gmx sans-legacy¶

概要¶

gmx sans-legacy [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
             [-d [<.dat>]] [-pr [<.xvg>]] [-sq [<.xvg>]]
             [-prframe [<.xvg>]] [-sqframe [<.xvg>]] [-b <time>]
             [-e <time>] [-dt <time>] [-tu <enum>] [-xvg <enum>]
             [-mode <enum>] [-mcover <real>] [-[no]pbc]
             [-startq <real>] [-endq <real>] [-qstep <real>]
             [-seed <int>] [-nt <int>]

説明¶

gmx sans-legacy は、デバイの公式を使用して SANS スペクトルを計算します。現在、原子ごとに元素を割り当てる必要があるため、トポロジーファイルを使用しています。

パラメータ:

-pr 軌跡全体を平均した正規化された g(r) 関数を計算します

-prframe は、各フレームに対して正規化された g(r) 関数を計算します。

-sq 軌跡全体にわたるSANS強度カーブを計算します

-sqframe 各フレームのSANS強度曲線を計算します

-startq q値（単位：nm）の開始値

-endq: nmにおけるq値の終了値

-qstep q空間でのステップ

注: デバイ直接法を使用する場合、計算コストは、N（興味のあるグループ内の原子数）の1/2 * N * (N - 1) に比例して増加します。

警告: sq または pr が指定されている場合、このツールは大量のファイルを作成する可能性があります！フレーム数よりも最大2倍！

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル
-d [<.dat>] (nsfactor.dat) (オプション): 汎用データファイル

出力ファイルの指定オプション:

-pr [<.xvg>] (pr.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-sq [<.xvg>] (sq.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-prframe [<.xvg>] (prframe.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-sqframe [<.xvg>] (sqframe.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e <時間> (0): 最後に読み込むトレースファイルのタイム (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-tu <enum> (ps): 時間値の単位: fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg <enum> (xmgrace): xvg のプロット形式: xmgrace, xmgr, なし
-mode <enum> (直接): sansスペクトル計算モード: direct, mc
-mcover <実数値> (-1): モンテカルロのカバー範囲は -1（デフォルト）または [0,1] である必要があります。
-[no]pbc (有効): 周期境界条件を使用して距離を計算する
-startq <実数値> (0): 開始 (1/nm)
-endq <実数値> (2): 終了 (1/nm)
-qstep <実数> (0.01): ステップごとに q (1/nm)
-seed <整数> (0): モンテカルロ法のための乱数シード
-nt <int> (16): 開始するスレッドの数