gmx trjconv¶

概要¶

gmx trjconv [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
            [-fr [<.ndx>]] [-sub [<.ndx>]] [-drop [<.xvg>]]
            [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-b <time>] [-e <time>]
            [-tu <enum>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-skip <int>]
            [-dt <time>] [-[no]round] [-dump <time>] [-t0 <time>]
            [-timestep <time>] [-pbc <enum>] [-ur <enum>]
            [-[no]center] [-boxcenter <enum>] [-box <vector>]
            [-trans <vector>] [-shift <vector>] [-fit <enum>]
            [-ndec <int>] [-[no]vel] [-[no]force] [-trunc <time>]
            [-exec <string>] [-split <time>] [-[no]sep]
            [-nzero <int>] [-dropunder <real>] [-dropover <real>]
            [-[no]conect]

説明¶

gmx trjconv は、さまざまな方法で軌跡ファイルに変換できます。

異なる形式から別の形式へ
選択する原子のサブセット
周期表現を変更する
マルチマー分子をまとめて保持する
箱の中の原子を中央に配置する
原子を参照構造に適合させる
フレーム数を減らす
フレームのタイムスタンプ（-t0`と-timestep`）を変更する
指定された範囲内の、ある量のフレームを選択します。この範囲は、:ref:.xvg`ファイルに記述された値に基づいて決定されます。

「-sub」オプションを使用して、クラスタリング分析から得られた情報に基づいてサブ軌道を書き出す機能が、``gmx trjconv」から削除され、現在は [gmx extract-cluster] の一部となっています。

gmx trjcat は、複数の軌道ファイルのマージに適しています。

以下の形式が入力と出力でサポートされています： .xtc, .trr, .gro, .g96, .pdb および .tng. ファイル形式はファイル拡張子から検出されます。 .xtc、.gro および .pdb の出力の精度は、入力ファイルから取得されます。その他の入力形式については、精度は -ndec オプションから取得されます。 -ndec オプションが設定されている場合、精度は常に -ndec から取得されます。その他の形式は固定精度を使用します。 .trr の出力は、gmx trjconv 実行ファイルの精度に応じて、単精度または倍精度を使用できます。速度情報は、.trr, .tng, .gro および .g96 ファイルでのみサポートされています。

オプション -sep を使用すると、各フレームを個別の .gro、.g96、または .pdb ファイルに書き出すことができます。デフォルトでは、すべてのフレームが 1 つのファイルに書き込まれます。すべてのフレームを連結した .pdb ファイルは、rasmol -nmrpdb を使用して表示できます。

ディスク容量を節約するために、例えばタンパク質を水中で解析した場合の水分子を除去した軌跡ファイルを作成するために、軌跡の一部を選択して新しい軌跡ファイルに書き出すことができます。**必ず**元の軌跡をテープに保存してください。分析のために、ディスク容量を節約し、ポータブルなファイルを作成するために、.xtc 形式を使用することをお勧めします。 .tng を出力する場合、選択の名前が分子名と一致し、選択された原子がその分子のすべての原子と一致する場合、ファイルには正しい数の分子タイプが含まれます。それ以外の場合、選択されたすべての原子を含む単一の分子として、選択全体が扱われます。

参照構造に軌跡を適合させるには、2つのオプションがあります。1つ目は、構造ファイル内の参照構造に単純に適合させる方法です。もう1つは、最初の時間枠を構造ファイル内の参照構造に適合させ、その後の各時間枠を以前に適合させた構造に適合させる漸進的な適合方法です。これにより、連続した軌跡が生成され、通常の適合方法を使用した場合（たとえば、タンパク質が大きな構造変化を経験する場合）とは異なる場合があります。

オプション -pbc は、周期境界条件の処理方法を指定します:

mol は分子の中心を箱の中央に配置し、-s オプションを使用して入力ファイルを提供する必要があります。

res は、残基の中心をボックス内に配置します。

atom は、すべての原子をボックスに配置します。

nojump は、原子がボックスをまたいで移動しているかどうかを確認し、それらを元の位置に戻します。これにより、すべての分子が元の構造（もしあれば）で完全に保持されます。注意：これにより、連続した軌跡が生成されますが、分子はボックスの外に拡散する可能性があります。この手順の開始構成は、構造ファイルから取得されます（もしあれば）。それ以外の場合は、最初のフレームを使用します。

cluster は、選択されたインデックス内のすべての原子を、クラスタの中心（質量重心）に最も近いようにグループ化します。この中心は反復的に更新されます。注意：この機能は、実際にクラスタが存在する場合にのみ有効な結果が得られます。幸いなことに、後でトラジェクティビューアを使用して確認できます。また、分子が断片化されている場合は、この機能も使用できません。

whole は、断裂した分子を正常な状態に戻すだけです。

オプション -ur は、オプション mol、res および atom の -pbc 用のユニットセルの表現を設定します。これらのオプションは、トリキリン形状のボックスに対して異なる結果を、正方形状のボックスに対しては同じ結果を生成します。 rect は通常の直方体形状です。 tric はトリキリンユニットセルです。 compact は、すべての原子をボックスの中心からの最も近い距離に配置します。これにより、例えば切り落とされた八面体や菱面体十二面体などの可視化が可能です。 tric および compact オプションの中心は tric (下記参照) ですが、オプション -boxcenter が異なる設定で指定されている場合は、異なる中心を使用します。

