雑多¶
gromppは、"define"フィールド内のマクロがトポロジーで使用されていない場合に警告します。¶
マクロ(例:-DPOSRES)がmdpで定義されている場合、gromppでトポロジーファイルを解析する際に、それらが使用されていない場合に警告が表示されます。
導入された CMake 変数 GMX_VERSION_STRING_OF_FORK¶
ユーザーと開発者が使用している GROMACS のバージョンを理解するのに役めるため、GROMACS のフォーク版を提供する方は、ソースコード(またはCMakeを実行する際に必要に応じて)に GMX_VERSION_STRING_OF_FORK を設定する必要があります。これにより、ログファイルにバージョンとフォークの情報が表示され、ユーザーはどのバージョンとコードが結果を生成したかを知ることができます。
リリース版のtarボールの検証にチェックサムを提供¶
リリースされる|Gromacs|のバージョンでは、バイナリの構築に使用されるファイルから計算されたチェックサムが提供されます。|Gromacs|をtarballからビルドする場合、ファイルは再度チェックサムが計算され、リリースビルド中に生成されたチェックサムと比較されます。チェックサムが一致しない場合、バージョン文字列が変更され、ソースツリーが変更されたことを示し、ユーザーはログファイルにその情報が表示されます。チェックサムの計算ができなかった場合(インストール時にPythonが利用できない場合、または元のチェックサムファイルが存在しない場合)、別のバージョン文字列で示されます。
物理定数をCODATA 2018に更新¶
計算された値の再現性を最も容易に実現するには、ソフトウェアが最新の規格に準拠していることが重要です。したがって、標準単位の値は、ここに 記載されているデータと一致するように更新されています。
「grompp」で、SDなしでのデカップリングに関する警告をメモに変更する¶
「gromppがSDインテグレーターを使用せずに分子を分離する場合に表示する警告」がメモに変更されました。これは、完全に分離された状態ではない場合に通常のMDを使用することが有効なケースがあるためです。