gmx saltbr¶

概要¶

gmx saltbr [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-b <time>] [-e <time>]
           [-dt <time>] [-t <real>] [-[no]sep]

説明¶

gmx saltbr は、イオン性グループ間のすべての組み合わせにおける距離を時間とともにプロットします。グループはさまざまな組み合わせで示されます。最小距離（つまり、カットオフ）を指定することで、その距離よりも近いことがないグループはプロットされなくなります。

出力結果は、固定されたファイル名「min-min.xvg」、「plus-min.xvg」および「plus-plus.xvg」、または「-sep」オプションが選択されている場合は、個々のイオンペアごとにファイルとして生成されます。この場合、ファイル名は「sb-(Resname)(Resnr)-(Atomnr)」という形式になります。**多数**のファイルが生成される可能性があります。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e (0): 最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が初めてのケースでのみ使用してください（デフォルト単位：ps）。
-t <実数値> (1000): 同じ距離よりも近いグループはプロットされません。
-[no]sep (無): 各インタラクションに対して、個別のファイルを使用してください（ファイル数は多くなる可能性があります）。