GROMACS ツールへの改善¶

gmx energyにおけるアインシュタイン粘度計算の改善¶

アインシュタインの公式を用いた粘度計算は、極めて頻繁な圧力テンソルデータの取得が不要であるため、非常に便利です。しかし、この計算の実装は、長時間のシミュレーションでは不便であり、完了までに数時間かかることがありました。データのステップごとの改善により、計算時間は数分に短縮され、より明確な結果が得られます。

XVG形式の出力で `gmx rdf` を使用する際に、小数点以下の桁数が6桁に変わりました。¶

「gmx rdf」からの出力は、丸め誤差を回避するために、より多くの桁の小数点を使用するように変更されました。これにより、結果に誤ったずれが生じるという問題が解消されます。

`gmx pdb2gmx` で CYX-CYX の二硫化物結合を処理する¶

CYS残基をCYXという名前で示すことで、それらが二硫化物結合を形成することを示唆している。 ``gmx pdb2gmx``は、それらを二硫化物結合を形成する残基として正しく解釈するようになる。