gmx dyecoupl¶

概要¶

gmx dyecoupl [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-ot [<.xvg>]]
             [-oe [<.xvg>]] [-o [<.dat>]] [-rhist [<.xvg>]]
             [-khist [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-tu <enum>]
             [-[no]w] [-xvg <enum>] [-[no]pbcdist] [-[no]norm]
             [-bins <int>] [-R0 <real>]

説明¶

gmx dyecoupl は、軌跡ファイルから染料のダイナミクスを抽出します。現在、フォスター方程式における仮の双極結合を前提として、染料間の (F)RET シミュレーションにおいて、R と kappa^2 が抽出されます。さらに、指定されたフォスター半径 R_0 (オプション -R0 で指定) に対して、R(t) と kappa^2(t)、R と kappa^2 のヒストグラムと平均、および瞬間の FRET 効率 E(t) の計算も可能です。入力される染料は、全体として定義されている必要があります（trjconv の res および mol pbc オプションを参照）。染料の遷移双極モーメントは、少なくとも 1 つの原子ペアで定義する必要がありますが、インデックスファイルには複数の原子ペアを指定することも可能です。距離 R は、指定された原子ペアの COMs（中心原子座標）に基づいて計算されます。-pbcdist オプションは、ボックス内の距離ではなく、最も近い周期的なイメージまでの距離を計算します。ただし、このオプションは、3 方向にすべて周期的な境界を持つ場合にのみ機能します。-norm オプション（面積-) は、ヒストグラムを正規化します。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (index.ndx): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-ot [<.xvg>] (rkappa.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr
-oe [<.xvg>] (insteff.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr
-o [<.dat>] (rkappa.dat) (オプション): 汎用データファイル
-rhist [<.xvg>] (rhist.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr
-khist [<.xvg>] (khist.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e <時間> (0): 最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-tu <enum> (ps): 単位：fs（フェムト秒）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg (xmgrace): 形式: xmgrace, xmgr, なし
-[no]pbcdist (無): PBCに基づく距離R
-[no]norm (無): ヒストグラムを正規化する
-bins <int> (50): ヒストグラムのビンの数
-R0 <実数> (-1): 半径（κ^2=2/3を含む）[nm] フォスター