gmx genion¶

概要¶

gmx genion [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
           [-o [<.gro/.g96/...>]] [-np <int>] [-pname <string>]
           [-pq <int>] [-nn <int>] [-nname <string>] [-nq <int>]
           [-rmin <real>] [-seed <int>] [-conc <real>] [-[no]neutral]

説明¶

gmx genion は、溶媒分子を単原子イオンにランダムに置き換えます。溶媒分子のグループは連続している必要があり、すべての分子が同じ数の原子を持つ必要があります。ユーザーは、イオン分子をトポロジーファイルに追加するか、-p オプションを使用してトポロジーを自動的に変更する必要があります。

すべての力場におけるイオン分子の種類、残基および原子の名前は、記号なしの大文字で表記された元素名です。この分子名は、-pname``または-nname``で指定する必要があります。また、トポロジーの``[molecules]``セクションを適切に更新してください。手動で行うか、``-p``オプションを使用できます。原子名を指定しないでください。

複数の電荷状態を持つイオンの場合、通常の状態に対してのみ、電荷の多重性を加算します（符号は考慮されません）。

より大きなイオン、例えば硫酸の場合、当社では :doc:`gmx insert-molecules <gmx-insert-molecules>`の使用を推奨しています。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル

入力/出力ファイルの指定オプション:

-p [<.top>] (topol.top) (オプション): トポロジーファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.gro/.g96/...>] (出力ファイル名): 構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp

Other options:

-np <整数> (0): 陽イオンの数
-pname <文字列> (必須): 陽イオンの名前
-pq <整数> (1): 正イオンの充電
-nn <整数> (0): 負のイオンの数
-nname <文字列> (必須): 負イオンの名前
-nq <整数> (-1): 負イオンの生成
-rmin <実数> (0.6): Minimum distance between ions and non-solvent
-seed <整数> (0): 乱数生成器のシード (0 は生成することを意味します)
-conc <実数> (0): 指定する塩濃度（モル/リットル）。これにより、入力ファイル内の細胞の体積から計算された指定された濃度に達するのに十分なイオンが添加されます。-np および -nn オプションを上書きします。
-[no]neutral (無): このオプションは、システムを中和するために必要なイオンを追加します。これらのイオンは、-np/-nn``または-conc``で指定されたイオンに加えて追加されます。

既知の問題¶

もし塩の濃度を指定した場合、既存のイオンは考慮されません。つまり、追加する塩の量を指定することになります。