gmx rama

概要

gmx rama [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b <time>]
         [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>]

説明

gmx rama は、あなたのトポロジーファイルから phi/psi のジヘドラルの組み合わせを選択し、それらを時間とともに計算します。 grep などのシンプルな Unix ツールを使用すると、特定の残基を選択できます。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr>] (topol.tpr)

入力ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (rama.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）

-e (0)

最後に読み込むフレームの時間（デフォルト単位：ps）

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt が初めてのケースでのみ使用してください（デフォルト単位：ps）。

-[no]w (no)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし