新しいおよび改善された機能¶
PLUMEDインターフェースの機能が制限されたバージョンが利用可能です。¶
基本的な PLUMED インターフェースが、GROMACS にデフォルトで同梱されるようになりました。 Windows 以外の環境では、gmx mdrun コマンドの -plumed オプションと、PLUMED の入力ファイルのパスを指定することで、PLUMED を直接コマンドラインから実行できます。 これにより、以前の GROMACS のバージョンのように、パッチを適用する必要がなくなります。 ただし、このインターフェースはまだすべての機能を備えていません。詳細は、マニュアルのセクション を参照してください。
アミノ酸特異的なエネルギー補正マップ (CMAP) のサポート¶
以前は、エネルギー補正マップ (CMAP) の種類はアトムの型のみで指定でき、アミノ酸に依存しない方法でアトムに適用されていました。現在では、アトムの型と残基の型の両方を使用してCMAPの種類を指定できるようになり、最新の Amber 力場 (ff19SB およびその以降のバージョン) をサポートします。
ニューラルネットワーク潜在能力のサポート¶
基本的な機能が追加され、ニューラルネットワークポテンシャル (NNP) を使用したシミュレーションが可能になりました。これらのモデルは、DFTやCCSD(T)などの電子構造計算から得られたトレーニングデータに基づいて、*ab initio*レベルの精度で力をおよびエネルギーを再現するように訓練できます。重要な点として、|Gromacs|にはプリトレーニングされたモデルは含まれていません。そのため、ユーザーは独自のモデルを訓練するか、または外部ソースからプリトレーニングされたモデルをロードする必要があります。現在、このインターフェースは、`PyTorch <https://pytorch.org/>`で訓練されたNNPモデルをサポートしています。使用方法と、LibTorchのサポートで|Gromacs|を構築する方法の詳細については、:ref:`nnpot`を参照してください。
specbond.datにカスタムの不規則な二面角を追加¶
この変更により、ユーザーは specbond.dat ファイルで、PDB2GMX の事前処理ステップで読み込まれる際に、特定の結合（例：チオエステル結合による SP2 グループ）に対して、不適切なジヘドラル値を指定できるようになります。