削除された機能

削除された mdrun 固有のビルド構成

GROMACS の mdrun 固有のビルドの必要性はなくなりました。これは、通常の GROMACS と同じ依存関係を持つためです。2021年の GROMACS で非推奨となりました。削除することで、保守、テスト、ドキュメント作成、インストール、および新規ユーザーへの教育が容易になります。

Issue 3808

x86 MIC、ARMv7、Sparc64 HPC-ACE、および IBM VMX SIMDのサポートを削除

これらのプラットフォームは、HPC環境では利用できなくなっているため、サポート対象外となっています。KNLプラットフォームはこの変更の影響を受けません。

Issue 3891

非推奨の環境変数が削除されました

以下の環境変数は、よりわかりやすい名前の代替変数への移行に伴い、非推奨となりました。

  • ``GMX_CUDA_NB_ANA_EWALD``および``GMX_OCL_NB_ANA_EWALD``(``GMX_GPU_NB_ANA_EWALD``を使用)

  • GMX_CUDA_NB_TAB_EWALD および GMX_OCL_NB_TAB_EWALD (GMX_GPU_NB_TAB_EWALD を使用)

  • GMX_CUDA_NB_EWALD_TWINCUT および GMX_OCL_NB_EWALD_TWINCUT (GMX_GPU_NB_EWALD_TWINCUT を使用)

Issue 3803

gmx wham が .pdo ファイルを読み取る機能を削除しました。

.pdo形式のファイルは、Gromacs 4.0以前のバージョンで作成されました。 既に非常に古い形式であるため、それらを読み取ることは現在では不要です。 そのため、この機能は2021年のバージョンで非推奨となりました。 もしそのようなファイルを読み取る必要がある場合は、Gromacsの古いバージョンをご利用ください。

32ビットサポートを削除

2020年に32ビット版のサポートを廃止し、それ以前は自社でのテストができませんでした。これらのアーキテクチャは、HPCではもう重要ではなくなったため、|Gromacs|の構築を公式にはサポートしていません。