非推奨機能¶

コアチーム GROMACS は、ユーザーや派生開発者に、予定されている変更について事前に知らせ、混乱を最小限に抑えることを目的としています。もし、不適切な変更が計画されていると感じた場合は、ぜひご連絡ください！

廃止された機能は、|Gromacs|で1年以上残っていることがありますが、これは信頼してはなりません。

GROMACS 2020 の機能に関する予想される変更¶

`gmx mdrun -membed`¶

タンパク質を膜に埋め込む機能は維持されますが、おそらく別の形式で提供されます（例：gmx membed）。

`gmx mdrun -rerun`¶

この機能（軌跡からポテンシャルエネルギーの値を計算する機能）は維持されますが、おそらく別の形式で提供されます。例えば、「gmx rerun」や「gmx test-particle-insertion」など。

`integrator.mdp` のオプションは、動的な積分器のみを含む¶

エネルギー最小化は、例えば gmx minimize を使用して、どの最小化アルゴリズムを使用するかを指定する .mdp ファイルを解釈することで、別の方法でアクセスできるようになります。通常モード解析は、例えば gmx normal-modes を使用してアクセスできます。これらのツールに対するコマンドラインヘルプは、サポートされている機能がいつ利用できるかをより明確に説明できるようになります。

`trjconv`、`editconf`、``eneconv``および``trjcat``の多くの機能が廃止されました。¶

このようなツールにおける機能は、よりモジュール化された形で利用できるように分離されています。これらの機能は、よりシンプルなツールとして、そして最終的には開発中の GROMACS APIを通じて提供される予定です。

`gmx do_dssp` の代替¶

このツールは、一部のユーザーが個別のDSSPバイナリを入手およびインストールすることが困難であるため、廃止予定です。将来的に、xsspをベースとしたネイティブな実装に置き換える予定であり、新しいgmxツールの名前で提供される予定です。

機能が GROMACS 2020 で非推奨¶

32ビットアーキテクチャへの対応¶

Issue 3252 現在も将来も、32ビットアーキテクチャを使用する大規模なリソースは存在せず、それらを適切にテストおよび評価する能力もありません。

48 のフリーエネルギーソフトコア電力¶

Issue 3253 48番のフリーエネルギーハードコアパワーはほとんど使用されず、したがって廃止されています。

Armv7 のサポート¶

Issue 2990 現在のアーキテクチャに関連するコードにはいくつかの問題があり、それらに関するサポートや修正を行うためのリソースが不足しています。このアーキテクチャが大規模なHPCに大きな影響を与えないため、廃止されます。

機能が GROMACS 2019 で非推奨¶

標準的なアミノ酸残基の芳香環を仮想的なサイトで置き換える機能の生成¶

Issue 3254 これらの関数は、特定の条件下でアーティファクトを引き起こす可能性がある（未発表の結果）、十分にテストされておらず、広く使用されておらず、pdb2gmxを簡素化する必要があるためです。

ベンチマークオプションは、``gmx benchmark``のみで利用可能です。¶

Issue 3255 オプション（-confout、-resethway、-resetstep`など）は、通常の`mdrun`ユーザーが使用することを意図していないため、専用のツールでのみ利用できるようにすることで、より明確になります。また、これにより、特定の`mdrun`およびベンチマークの使用ケースに合わせて、シミュレーションパートのファイルの書き込みなどのデフォルト設定をカスタマイズできるようになり、-confout`は不要になります。

`gmx mdrun -nsteps`¶

Issue 3256 .tprファイルで記述されているシミュレーションステップ数は、gmx convert-tpr``コマンドを使用して変更できます。また、``gmx grompp``の呼び出し前に.mdp``ファイルで変更することも可能です。しかし、このmdrunオプションの利便性は、その実装の信頼性、ログファイルへの明確な記録の欠如、およびメンテナンス不足によって相殺されています。