様に続きます。もし選択肢が動的に変化する場合は、計算に使用されるのは選択された位置のみですが、常に同じ数の列が出力されます。もし、あるグループペアに寄与する位置がない場合は、カットオフ値が出力されます（詳細は後述）。

-cutoff は、計算された距離に対してカットオフ値を設定します。結果にカットオフを超える距離が含まれる場合、カットオフの値が代わりに出力ファイルに書き込まれます。デフォルトでは、カットオフは使用されませんが、カットオフを超える値に関心がない場合、または最小距離がカットオフよりも小さいことを知っている場合は、このオプションを設定して、ツールがグリッドベースの検索を使用できるようにし、大幅に高速化することができます。

もし、固定されたペア間の距離を計算したい場合は、gmx distance がより適切なツールです。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 入力軌跡または単一構成: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション): 入力構造: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): 追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (dist.xvg): 時間に対する距離

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレーム (ps) を読み込む
-e <時間> (0): 読み込むトレースの最後のフレーム (ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が最初の時間 (ps) と等しい場合にのみ使用してください。
-tu <enum> (ps): 単位: fs (ピコ秒), ps (ピコ秒), ns (ナノ秒), us (マイクロ秒), ms (ミリ秒), s (秒)
-fgroup <選択>: 軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg <enum> (xmgrace): プロットのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc (有効): 各フレームで分子を完全な状態にする
-[no]pbc (デフォルト: yes): 周期境界条件を使用して距離を計算する
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (属性): 選択基準となる位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-seltype <enum> (アトム): デフォルトの選択出力位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-cutoff <実数値> (0): 考慮する最大距離
-type <enum> (最小値): 計算する距離の種類: min, max
-refgrouping <enum> (すべて): -ref の位置をグループ化して、以下のいずれかの範囲で最小/最大を計算する: all, res, mol, none
-selgrouping (すべて): -sel の位置をグループ化して、以下のいずれかの範囲で最小/最大を計算します: all, res, mol, none
-ref <選択>: 距離を計算するための参照位置
-sel <選択>: 距離を計算する位置