オプション -center は、システムをボックスの中央に配置します。ユーザーは、幾何学的な中心を決定するために使用するグループを選択できます。オプション -boxcenter は、オプション -pbc および -center のボックスの中央の位置を設定します。中央のオプションは次のとおりです。 tric: ボックスベクトルの合計の半分、 rect: ボックスの対角線の半分、 zero: ゼロ。中央化後、ボックス内のすべての分子を指定するには、オプション -pbc mol を -center と組み合わせて使用します。

オプション -box は、新しい箱のサイズを設定します。このオプションは、主に最初の寸法のみに適用されるため、一般的には長方形の箱に対してのみ有効です。たとえば、軌跡から読み込む場合に、特定の寸法のみを変更したい場合は、それらの寸法に -1 を指定することで、残りの寸法は変更されません。-pbc、-fit、-ur、および -center オプションを組み合わせて、gmx trjconv への単一の呼び出しで正確な結果を得ることは、必ずしも可能です。複数の呼び出しを使用することを検討し、GROMACS のウェブサイトで提案を確認してください。

-dt オプションを使用すると、出力されるフレーム数を減らすことができます。このオプションは、入力軌跡の時間情報の正確性に依存しているため、これらの情報が不正確な場合は、-timestep オプションを使用して時間を修正してください（これらは同時に実行できます）。スムーズな動画を作成するには、プログラム：doc:gmx filter を使用して、ローパス周波数フィルタリングによりフレーム数を減らすことができます。これにより、高周波の動きによるエイリアシングが軽減されます。

-trunc オプションを使用した gmx trjconv は、ファイルの内容を直接変更し、コピーせずに .trr ファイルを短縮できます。これは、ディスク I/O の際に実行がクラッシュした場合（つまり、ディスクがいっぱいの場合）や、連続する2つの軌跡を連結する際に、ダブルフレームが発生しない場合に役立ちます。

オプション -dump を使用すると、特定の時刻に近い、またはその時刻のフレームをトレースから抽出できます。トレース内のフレームが時間順に並んでいない場合、結果は定義されません。

オプション -drop は、時間と値を含む .xvg ファイルを読み取ります。 -dropunder および/または -dropover オプションが設定されている場合、それぞれのオプションの値よりも低い値と高い値を持つフレームは書き込まれません。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (トポロジーファイル) (オプション): 構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (インデックスファイル) (オプション): インデックスファイル
-fr [<.ndx>] (frames.ndx) (オプション): インデックスファイル
-sub [<.ndx>] (cluster.ndx) (オプション): インデックスファイル
-drop [<.xvg>] (drop.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xtc/.trr/...>] (trajout.xtc): 軌跡: xtc trr gro g96 pdb tng h5md

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e <時間> (0): 読み込む最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-tu <enum> (ps): 単位：fs（フェムト秒）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-skip <整数> (1): 指定されたフレームのみを書き出す
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = first time (ps) の場合にのみ書き込む
-[no]round (無): 四捨五入してピコ秒単位で測定値を表示する
-dump <時間> (-1): 指定された時間 (ps) に最も近いフレームをダンプする
-t0 <時間> (0): 開始時間 (ps) (デフォルト: 変更しない)
-timestep <時間> (0): 入力フレーム間の時間ステップを変更 (ps)
-pbc <enum> (なし): PBC処理 (詳細はヘルプテキストを参照): なし、mol、res、atom、nojump、cluster、whole
-ur <enum> (rect): 単位格子表現: rect, tric, compact
-[no]center (無): 中心原子于盒子内
-boxcenter <enum> (tric): -pbcと-centerオプション: tric, rect, zero
-box <ベクトル> (0 0 0): 新しい立方体のサイズ (デフォルト: 入力から読み取る)
-trans <ベクトル> (0 0 0): すべての座標は、trans によって変換されます。これは、-pbc mol -ur compact と組み合わせて使用すると、特に有効です。
-shift <ベクトル> (0 0 0): すべての座標は、framenr*shift でシフトされます。
-fit (なし): 構造ファイル内の参照構造に分子を適合させる: なし、rot+trans、rotxy+transxy、translation、transxy、progressive
-ndec <int> (3): .xtc 出力ファイルに書き込む小数点以下の桁数
-[no]vel (はい): 可能であれば、速度を読み書きする
-[no]force (無効): 可能であれば、力を読み書きする
-trunc <時間> (-1): 入力の軌道ファイルにこの時間（ps）以降のデータを切り捨てます。
-exec <文字列>: 各出力フレームに対して、フレーム番号を引数としてコマンドを実行する
-split <時間> (0): 新しいファイルを作成するときに、t MOD split が初めての場合 (ps)
-[no]sep (無): 各フレームを個別の.gro、.g96または.pdbファイルに書き出す
-nzero <整数> (0): -sep オプションが設定されている場合、ファイル番号にはこの桁数を使用し、必要に応じて先頭にゼロを追加します。
-dropunder <実数> (0): この値を下回るすべてのフレームを削除する
-dropover <実数値> (0): この値を上限として、すべてのフレームを削除する
-[no]conect (無): PDBファイルを書き込む際に、CONECT PDBレコードを追加できます：:ref:.pdb <pdb>` ファイル。これにより、標準的な分子でないもの（例えば、粗粒モデル）の可視化が容易になります。ただし、トポロジーファイル（.tpr）が存在している場合にのみ可能です。