gmx バンドル¶
概要¶
gmx bundle [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-oz [<.xvg>]]
[-ot [<.xvg>]] [-otr [<.xvg>]] [-otl [<.xvg>]]
[-ok [<.xvg>]] [-okr [<.xvg>]] [-okl [<.xvg>]]
[-oa [<.pdb>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>]
[-tu <enum>] [-xvg <enum>] [-na <int>] [-[no]z]
説明¶
gmx bundle は、軸のグループを分析します。軸は、例えばヘリックス軸の例です。このプログラムは、2つのインデックスグループを読み取り、両方を -na 個のグループに分割します。これらのグループの中心の質量は、軸の頂点と底を定義します。プログラムは、以下の情報をファイルに書き出します。軸の長さ、軸の中点の平均軸に対する距離とz方向のオフセット、すべての軸に対する合計傾き、平均軸に対する半径方向の傾きと側方向の傾き。
オプション -ok、-okr および -okl を使用すると、軸の合計、半径方向、および側面の曲がりがプロットされます。 曲がり原子の追加インデックスグループも必要であり、これはさらに -na で分割されます。 曲がり角は、曲がり頂点と曲がり底の間の角度として定義されます。
オプション -oa を使用すると、各軸の上端、中間点（または -ok が設定されている場合はカーブ）、および下端の点が、各フレームごとに .pdb ファイルに書き込まれます。残基番号は軸番号に対応します。Rasmolでこのファイルを表示する場合は、コマンドラインオプション -nmrpdb を使用し、「set axis true」と入力して参照軸を表示します。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-ol[<.xvg>] (bun_len.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-od[<.xvg>] (bun_dist.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-oz[<.xvg>] (bun_z.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-ot[<.xvg>] (bun_tilt.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-otr[<.xvg>] (bun_tiltr.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-otl[<.xvg>] (bun_tiltl.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-ok[<.xvg>] (bun_kink.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-okr[<.xvg>] (bun_kinkr.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-okl[<.xvg>] (bun_kinkl.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-oa[<.pdb>] (axes.pdb) (オプション)タンパク質データベースファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e<時間> (0)読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt が初めてのケースでのみ使用してください（デフォルト単位：ps）。
-tu<enum> (ps)単位：fs（フェイズ）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）
-xvg<enum> (xmgrace)xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-na<int> (0)軸の数
-[no]z(いいえ)z-軸を基準として使用し、平均軸を使用しない