非推奨機能¶

GROMACS 2022 の機能に関する予想される変更¶

2022年の|Gromacs|で廃止された機能¶

GMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE CMake 変数が、GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE に置き換えられました。¶

OpenCL と SYCL は異なるクラスタサイズをサポートしているため、今後 GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE を使用してください。

組み込みビュー「gmx view」は削除されます。¶

この機能にはほとんど利用例がなく、テストもほとんどないため、今後維持する価値はありません。

Issue 4296

「gmx chi」分析ツールは廃止されます。¶

このツールは数年前から機能していません。もし関心がある場合は、関連するIssueにコメントしてください。

Issue 4108

アトム名の推定質量と原子半径の算出は非推奨¶

アトーム質量やヴァン・デル・ワールス半径が必要な場合は、ツールがサポートしている場合でも、GROMACS 形式の適切なトポロジーを作成することをお勧めします。

Issue 3368 Issue 4288

2021年の|Gromacs|で非推奨になった機能¶

`mdrun -deffnm` は廃止されます¶

この機能は、非常に単純なシミュレーションを実行する場合に便利です。なぜなら、ファイルセットをグループ化し、それらが単に拡張子が異なるだけで済むからです。しかし、これは mdrun モジュール（または複数のモジュール）が複数の .xvg 出力ファイルを生成する場合には機能しません。その結果、ファイル名が競合します。また、チェックポイント機能や追加機能との相互作用により、多くのバグ報告が発生しています。

ユーザーはフォルダを使用してファイルをグループ化できる（これは|Gromacs|以外の経験から慣れている標準的なメカニズムであるため）、mdrun -deffnm の以前の利便性を削除することで、より良いソフトウェアを構築およびテストできます。そのため、ワークフローを適切に更新してください。

Issue 3818

OpenCL は GPU 向けフレームワークとして廃止されます。¶

Issue 3818 AMDおよびIntel GPU向けのポートの開発が進められており、これらのポートは現在の|Gromacs| OpenCLポートをベースにしない可能性があります。Nvidia GPUについては、CUDAポートが開発されており、この部分には変更は予定されていません。現在のリソースでは、コアチームが4つのポートを維持、テスト、拡張することはできません。HPCでOpenCLを必要とする新たなGPUベンダーが現れないため、AMDおよびIntelのサポートが他の方法で確立された時点で、OpenCLポートは削除されます。

ハードウェア局所化ライブラリ `hwloc` のバージョン 1 のサポート¶

Issue 3818 バージョン 2 は、GROMACS で数年間サポートされています。今後の GROMACS の開発において、最新のハードウェアおよびハードウェアサポート API の機能が最も重要であるため、テスト作業を最小限に抑え、クラスタが古い hwloc のインストールをアップグレードするように促すべきです。

古いAPI¶

Issue 3818 以前から、既存のヘッダーは非推奨となっており、しかし、|Gromacs|の`src`ディレクトリツリー内のすべてのヘッダーは、内部でのみ使用を目的としており、予告なしに変更される可能性があることを明確にしたい。さらに、`libgromacs`ライブラリおよび関連するCMakeターゲットの形式と内容は、長期的に安定してサポートできるAPIとサポート機構を構築するために変更される可能性がある。

機能が|Gromacs| 2019で非推奨¶

標準的なアミノ酸残基中の芳香環を仮想的なサイトで置き換える機能の生成¶

Issue 3254 これらの機能は、特定の状況下でアーティファクトを生成する可能性がある（未発表の結果）、十分にテストされておらず、広く使用されていないため、pdb2gmxを簡素化する必要があります。

ベンチマークオプションは、``gmx benchmark``のみで利用可能です。¶

Issue 3255 オプション（-confout、-resethway、-resetstep`など）は、通常の `mdrun ユーザーが使用することを意図していないため、専用のツールでのみ利用できるようにすることで、より明確になります。これにより、特定の mdrun およびベンチマークの使用ケースに合わせて、シミュレーションパートのファイルの書き込みなどのデフォルト設定をカスタマイズできるようになり、-confout は不要になります。

`gmx mdrun -nsteps`¶

Issue 3256 .tprファイルで指定されたシミュレーションステップ数は、gmx convert-tpr``コマンドを使用するか、``gmx grompp``の呼び出し前に.mdp``ファイルで変更できます。このmdrunオプションの利便性は、その実装の信頼性の低さ、ログファイルでの明確な記録の欠如、およびメンテナンスの不足によって相殺されています。